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TaqMan® OpenArray® Genotyping プレートは、設計済みまたはカスタムメイドの TaqMan® SNP Genotyping Assays、あるいは TaqMan® Drug Metabolism (DME) Assays を選択して、カスタムデザインすることが可能で、1日当たり7万を超えるジェノタイピングを処理できます。
TaqMan® OpenArray® Genotyping プレートは、ご指定いただいた TaqMan® SNP Genotyping Assays をお客様の仕様で 6 種類のフォーマットから選択可能なプレートのスルーホールに予め分注後、乾燥させた状態で供給されます。あとは、サンプルと TaqMan® OpenArray® Genotyping Master Mix を混合して、OpenArray® プレートにロード後、密閉して、PCRを実施し、データを表示させるだけです。OpenArray® リアルタイム PCR システムのワークフローは、自動分注ロボットを必要とせずに一人で 1 日最大 256 SNP に対して 1,500 以上の検体の検証およびスクリーニングを行うことを可能とします。従って、1 日当たりの一人の処理能力は 70,000 以上のジェノタイピングとなります。
このシステムは、複雑な疾患の関連性、マーカー支援選抜、あるいは大きなサンプルサイズが必要とされる他の研究のスクリーニングおよび検証に高い性能と再現性を提供します(図 1 および 2)。
図 1:サンプルサイズが大きいほど、検出感度が上昇
図 2:型判定できた SNP の割合および一致率
表 1:ヒト細胞株 DNA および 896 の TaqMan® SNP Genotyping Assays を使用した、OpenArray® リアルタイム PCR システムの実測性能
特性 | 性能* |
---|---|
Applied Biosystems® 7900HT リアルタイム PCR システムからのアッセイ変換率 | >95% |
Applied Biosystems® 7900HT リアルタイム PCR システムでランしたアッセイの一致率 | 99.7% |
判定率 | >95% |
表 2:TaqMan® OpenArray® Genotyping プレートフォーマットオプション
プレートフォーマット | サンプル数/プレート | 最小注文枚数 | 総サンプル数/最小注文枚数 |
---|---|---|---|
12 アッセイ | 144 | 10 | 1,440 |
26 アッセイ | 96 | 10 | 960 |
60 アッセイ | 48 | 20 | 960 |
120 アッセイ | 24 | 40 | 960 |
180 アッセイ | 16 | 60 | 960 |
240 アッセイ | 12 | 80 | 960 |