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SNP Genotyping by Fragment Analysis
SNP genotyping identifies single nucleotide polymorphisms (SNPs) that are common DNA variants present across the human genome. SNPs have been shown to be responsible for differences in genetic traits, susceptibility to disease, and response to drug therapies.
Genotyping of SNPs has become extremely important to researchers working to understand and treat disease. SNPs occur approximately once every 100 to 300 bases and can be detected by various different techniques such as RFLP, SSCP, sequencing, and more.
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図1. 一塩基の伸長と終結をおこなう SNaPshot® 標識試薬。 SNaPshot® Multiplex Kit は、単一チューブの反応で既知のローカスの SNP を読み取ります。 この試薬は、非標識オリゴヌクレオチド プライマーを使用したジデオキシ塩基の一塩基伸長法をもとにしています。 各プライマーは、蛍光標識した ddNTP と DNA ポリメラーゼの存在下で相補的なテンプレートに結合します。 ポリメラーゼはプライマーを 1 塩基伸長し、3´ 末端に ddNTP をひとつ加えます。 蛍光シグナルのデータによって、どの塩基が加えられたかがわかります。
図2。 SNaPshot® Data
SNaPshot® Multiplex システムは、プライマー伸長をもとにした SNP 解析法です。 マルチプレックス性能によって、染色体上の SNP の位置や隣接する SNP のローカスとの距離に関わらず、1 回の反応で最高 10 SNP を解析できます。 ユーザー設定による非標識プライマーが使用できるため、目的の SNP をコスト効率良く研究に取り入れられます。 また Multiplex Ready Reaction Mix（システムに同梱）は、信頼性と再現性の高いマルチプレックス サンプルの解析をサポートします。 1 台の 3730xl ジェネティック アナライザで、1 日に 23,000 以上の SNP をジェノタイピングできます。
SNaPshot ® Mulitplex システムを使用した BAC フィンガープリントやメチル化解析も可能です。
次の「出版物と論文」のタブをクリックし、SNaPshot ® Mulitplex システムを研究に活用するお客様の幅広い事例をご覧ください。
SNP ジェノタイピングの手順
 DNA の抽出は、DNA シーケンシングとフラグメント解析の実験ワークフローにおける重要な第一ステップです。 DNA の配列解析における全体的な読み取りの品質と精度、長さは、サンプル自体の特性と核酸抽出法に大きく左右される可能性があります。 最適な抽出法は、サンプル源や組織の種類、サンプルの入手方法、抽出前の取り扱いもしくは保存方法によって異なります。 推奨製品: DNA単離法 |
前処理:SNaPshot 反応の前に、プライマーと未反応 dNTP を除去します。 精製:SNaPshot 反応後、生成産物を Calf Intestine Alkaline Phosphatase で短時間処理します。 推奨製品: SNaPshot® 反応の実行と精製
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SNaPshot® 反応後のサンプルを、Hi-Di formamide と GeneScan LIZ-120 サイズ スタンダードの入った電気泳動試薬に加えます。 推奨製品: 解析サンプルの調製 |
 SNP のジェノタイプを特定します。 推奨製品: データ分析 |
DNA の抽出は、DNA シーケンシングとフラグメント解析の実験ワークフローにおける重要な第一ステップです。 DNA の配列解析における全体的な読み取りの品質と精度、長さは、サンプル自体の特性と核酸抽出法に大きく左右される可能性があります。 最適な抽出法は、サンプル源や組織の種類、サンプルの入手方法、抽出前の取り扱いもしくは保存方法によって異なります。 推奨製品: DNA単離法 |
前処理:SNaPshot 反応の前に、プライマーと未反応 dNTP を除去します。 精製:SNaPshot 反応後、生成産物を Calf Intestine Alkaline Phosphatase で短時間処理します。 推奨製品: SNaPshot® 反応の実行と精製
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SNaPshot® 反応後のサンプルを、Hi-Di formamide と GeneScan LIZ-120 サイズ スタンダードの入った電気泳動試薬に加えます。 推奨製品: 解析サンプルの調製 |
SNP のジェノタイプを特定します。 推奨製品: データ分析 |
製品の関連資料
- プロトコル: ABI PRISM® SNaPshot® Multiplex System
- クイック参考文献カード： ABI PRISM® SNaPshot® Multiplex System
- user bulletin Using SNaPshot® on the 3730/3730xl DNA Analyzers and the 3130/3130xl Genetic Analyzers
- アプリケーションノート BAC Fingerprinting on the Applied Biosystems 3730/3730xl DNA Analyzer (3 MB)
- Getting Started Guide: GeneMapper® Software Version 4.0 and SNaPshot® Kit Analysis (3.71 MB)
参考資料
SNP 解析
- Species Identification within Lactobacillus Plantarum
Rapid identification of Lactobacillus plantarum group using the SNaPshot minisequencing assay.
Publication: Syst Appl Microbiol. 2011 Dec;34(8):586-9.
Authors: Huang CH, Chang MT, Huang MC, Lee FL. - Sub Species Identification in Tigers
The development and validation of a single SNaPshot multiplex for tiger species and subspecies identification-Implications for forensic purposes.
Publication: Forensic Sci Int Genet. 2011 Jun 30.
Authors: Kitpipit T, Tobe SS, Kitchener AC, Gill P, Linacre A. - Tracking Cows and Their Products
SNPmplexViewer–toward a cost-effective traceability system.
Publication: BMC Res Notes. 2011 May 23;4:146.
Authors: Seroussi Y, Shirak A, Seroussi E. - Identification: Differentiating drug and non-drug forms of cannabis
Differentiation of drug and non-drug Cannabis using a single nucleotide polymorphism (SNP) assay.
Publication: Forensic Sci Int. 2011 Apr 15;207(1-3):193-7. Epub 2010 Oct 30.
Authors: Rotherham D, Harbison SA. - Identifying Species in M. Tuberculosis Complex
Identification and genotyping of Mycobacterium tuberculosis complex species by use of a SNaPshot Minisequencing-based assay.
Publication: J Clin Microbiol. 2010 May;48(5):1758-66. Epub 2010 Mar 10.
Authors: Bouakaze C, Keyser C, de Martino SJ, Sougakoff W, Veziris N, Dabernat H, Ludes B. - Blood Typing
Detection of blood group genes using multiplex SNaPshot method.
Publication: Transfusion. 2009 Apr;49(4):740-9. Epub 2009 Jan 2.
Authors: Palacajornsuk P, Halter C, Isakova V, Tarnawski M, Farmar J, Reid ME, Chaudhuri A. - Selective Breeding in Horses
Identification of horse chestnut coat color genotype using SNaPshot.
Publication: BMC Res Notes. 2009 Dec 16;2:255.
Authors: Rendo F, Iriondo M, Manzano C, Estonba A. - Wheat Breeding
Insertion site-based polymorphism markers open new perspectives for genome saturation and marker-assisted selection in wheat.
Publication: Plant Biotechnol J. 2010 Feb;8(2):196-210.
Authors: Paux E, Faure S, Choulet F, Roger D, Gauthier V, Martinant JP, Sourdille P, Balfourier F, Le Paslier MC, Chauveau A, Cakir M, Gandon B, Feuillet C. - Mitochondrial SNPs Screening
A new method for analysis of mitochondrial DNA point mutations and assess levels of heteroplasmy.
Publication: Biochem Biophys Res Commun (2006) 342(2): 387-393.
Authors: Cassandrini, D., M. G. Calevo, et al. - Species identification within Lactobacillus casei
Application of the SNaPshot minisequencing assay to species identification in the Lactobacillus casei group.
Publication: Mol Cell Probes. 2011 Aug;25(4):153-7.
Authors: Huang CH, Chang MT, Huang MC, Lee FL. - Validation of Heteroplasmy after Next Generation Sequencing
Detecting heteroplasmy from high-throughput sequencing of complete human mitochondrial DNA genomes.
Publication: The American Journal of Human Genetics 2010, 87(2), 237-249.
Authors: Li M, Schonberg A, Schaefer M, et al. - Mitochondrial Variants
Mitochondrial variants in schizophrenia, bipolar disorder, and major depressive disorder.
Publication: PLoS One (2009)4(3): e4913.
Authors: Rollins, B., M. V. Martin, et al. - SNP Screening
A SNaPshot assay for the rapid and simple detection of four common hotspot codon mutations in the PIK3CA gene.
Publication: BMC Research Notes 2009, 2:66
Authors: Hurst, D C,Zuiverloon, TCM, Hafner, C, Zwarthoff, EC et al. - Loss of Heterozygosity
Multiplex SNaPshot Genotyping for Detecting Loss of Heterozygosity in the Mismatch-Repair Genes MLH1 and MSH2 in Microsatellite-Unstable Tumors.
Publication: Clin Chem 54(11): 1844-1854 (2008)
Authors: Bujalkova, M., K. Zavodna, et al. - Anitretroviral Resitance Mutation
Pre-screening HIV-1 reverse transcriptase resistance mutations in subtype B patients using a novel multiplex primer extension assay.
Publication: Curr HIV Res (2009) 7(4): 398-409.
Authors: Jakobsen, M. R., A. Aggerholm, et al. - Asses Meat Performance in Pigs
SNaPshot minisequencing and a panel of candidate genes for complex routine testing of meat performance traits in pigs.
Publication: Anim Biotechnol. 2007;18(2):109-15.
Authors: Civánová K, Knoll A. - Degraded DNA
Developing multiplexed SNP assays with special reference to degraded DNA templates.
Publication: Nature Protocols 2006;1(3):1370-8
Authors: Sanchez, JJ. & Endicott, P. - Pathogen Resistance
Single nucleotide polymorphism and haplotypes in the IL10 region associated with HCV clearance
Publication: Genes Immun. 2005 Jun;6(4):347-57.
Authors: Oleksyk TK, Thio CL, Truelove AL, Goedert JJ, Donfield SM, Kirk GD, Thomas DL, O'Brien SJ, Smith MW. - Mitochondrial SNPs Screening
Mitochondrial DNA mutations in patients with postlingual, nonsyndromic hearing impairment
Publication: European Journal of Human Genetics (2005) 13, 26−33.
Authors: Jacobs HT, Hutchin TP, Käppi T, Gillies G, et al. - Scrapie Susceptability Screening
Primer extension assay for prion protein genotype determination in sheep.
Publication: Molecular and Cellular Probes (2004), 18(1), 33-37.
Authors: Vaccari G, Conte M, Morelli L, Di Guardo G, et al. - Gene Alterations in Carcinogenesis
Role of COX-2, thromboxane A2 synthase, and prostaglandin I2 synthase in papillary thyroid carcinoma growth.
Publication: Mod Pathol. 2005 Feb;18(2):221-7.
Authors: Kajita S, Ruebel KH, Casey MB, Nakamura N et al. - Arabidopsis Marker
Establishment of a high-efficiency SNP-based framework marker set for Arabidopsis.
Publication: Plant J. 2003 Oct;36(1):122-40.
Authors: Törjék O, Berger D, Meyer RC, Müssig C, Schmid KJ, Rosleff Sörensen T, Weisshaar B, Mitchell-Olds T, Altmann T. - SNP Validation in Immunity
Single nucleotide polymorphisms and haplotypes in the IL10 region associated with HCV clearance.
Authors: Oleksyk TK, Thio CL, Truelove AL, Goedert JJ, et al.
SNP の定量
- Quantitative Mutant Measurement
Putative precursor cancer cells in human colorectal cancer tissue.
Publication: Int J Clin Exp Pathol (2009)2(2): 154-162
Authors: Goranova, T. E., M. Ohue, et al. - Allele-specific Gene Expression
Cis-acting variation in the expression of a high proportion of gene in human brain.
Publication: Hum Genet. 2003 Jul;113(2):149-53. Epub 2003 May 1.
Authors: Bray NJ, Buckland PR, Owen MJ, O'Donovan MC. - Allele-specific Gene Expression
Allelic variation in human gene expression
Publication: Curr Opin Oncol. 2004 Jan;16(1):39-43.
Authors: Yan H, Zhou W. - Quantitative SNP Allele Frequency Measurement
Universal, robust, highly quantitative SNP allele frequency measurement in DNA pools.
Publication: Hum Genet. 2002 May;110(5):471-8. Epub 2002 Mar 23.
Authors: Norton N, Williams NM, Williams HJ, Spurlock G et al.
BAC フィンガープリント
- High-throughput Fingerprinting of Bacterial Artificial Chromosomes
High-throughput fingerprinting of bacterial artificial chromosomes using
Publication: Genomics 82 (2003) 378–389
Authors: Ming-Cheng Luo, Carolyn Thomas, Frank M. You, Joseph Hsiao
メチル化
- Detecting Methylation Status
Capillary electrophoretic analysis of methylation status in CpG-rich regions by single-base extension of primers modified with N6-methoxy-2,6-diaminopurine
Publication: Analytical Biochemistry Volume 380, Issue 1, 1 September 2008, Pages 13-20.
Authors: Boyd, V.L. et al. - Methylation Status
Single nucleotide extension technology for quantitative site-specific evaluation of metC/C in GC-rich regions.
Publication: Nucleic Acids Res (2005) 33(10): e95.
Authors: Kaminsky, Z. A., A. Assadzadeh, et al.
ソフトウェアのダウンロード
- Variant Reporter™ 30日間デモ バージョン
無償ダウンロード - SNPbrowser™ ソフトウェア
無償ダウンロード
SNP ジェノタイピングの手順
DNA の抽出は、DNA シーケンシングとフラグメント解析の実験ワークフローにおける重要な第一ステップです。 DNA の配列解析における全体的な読み取りの品質と精度、長さは、サンプル自体の特性と核酸抽出法に大きく左右される可能性があります。 最適な抽出法は、サンプル源や組織の種類、サンプルの入手方法、抽出前の取り扱いもしくは保存方法によって異なります。 推奨製品: DNA単離法 |
前処理:SNaPshot 反応の前に、プライマーと未反応 dNTP を除去します。 精製:SNaPshot 反応後、生成産物を Calf Intestine Alkaline Phosphatase で短時間処理します。 推奨製品: SNaPshot® 反応の実行と精製
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SNaPshot® 反応後のサンプルを、Hi-Di formamide と GeneScan LIZ-120 サイズ スタンダードの入った電気泳動試薬に加えます。 推奨製品: 解析サンプルの調製 |
SNP のジェノタイプを特定します。 推奨製品: データ分析 |
DNA の抽出は、DNA シーケンシングとフラグメント解析の実験ワークフローにおける重要な第一ステップです。 DNA の配列解析における全体的な読み取りの品質と精度、長さは、サンプル自体の特性と核酸抽出法に大きく左右される可能性があります。 最適な抽出法は、サンプル源や組織の種類、サンプルの入手方法、抽出前の取り扱いもしくは保存方法によって異なります。 推奨製品: DNA単離法 |
前処理:SNaPshot 反応の前に、プライマーと未反応 dNTP を除去します。 精製:SNaPshot 反応後、生成産物を Calf Intestine Alkaline Phosphatase で短時間処理します。 推奨製品: SNaPshot® 反応の実行と精製
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SNaPshot® 反応後のサンプルを、Hi-Di formamide と GeneScan LIZ-120 サイズ スタンダードの入った電気泳動試薬に加えます。 推奨製品: 解析サンプルの調製 |
SNP のジェノタイプを特定します。 推奨製品: データ分析 |
製品の関連資料
- プロトコル: ABI PRISM® SNaPshot® Multiplex System
- クイック参考文献カード： ABI PRISM® SNaPshot® Multiplex System
- user bulletin Using SNaPshot® on the 3730/3730xl DNA Analyzers and the 3130/3130xl Genetic Analyzers
- アプリケーションノート BAC Fingerprinting on the Applied Biosystems 3730/3730xl DNA Analyzer (3 MB)
- Getting Started Guide: GeneMapper® Software Version 4.0 and SNaPshot® Kit Analysis (3.71 MB)
参考資料
SNP 解析
- Species Identification within Lactobacillus Plantarum
Rapid identification of Lactobacillus plantarum group using the SNaPshot minisequencing assay.
Publication: Syst Appl Microbiol. 2011 Dec;34(8):586-9.
Authors: Huang CH, Chang MT, Huang MC, Lee FL. - Sub Species Identification in Tigers
The development and validation of a single SNaPshot multiplex for tiger species and subspecies identification-Implications for forensic purposes.
Publication: Forensic Sci Int Genet. 2011 Jun 30.
Authors: Kitpipit T, Tobe SS, Kitchener AC, Gill P, Linacre A. - Tracking Cows and Their Products
SNPmplexViewer–toward a cost-effective traceability system.
Publication: BMC Res Notes. 2011 May 23;4:146.
Authors: Seroussi Y, Shirak A, Seroussi E. - Identification: Differentiating drug and non-drug forms of cannabis
Differentiation of drug and non-drug Cannabis using a single nucleotide polymorphism (SNP) assay.
Publication: Forensic Sci Int. 2011 Apr 15;207(1-3):193-7. Epub 2010 Oct 30.
Authors: Rotherham D, Harbison SA. - Identifying Species in M. Tuberculosis Complex
Identification and genotyping of Mycobacterium tuberculosis complex species by use of a SNaPshot Minisequencing-based assay.
Publication: J Clin Microbiol. 2010 May;48(5):1758-66. Epub 2010 Mar 10.
Authors: Bouakaze C, Keyser C, de Martino SJ, Sougakoff W, Veziris N, Dabernat H, Ludes B. - Blood Typing
Detection of blood group genes using multiplex SNaPshot method.
Publication: Transfusion. 2009 Apr;49(4):740-9. Epub 2009 Jan 2.
Authors: Palacajornsuk P, Halter C, Isakova V, Tarnawski M, Farmar J, Reid ME, Chaudhuri A. - Selective Breeding in Horses
Identification of horse chestnut coat color genotype using SNaPshot.
Publication: BMC Res Notes. 2009 Dec 16;2:255.
Authors: Rendo F, Iriondo M, Manzano C, Estonba A. - Wheat Breeding
Insertion site-based polymorphism markers open new perspectives for genome saturation and marker-assisted selection in wheat.
Publication: Plant Biotechnol J. 2010 Feb;8(2):196-210.
Authors: Paux E, Faure S, Choulet F, Roger D, Gauthier V, Martinant JP, Sourdille P, Balfourier F, Le Paslier MC, Chauveau A, Cakir M, Gandon B, Feuillet C. - Mitochondrial SNPs Screening
A new method for analysis of mitochondrial DNA point mutations and assess levels of heteroplasmy.
Publication: Biochem Biophys Res Commun (2006) 342(2): 387-393.
Authors: Cassandrini, D., M. G. Calevo, et al. - Species identification within Lactobacillus casei
Application of the SNaPshot minisequencing assay to species identification in the Lactobacillus casei group.
Publication: Mol Cell Probes. 2011 Aug;25(4):153-7.
Authors: Huang CH, Chang MT, Huang MC, Lee FL. - Validation of Heteroplasmy after Next Generation Sequencing
Detecting heteroplasmy from high-throughput sequencing of complete human mitochondrial DNA genomes.
Publication: The American Journal of Human Genetics 2010, 87(2), 237-249.
Authors: Li M, Schonberg A, Schaefer M, et al. - Mitochondrial Variants
Mitochondrial variants in schizophrenia, bipolar disorder, and major depressive disorder.
Publication: PLoS One (2009)4(3): e4913.
Authors: Rollins, B., M. V. Martin, et al. - SNP Screening
A SNaPshot assay for the rapid and simple detection of four common hotspot codon mutations in the PIK3CA gene.
Publication: BMC Research Notes 2009, 2:66
Authors: Hurst, D C,Zuiverloon, TCM, Hafner, C, Zwarthoff, EC et al. - Loss of Heterozygosity
Multiplex SNaPshot Genotyping for Detecting Loss of Heterozygosity in the Mismatch-Repair Genes MLH1 and MSH2 in Microsatellite-Unstable Tumors.
Publication: Clin Chem 54(11): 1844-1854 (2008)
Authors: Bujalkova, M., K. Zavodna, et al. - Anitretroviral Resitance Mutation
Pre-screening HIV-1 reverse transcriptase resistance mutations in subtype B patients using a novel multiplex primer extension assay.
Publication: Curr HIV Res (2009) 7(4): 398-409.
Authors: Jakobsen, M. R., A. Aggerholm, et al. - Asses Meat Performance in Pigs
SNaPshot minisequencing and a panel of candidate genes for complex routine testing of meat performance traits in pigs.
Publication: Anim Biotechnol. 2007;18(2):109-15.
Authors: Civánová K, Knoll A. - Degraded DNA
Developing multiplexed SNP assays with special reference to degraded DNA templates.
Publication: Nature Protocols 2006;1(3):1370-8
Authors: Sanchez, JJ. & Endicott, P. - Pathogen Resistance
Single nucleotide polymorphism and haplotypes in the IL10 region associated with HCV clearance
Publication: Genes Immun. 2005 Jun;6(4):347-57.
Authors: Oleksyk TK, Thio CL, Truelove AL, Goedert JJ, Donfield SM, Kirk GD, Thomas DL, O'Brien SJ, Smith MW. - Mitochondrial SNPs Screening
Mitochondrial DNA mutations in patients with postlingual, nonsyndromic hearing impairment
Publication: European Journal of Human Genetics (2005) 13, 26−33.
Authors: Jacobs HT, Hutchin TP, Käppi T, Gillies G, et al. - Scrapie Susceptability Screening
Primer extension assay for prion protein genotype determination in sheep.
Publication: Molecular and Cellular Probes (2004), 18(1), 33-37.
Authors: Vaccari G, Conte M, Morelli L, Di Guardo G, et al. - Gene Alterations in Carcinogenesis
Role of COX-2, thromboxane A2 synthase, and prostaglandin I2 synthase in papillary thyroid carcinoma growth.
Publication: Mod Pathol. 2005 Feb;18(2):221-7.
Authors: Kajita S, Ruebel KH, Casey MB, Nakamura N et al. - Arabidopsis Marker
Establishment of a high-efficiency SNP-based framework marker set for Arabidopsis.
Publication: Plant J. 2003 Oct;36(1):122-40.
Authors: Törjék O, Berger D, Meyer RC, Müssig C, Schmid KJ, Rosleff Sörensen T, Weisshaar B, Mitchell-Olds T, Altmann T. - SNP Validation in Immunity
Single nucleotide polymorphisms and haplotypes in the IL10 region associated with HCV clearance.
Authors: Oleksyk TK, Thio CL, Truelove AL, Goedert JJ, et al.
SNP の定量
- Quantitative Mutant Measurement
Putative precursor cancer cells in human colorectal cancer tissue.
Publication: Int J Clin Exp Pathol (2009)2(2): 154-162
Authors: Goranova, T. E., M. Ohue, et al. - Allele-specific Gene Expression
Cis-acting variation in the expression of a high proportion of gene in human brain.
Publication: Hum Genet. 2003 Jul;113(2):149-53. Epub 2003 May 1.
Authors: Bray NJ, Buckland PR, Owen MJ, O'Donovan MC. - Allele-specific Gene Expression
Allelic variation in human gene expression
Publication: Curr Opin Oncol. 2004 Jan;16(1):39-43.
Authors: Yan H, Zhou W. - Quantitative SNP Allele Frequency Measurement
Universal, robust, highly quantitative SNP allele frequency measurement in DNA pools.
Publication: Hum Genet. 2002 May;110(5):471-8. Epub 2002 Mar 23.
Authors: Norton N, Williams NM, Williams HJ, Spurlock G et al.
BAC フィンガープリント
- High-throughput Fingerprinting of Bacterial Artificial Chromosomes
High-throughput fingerprinting of bacterial artificial chromosomes using
Publication: Genomics 82 (2003) 378–389
Authors: Ming-Cheng Luo, Carolyn Thomas, Frank M. You, Joseph Hsiao
メチル化
- Detecting Methylation Status
Capillary electrophoretic analysis of methylation status in CpG-rich regions by single-base extension of primers modified with N6-methoxy-2,6-diaminopurine
Publication: Analytical Biochemistry Volume 380, Issue 1, 1 September 2008, Pages 13-20.
Authors: Boyd, V.L. et al. - Methylation Status
Single nucleotide extension technology for quantitative site-specific evaluation of metC/C in GC-rich regions.
Publication: Nucleic Acids Res (2005) 33(10): e95.
Authors: Kaminsky, Z. A., A. Assadzadeh, et al.
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SNP ジェノタイピング用推奨製品
For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.