Next-Generation Sequencing Validation | Thermo Fisher Scientific

Next-generation sequencing (NGS) analyses have revolutionized understanding of biological processes. In many basic science or clinical studies, substantive insights have been made by comparing the primary DNA sequences of genes in different groups of subjects. But as every researcher knows, no single application or technique tells the whole story. Often, it is the thoughtful combination of approaches that delivers the insight needed to move research forward.

NGS(next-generation sequencing) 분석은 생물학적 과정을 정확히 이해하는 데 획기적인 기여를 했습니다. 많은 기초 과학 또는 임상 연구에서 중요한 부분을 정확하게 이해하기 위해 각기 다른 대상 그룹에서 유전자의 일차 DNA 염기서열을 비교하고 있습니다. 그렇지만, 모든 연구진이 알고 있듯이 단일 어플리케이션이나 기법만으로는 전체 상황을 파악하지 못합니다. 흔히 연구를 진척시키는 데 필요한 원리를 이해하기 위해 다양한 접근법을 신중히 조합하기도 합니다.

예를 들어, 최근 연구에 따르면 NGS를 통해 검출된 최대 2%의 변이체는 Sanger 시퀀싱으로 재현할 수 없다는 사실이 밝혀졌습니다. 따라서 NGS 연구를 통해 확실한 결론을 유도하기 전에 NGS로 알아낸 잠재적인 변이체를 직교 방법으로 확인해야 합니다.

앱 노트 다운로드

1Isolate DNA

Isolate DNA using RecoverAll Total Nucleic Acid Isolation Kit

2Perform PCR

Perform PCR with primers designed for Sanger sequencing panels

3Prepare for sequencing

Prepare for sequencing using BigDye Direct Cycle Sequencing Kit

4Run sequencing

Run sequencing using 3500xL Genetic Analyzer

5Analyze data

Analyze data using Minor Variant Finder Software

당사는 NGS 시스템으로 발견한 변이체를 확인할 수 있는 전체 workflow를 갖추고 있습니다. Applied Biosystems™ 제품은 함께 작동하도록 최적화되어 있습니다. 확인하도록 표시된 NGS 변이체는 Primer Designer™ Tool로 직접 가져올 수 있고, 여기서 PCR primer pair를 선택하고 주문하여 BigDye™ Direct Cycle Sequencing Kit 및 3500 Genetic Analyzer와 함께 주기 시퀀싱에서 사용할 수 있습니다. 그런 다음, Thermo Fisher Cloud의 NGC(Next-Generation Confirmation) 도구에서 결과 데이터(NGS의 .vcf 파일과 Sanger의 .ab1 추적 파일)를 정렬하고 비교합니다.

Application note: Using Sanger capillary electrophoresis sequencing to confirm variants discovered by next-generation sequencing (NGS)

어플리케이션 노트: Sanger 모세관 전기영동 시퀀싱을 사용해 NGS(next-generation sequencing)로 발견한 변이체 확인

이 어플리케이션 노트에는 연구진이 NGS(next-generation sequencing) 기반 데이터를 사용해 결과를 확인할 수 있는 정보가 나와 있습니다. 여기서는 확인이 NGS 기반 데이터 분석에서 중요한 부분인 이유를 설명합니다. 또한, Applied Biosystems 브랜드 포트폴리오상의 시약과 시스템을 사용할 경우 NGS 결과를 직교 방식으로 얼마나 쉽게 확인할 수 있는지 설명합니다.

NGS 확인 workflow

We offer a simple, fast, and complete workflow for verifying variants discovered by NGS systems. The workflow can be completed in less than one work day, from sample to answer. Applied Biosystems products are optimized to work together. NGS variants that are marked for verification can be directly imported into the Primer Designer Tool, where PCR primer pairs can be chosen and ordered for use in cycle sequencing. The resulting data are then aligned and compared in the Next-Generation Confirmation (NGC) tool in our Connect cloud-based platform.

Learn more about each step of our recommended Sanger sequencing workflow ›

작은 변이체 검출

Applied Biosystems™ Minor Variant Finder Software 는 작은 돌연변이를 Sanger 시퀀싱을 통해 검출하고 보고하도록 개발된 새로운 소프트웨어입니다. NGS 기술을 사용하는 고효율 실험실에서는 NGS 결과의 작은 변이체를 Sanger 시퀀싱으로 빠르고 저렴하게 확인할 수 있습니다. NGS 기술을 사용하는 고효율 실험실에서는 NGS 결과의 작은 변이체를 Sanger 시퀀싱으로 빠르고 저렴하게 확인할 수 있습니다.

모든 NGS 플랫폼의 NGS 변이체 파일(.vcf)을 참조 탭에서 Minor Variant Finder Software로 가져와 확인 보고를 할 수 있습니다. 확인 데이터를 정렬 보기와 벤다이어그램으로 시각화할 수 있습니다.

NGS 확인 데이터의 시각화

크게 보려면 +를 클릭하세요.

변이체 벤다이어그램: 설정에서 선택한 .vcf 파일에 나열된 NGS 변이체 개수와 검토하지 않거나 허용한 Sanger 변이체 개수가 나옵니다(변이체[Variants] 화면에서 거부된 변이체는 표시되지 않음). 두 원이 겹치는 부분은 NGS와 Sanger 변이체로 식별된 변이체 개수를 나타냅니다.
염색체
주석 달린 변이체(Annotated Variant): 클릭하면 변이체에 대한 NCBI 정보가 표시됩니다.
변이체 위치에 있는 참조 염기와 NGS 및 Sanger 분석으로 알아낸 대체 염기.
검토 상태(Review Status): 변이체 화면의 상태.

Minor Variant Finder Software의 데모 버전에 대해 자세히 알아보거나 다운로드하기