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さらに詳しい情報は、 よくある質問(USのFAQ) のmiRNA研究員による回答をご覧ください。 miRNAプロファイリング作業でアシスタントが必要ですか？ Invitrogen's miRNA Profiling Serviceをお試しください。

サンプルのサイズ

  • 各サンプルをそれぞれの色素で1回ずつ最低2回反応を行うことを推奨します。 そうすれば、個人市場用のご自身のサンプルへの色素の影響を減少させることができます。解析用に再現するのにも役立ちます。
  • 総RNA量250 ng-1 µgでスタートすることを推奨します。 This would be 500 ng - 2 µg of total RNA for each sample to run one replicate of the sample in both colors. This If you are using the NCode™ Amplification Kit, you can use as little as 50 ng of total RNA for one color.

特殊機器

データ分析方法

2色素発現プロファイリングマイクロアレイ実験のノーマライゼーションには通常3種類の方法があります。

  • Latin Squares/Loop Design/Dye Swap （InvitrogenのNCode™プロファイリングサービスに使用―以下の推奨事項を参照）
  • M vs. A, Lowess Normalization
  • Quantile Normalization


この3種類の方法についてはEpigenetics Learning Centerのウェブページをご参照ください。

Use of the Latin Squares/Loop Design/Dye Swap Methodology with NCode™ Products
We recommend using the Latin Squares/Loop Design/Dye Swap Model described by Kerr, et al because this method provides the reliable statistical data with the smallest number of microarray chips.
考慮事項：

  • 多数のmiRNAマイクロアレイによるデータを合わせるには、スケーリングおよび/または、マルチアレイノーマライゼーションが必要です。
  • 一般的なルールとして、k組織に対しては、kの複合アレイを使用することを推奨します。そうすれば、レプリケ－トの完全なループデザインが行われます。 With this design, i.e. k tissue, using say n*k arrays where (n can be 1 or 2 or 3 or...) will then have 2*n replicates of each tissue in the experiment.
  • このループデザインフォーマットは、比較的直接的にモデリングを行います。 例えば、3サンプルでの、実験デザインは以下の通りです：
    • 1番目のアレイサンプルAはAlexa Fluor® 3で、サンプルBはAlexa Fluor® 5で標識されます。
    • 2番目のアレイサンプルBはAlexa Fluor® 3で、サンプルCはAlexa Fluor® 5で標識されます。
    • 3番目のアレイサンプルCはAlexa Fluor® 3で、サンプルAはAlexa Fluor® 5で標識されます。


この実験計画はチップ・レプリケートなしにループデザインします。ただし、各組織は2回（1回は各Alexa Fluor® 色素で）レプリケートされます。

  • このアレイレイアウトを使用すれば、各テストサンプルとリファレンスサンプルの比較、および、各テストサンプルと他のいかなるテストサンプルとの比較が可能です。
  • すべてのサンプルをリファレンスサンプルと比較する際にリファレンスデザインを使用すれば、基本的に各サンプルのDye Swap モデル（ 2サンプルでのループデザイン）になりえます。 この方法においては、k組織用の2*kチップが必要です。（リファレンスサンプルは含まれません） このデザインでは、ループデザインの2倍のチップが必要です。


Figure 1 Example three and ten array experiments.
T refers to tissue sample, and each array is run with Alexa Fluor® 3 on the left and Alexa Fluor® 5 on the right.

Three Array Experiment
with 3 tissue samples , no replicates

Array 1: T1 - T2
Array 2: T2 - T3
Array 3: T3 - T1		Ten Array Experiment
with 5 tissue samples with 2 replicates

Array 1: T1 – T2
Array 2: T2 - T3
Array 3: T3 - T4
Array 4: T4 - T5
Array 5: T5 - T1
Array 6: T1 - T5
Array 7: T5 - T4
Array 8: T4 - T3
Array 9: T3 - T2
Array 10: T2 - T1



実験計画と分析の統計学的相談は有料です。 Contact Invitrogen Custom Services for more information.

データ分析ツール

ご利用できるオープンソース、フリーウェア、商業用データ分析ソフトウェアがいくつかあります。 代表的な４つの意見をまとめました。

NCode Profiler™ (Invitrogen)
Free experimental design and analysis software for two-dye expression profiling miRNA microarray experiments.

R (open source)
Free, open source software for statistical computing and graphics based on the statistical programming language S hosted by the R Project for Statistical Computing.

Bioconductor (open source)
Free, open source software for the analysis and comprehension of genomic data hosted by the Computational Biology Group in the division of Public Health Sciences at the Fred Hutchinson Cancer Research Center. マイクロアレイユーザーのコミュニティによるRのスクリプトと機能のセットが含まれます（上記参照）。

GeneSpring™ (Agilent Technologies)
A commercial visualization and analysis software developed specifically for analyzing of gene expression microarray data. 2週間のトライアルヴァージョンがオンラインでダウンロードできます。