KingFisher 샘플 정제 시스템 샘플 데이터

Nasopharyngeal swab 검체는 SARS-COV-2 바이러스 RNA(각각 검출 한계 1배 또는 3배)의 250 copies/mL(왼쪽) 또는 750 copies/mL(오른쪽)로 스파이크되고 Wash 3과 함께(+) 또는 없이(–) MagMAX Viral/Pathogen Kit(카탈로그 번호 A42352)를 사용하여 스파이크된 샘플 200μL 또는 400μL에서 RNA를 3회 추출했습니다. 50μL에서 elution 후 4개의 RNA 타겟(색상 기호)에 대해 qRT-PCR을 통해 샘플을 3회 분석했습니다. 각 대상의 C_T 값은 매우 일관적이고(기호들이 면밀히 모임) 샘플 부피와 세척 조건 간에 거의 동일하여 간소화된 lower-volume 프로토콜을 검증했습니다. 모든 음성 시료는 “검출되지 않음”(데이터 표시되지 않음)의 C_t 값을 가졌습니다.

KingFisher와 MagMAX Multi-Sample Ultra 2.0 Kit(카탈로그 번호 A36570)를 사용하여 두 명의 도너의 전혈에서 DNA를 분리하였습니다. 샘플 >400µL이 24-well 플레이트에서 large-volume 프로토콜을 사용하여 처리되었으며, 샘플 50~400µL은 96-well 플레이트에서 small volume 프로토콜을 사용하여 처리되었습니다. (동일 플레이트에서 50µL 및 400µL 샘플이 동시에 실행되더라도 샘플 부피 정규화가 필요하지 않았습니다.) 실행 시간은 45분이었습니다. (상부) 회수 부피는 작은 볼륨 및 큰 볼륨 입력 모두에서 선형이었습니다. (하부) A₂₆₀/A₂₈₀ 그리고 A₂₆₀/A₂₃₀ 및 비율은 샘플 볼륨 전반에 걸쳐 높은 순도를 보였습니다.

두 기증자의 대변, 소변 및 타액 샘플의 총 핵산이 KingFisher 에서 MagMAX Microbiome Ultra Nucleic Acid Isolation Kit(카탈로그 번호 A42357 및 A42358)를 사용하여 분리되었고, shotgun metagenomic 염기서열분석을 위해 제출되었으며 알려진 미생물 프로파일과 비교하였습니다. 그림은 모든 샘플에 대해 선택된 미생물군에 대한 존재량 heat maps를 보여줍니다. 연구 결과에 따르면 각 신체 상의 서식지에 따라 우세한 미생물의 종류가 다르며, 주로 소변과 타액 사이에 몇 가지의 공통된 종만 있는 것으로 확인되었습니다. 각 커뮤니티에서, 기증자 사이에 상당한 중첩이 있었지만, 개인의 차이점까지 나타났습니다.