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SuperScript® One-Cycle cDNA Kit for use with Affymetrix® One-Cycle Assays により、お客様のAffymetrixGeneChip®ワークフローを中断なく一貫性を維持

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Affymetrix® GeneChip®ワークフローにおける2本鎖cDNA合成に必要な試薬をすべて含みます

Invitrogenでは、Affymetrix®のGeneChip® ワークフロー における二本鎖cDNA合成に必要な試薬全てがそろっており簡便な、Affymetrix® One-Cycle アッセイ 用のSuperScript® One-Cycle cDNA キットを提供することになりました。

  
  • Invitrogen独自のRNase H–reduced SuperScript® II Reverse Transcriptaseを含み、完全長cDNAを高収率で合成
  • 検定済みT7-oligo(dT) promoter primerなど、二本鎖cDNA合成を行なうのに必要なコンポーネントがすべて入っています。
  • 製造者からの直接購入によりコストを削減します。検定済みT7-Oligo(dT) Promoter PrimerとInvitrogen独自のRNase H–reduced RTであるSuperScript® II Reverse Transcriptaseを使用し、Affymetrix® One-Cycleのワークフロー内での完全長二本鎖cDNA合成効率を高めます。

cDNAを得た後、直接Affymetrix®プロトコルによる精製、in vitro転写およびその後のビオチン標識cRNAとAffymetrix GeneChip®アレイとのハイブリダイゼーションへ進むことができます。

完全長cDNAプロダクトが最高の収量で得ることができます。

SuperScript® One-Cycle cDNAキット（Invitrogen）およびGeneChip® One-Cycle cDNA合成キット（Affymetrix）を使用して同量のHeLa total RNAを処理した場合、cRNAの収量は同程度でした（図2）。 さらに、SuperScript® One-Cycle cDNA Kit (Invitrogen) およびGeneChip® One-Cycle cDNA Synthesis Kit (Affymetrix) がいずれも遺伝子プロファイリング全体に対応していることが、GAPDHプローブセットに関する3´対5´の比の同等性から示されています（図3）。

図2。 SuperScript® One-Cycle cDNA Kitは収量が安定します。 同量の全HeLa RNA（1 μgまたは15 μg）をcDNA合成用T7-オリゴ(dT) プライマーの存在下でSuperScript® II 逆転写酵素（両キットに含まれています）を用いて42°Cで1時間インキュベートし、続いてRNase Hを用いたセカンドストランド合成を行いました。 標準的な環境のcRNA合成に用いられるSample Cleanup Module およびIVT Labeling Kit(Affymetrix)で、各反応から得られた等しいcDNA量を処理しました。 標準的な環境でAffymetrix® およびインビトロジェンcDNA Kitを使用すると、同等のcRNA収率が得られます。

図3。 SuperScript® One-Cycle cDNA Kitにより、遺伝子全体に対応する完全なcDNA生成物が産生されます。 アレイは、1 μgと15 μgのcDNAを使用してGeneChip®ハイブリダイザーオーブン（Affymetrix）内で45˚Cで60 rpmで16時間ハイブリダイズした後、GeneChip®Fluidicsステーション450（Affymetrix、プロトコルEukGEWS2v5_450使用）で洗浄しました。 この配列は、532 nm蛍光シグナル用GeneChip® スキャナー3000 7G（Affymetrix）でスキャンされました。 個別のFeatureに関するシグナルは、GeneChip® Operating Softwareを使用して決定されました。 Affymetrix®およびInvitrogenのcDNA Kitからは、標準条件下において同等なGAPDHシグナル比が得られています。