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リアルタイム PCR によるコピー数多型（CNV）解析
| TaqMan® Copy Number Assays は、TaqMan® MGB プローブと Applied Biosystems® リアルタイム PCR システムを組み合わせ、特異的で再現性が高く、解釈しやすいコピー数多型解析結果を提供します。 このシンプルな高速解析法によって、所要時間は数日から数時間に短縮されました。 一日あたり数百〜数千サンプルを自動処理も可能なTaqMan® Copy Number Assays をターゲットのスクリーニングにご使用ください。 また TaqMan® Assays は、精度の高いターゲット定量のゴールド スタンダードとしてマイクロアレイのデータのフォローアップに理想的です。 |
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- TaqMan® Copy Number Assays
- ヒト: 1.6 種類以上の設計済みアッセイをゲノムワイドに網羅
- マウス: エクソン用の 180,000 種類以上の設計済みアッセイ
- 一般的なベクター マーカーおよびレポーター遺伝子アッセイ
- Custom Plus TaqMan® Copy Number Assays
- ユーザーの設定したヒト/マウス ゲノム ターゲットを使用して最新のバイオインフォマティクス配列解析や in silico QCを用いて設計
- その他のターゲット用 Custom TaqMan® Copy Number Assays
- あらゆる未知のターゲット配列でアッセイを設計
- プライマー/プローブ ペアで設計
- 最新のバイオインフォマティクス配列解析や in silico QC は含まれていません
ヒトおよびマウス用 TaqMan® Copy Number Reference Assays も提供しています。
最もシンプルなコピー数多型解析法である TaqMan® Copy Number Assays は、アッセイのご注文やワークフローが簡単なため、迅速にデータを収集できます。
実験のワークフロー: 各ステップに必要な製品
テスト アッセイ用に TaqMan® プローブを選択するか、または設計します。 ヒト サンプルでは、RNase P または TERT をリファレンスとして選択します。 マウス サンプルでは、Tfrc または Tert をリファレンスとして選択します。
 | TaqMan® Copy Number Assays | |
| Custom/Custom Plus TaqMan® Assays Custom Plus TaqMan® Copy Number Assays と Custom TaqMan® Copy Number Assays は、特異的で再現性が高く、解釈しやすいコピー数多型解析結果を提供します。 バリデーションや大量のサンプルのスクリーニングに最適です。 Custom Plus Assays は、カスタム アッセイ設計用のヒトまたはマウスのゲノム ターゲットを特定を行い、設計済みコピー数多型アッセイと同じ品質を発揮します。 また Custom Plus Assays は、SNP や反復配列マスキング、ゲノム特異性チェックといったバイオインフォマティクス解析を行っています。 一方 Custom TaqMan® Copy Number Assays は、生物種を限定せずにどのようなターゲット配列の設計にも使用できます。 ただし、これらのカスタム アッセイは、最新のバイオインフォマティクス配列解析や in silico QC などは行っていません。 | |
| TaqMan® Copy Number Reference Assays
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Applied Biosystems® リアルタイム PCR システムで配列特異的なプライマーと TaqMan® プローブを使用して反応プレートを調製し、DNA を増幅します。 注： 選択した TaqMan® Copy Number Reference Assays（リファレンス アッセイ）と同時に TaqMan® Copy Number Assays（テスト アッセイ）をランします。
試薬およびキット
 | TaqMan® Genotyping Master Mix
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機器とアクセサリ | ||
 | StepOnePlus™リアルタイムPCRシステム | |
 | StepOne™リアルタイムPCRシステム | |
 | 7500 FastリアルタイムPCR | |
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| 7500リアルタイムPCRシステム | |
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 | 7900HT Fast リアルタイム PCR システム
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 | ViiA™ 7 リアルタイムPCRシステム
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データ解析ソフトウェアは、ランした一連のサンプルの推定コピー数を算出し、それぞれのコピー数の読み取りに対する信頼値を評価し、データに含まれる異常値を削除します。
ソフトウェア | ||
CopyCaller™ ソフトウェア |
テスト アッセイ用に TaqMan® プローブを選択するか、または設計します。 ヒト サンプルでは、RNase P または TERT をリファレンスとして選択します。 マウス サンプルでは、Tfrc または Tert をリファレンスとして選択します。
| TaqMan® Copy Number Assays | |
| Custom/Custom Plus TaqMan® Assays Custom Plus TaqMan® Copy Number Assays と Custom TaqMan® Copy Number Assays は、特異的で再現性が高く、解釈しやすいコピー数多型解析結果を提供します。 バリデーションや大量のサンプルのスクリーニングに最適です。 Custom Plus Assays は、カスタム アッセイ設計用のヒトまたはマウスのゲノム ターゲットを特定を行い、設計済みコピー数多型アッセイと同じ品質を発揮します。 また Custom Plus Assays は、SNP や反復配列マスキング、ゲノム特異性チェックといったバイオインフォマティクス解析を行っています。 一方 Custom TaqMan® Copy Number Assays は、生物種を限定せずにどのようなターゲット配列の設計にも使用できます。 ただし、これらのカスタム アッセイは、最新のバイオインフォマティクス配列解析や in silico QC などは行っていません。 | |
| TaqMan® Copy Number Reference Assays
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Applied Biosystems® リアルタイム PCR システムで配列特異的なプライマーと TaqMan® プローブを使用して反応プレートを調製し、DNA を増幅します。 注： 選択した TaqMan® Copy Number Reference Assays（リファレンス アッセイ）と同時に TaqMan® Copy Number Assays（テスト アッセイ）をランします。
試薬およびキット
| TaqMan® Genotyping Master Mix
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機器とアクセサリ | ||
| StepOnePlus™リアルタイムPCRシステム | |
| StepOne™リアルタイムPCRシステム | |
| 7500 FastリアルタイムPCR | |
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| 7500リアルタイムPCRシステム | |
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| 7900HT Fast リアルタイム PCR システム
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| ViiA™ 7 リアルタイムPCRシステム
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データ解析ソフトウェアは、ランした一連のサンプルの推定コピー数を算出し、それぞれのコピー数の読み取りに対する信頼値を評価し、データに含まれる異常値を削除します。
ソフトウェア | ||
CopyCaller™ ソフトウェア |
資料
製品パンフレット
ポスター
- Determining the Copy Number of Genes Using Real-Time Quantitative PCR
- Selecting SNPs for Genetic Association Studies Based on the Genome-wide Patterns of Linkage Disequilibrium Inferred from the HapMap Project Data
アプリケーションノート
参考文献
- Copy Number Variants and Common Disorders: Filling the Gaps and Exploring Complexity in Genome-Wide Association StudiesPLoS Genet 2007; 3(10): e190. doi:10.1371/journal.pgen.0030190Authors: Estivill X., et. al.
- Detection of large-scale variation in the human genomeNature Genetics 2004; 36, 949 - 951 Authors: A John Iafrate, et. al.
- Large-Scale Copy Number Polymorphism in the Human GenomeScience 23 July 2004: Vol. 305. no. 5683, pp. 525 - 528 Authors: Jonathan Sebat, et. al.
- Global variation in copy number in the human genomeNature 444, 444-454 (23 November 2006) Authors: Richard Redon, et. al.
引用文献（ウェブ）
- Differential quantification of CYP2D6 gene copy number by four quantitative real-time PCR assaysPharmacogenetics and Genomics 2010, 20:451-454.Authors: Anuradha Ramamoorthy, et al.
- Recurrent microdeletions at 15q11.2 and 16p13.11 predispose to idiopathic generalized epilepsiesBrain.2010; 133:23-32; doi:10.1093/brain/awp262 Authors: De Kovel, C. G., et. al.
- Copy Number Variants of GSTM1 and GSTT1 in relation to lung cancer risk in a prospective cohort study.Ann Epidemiol.2009; 19(8):546-52 Authors: Lam, T.K., et. al.
- Sample degradation leads to false-positive copy number variation calls in multiplex real-time polymerase chain reaction assaysAnalytical Biochemistry.2009 Mar 15;386(2):288-90.Authors: Cukier H.N., et. al.
- Origins and functional impact of copy number variation in the human genomeNature advance online publication 7 October 2009 | doi:10.1038/nature08516; Received 14 August 2009; Accepted 21 September 2009; Published online 7 October 2009 Authors: Conrad D.F., et. al.
- A recurrent 15q13.3 microdeletion syndrome associated with mental retardation and seizuresNature Genetics.2008 Mar;40(3):322-8. Authors: Sharp A.J., et. al.
- Recurrent rearrangements of chromosome 1q21.1 and variable pediatric phenotypes The New England Journal of Medicine.2008 Oct 16;359(16):1685-99.Authors: Mefford H.C., et. al.
研究目的のみに使用できます。 人体や動物に対する診断・治療用ではありません。