こんな要望をお持ちの方にお勧めです

• 作業で時間の掛かっている解析作業を自動化したい
• コマンド操作が面倒な解析ツールをトレントブラウザで実行したい
• Torrent Suite が対応していない生物種を解析したい
• オリジナルの解析パイプラインをプラグインとして使用したい

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RNASeqAnalysis_TopHat プラグイン

機能

• スプライスジャンクションを考慮したマッピング
• 遺伝子毎のタグカウント
• 転写産物構造予測および発現量（RPKM）算出
• 様々な生物種に対応可能

主な使用ソフトウェア

TopHat2, Bowtie2, HTSeq, Cufflinks

要望に応じてリファレンス情報を設定可能

解析パイプライン

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MethylationAnalysis_Amplicon プラグイン

機能

• バイサルファイト処理DNAを考慮したマッピング
• アンプリコン内の各CpGポジション毎のメチル化率を算出
• リード毎のメチル化状態を解析して出力

主な使用ソフトウェア

Bismark

CpG配列のメチル化解析イメージ

出力ファイルをExcelで開いた例