コンサルティング事例紹介

大阪大学大学院医学系研究科消化器内科学様

大阪大学大学院医学系研究科消化器内科学

甲斐優吾様

研究内容

C型肝炎ウイルスにおける薬剤耐性変異およびゲノム多様性

アプリケーション

変異解析（ウイルス配列Ampliconの解析）

サポート内容

変異を含んだウイルスの配列のクラスタリング
特定位置の変異のアミノ酸変化比率取得スクリプト開発
配列多様性解析用プログラム開発

ご利用者の声

臨床的な疑問点やニーズに応じて、既存の方法にとらわれず、細かにご対応いただきました。専門的知識をもとにアドバイスいただき、また、目的達成のため、熱心に取り組んでいただき助かりました。

公開情報・刊行物など

Kai, Y. et al. Baseline quasispecies selection and novel mutations contribute to emerging resistance-associated substitutions in hepatitis C virus after direct-acting antiviral treatment. Sci. Rep. 7, 41660; doi: 10.1038/srep41660 (2017).

治療前後の配列の比較および、配列の多様性に着目して描画した系統樹の例

東京大学大学院新領域創成科学研究科様

東京大学大学院新領域創成科学研究科メディカル情報生命専攻

渡邊学様

研究内容

イヌ・ネコの形質・遺伝病・がんのゲノム・遺伝子解析による獣医臨床ゲノム研究
自然発症する次世代型ヒト疾患モデル動物としての比較疾患ゲノム研究

アプリケーション

ゲノム解析（WGS・エクソーム）、発現解析（RNA-Seq）、
マルチプレックス法による臨床がんゲノム解析（AmpliSeq DNA）

サポート内容

イヌのがんにおける大規模AmpliSeq カスタムプライマー設計
Linuxサーバー上のカスタム解析パイプライン構築
トラブル発生時のリモート保守
大容量ストレージの構築と管理

ご利用者の声

研究内容をヒアリングいただき、解析パイプライン構築やデータ処理まで手厚くサポートを頂いています。

公開情報・刊行物など

渡邊学, イヌゲノム研究の現状と課題と展望～イヌと起源、形質、遺伝病、がん～動物遺伝育種研究 / 44 巻 (2016) 2 号 p. 69-85 https://doi.org/10.5924/abgri.44.69

Tsuboi M, Watanabe M, Nibe K, Yoshimi N, Kato A, Sakaguchi M, et al. (2017) Identification of the PLA2G6 c.1579G>A Missense Mutation in Papillon Dog Neuroaxonal Dystrophy Using Whole Exome Sequencing Analysis. PLoS ONE 12(1): e0169002. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0169002