寡核苷酸设置选项

我们的寡核苷酸有多种合成规模、纯化选项和修饰。许多不同的应用需要不同的规模或纯度的定制DNA 寡核苷酸合成，才能很好地工作。点击此处了解如何为您的应用选择最佳寡核苷酸设置。

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为协助选择过程，我们收集了以下可用选项和指南列表：

合成规模

用于 PCR 分析的合成规模 

当为 PCR 分析订购定制寡核苷酸时，合成规模决定了反应数量。下表假定 PCR 反应为 100 μl，寡核苷酸最终浓度为 0.1 至 0.5 μM。

合成规模预估反应次数
25 nmole500 至 2,500
50 nmole1,000 至 5,000
200 nmole4,000 至 20,000
1 µmole20,000 至 100,000
10 µmole100,000 至 1,000,000

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纯化选项

了解为什么有时需要纯化寡核苷酸

DNA 合成后，通过在碱性溶液如氢氧化铵中孵育，从固体支持物中释放出完整的 DNA 链。该溶液含有所需的全长寡核苷酸，但也含有在合成过程中中止的所有 DNA 链（失败序列）。如果合成 20 聚体，该溶液还将包含 19 失效聚体，18失效 聚体，17 失效聚体等。存在的失效序列的数量受耦合效率的影响。这些失效序列可以在诸如 PCR 分析中与全长产品发生竞争，因此可能需要在寡核苷酸使用之前将其去除。

提供的纯化选项

纯化方法描述优势
脱盐
（ 25 nm: 10–100 bp; 50 nm: 5-100 bp ) 
采用正相色谱柱处理寡核苷酸，去除盐但不去除失败序列。即用型无盐 DNA 溶液；适用于许多 PCR 和测序分析，无需进一步纯化。
过柱 
（50 nm–1 µm, 7-55 bp )		基于反相色谱；从完成的合成中去除失败序列。提供某些分析应用所需的全长序列
HPLC 
(50 nm+, 10-55 bp )		反相高效液相色谱（HPLC）以与过柱纯化相同的方式去除失效序列或未掺入的标记。保证某些分析应用中需要的高度纯化的引物（> = 85％ 全长）。
PAGE 
(200 nm+, 7-100 bp )		用于根据大小和构象区分全长产品和失效序列的方法。提供特定应用（例如诱变或接头生产）所需的最高比例的全长寡核苷酸（> = 85％）。

分析应用纯度指南

分析应用建议的纯化选项
AFLP 分析脱盐寡核苷酸已成功用于“扩增限制性片段多态性”。
反义HPLC 纯化的寡核苷酸在反义研究的参考文献中引用最多。有关 HPLC 纯化产量，请参见最低产量表。
文库构建中的第一链 cDNA 合成用于文库构建的第一链 cDNA 合成的寡核苷酸通常在末端具有一些编码 5’ 限制性内切核酸酶克隆位点的序列。因此，最好使用全长的，经过过柱、HPLC 或 PAGE 纯化的寡核苷酸。
荧光测序所有四种纯度等级都已成功地为科学家们服务。
凝胶迁移试验建议将小柱、HPLC 和 PAGE 纯化的寡核苷酸用于凝胶迁移试验，以便获得均一的 DNA 片段群。
GENETRAPPER 筛选推荐使用 PAGE 纯化的寡核苷酸。在将其用于 GeneTrapper 系统中的拖尾反应之前，引物应先采用苯酚萃取并用乙醇沉淀。如果购买了脱盐纯度的寡核苷酸，可以使用 PAGE 纯化方案对其进行 PAGE 纯化。
恒温测序脱盐寡核苷酸对于该分析来说已经足够，过柱、HPLC 和 PAGE 纯化的寡核苷酸也可以。
微阵列标准脱盐寡核苷酸已经足够用于阵列分析。
PCR脱盐寡核苷酸适用于标准 PCR。更高纯度也可以。
5’ 端序列至关重要的寡核苷酸 PCR（例如，限制性内切核酸酶位点，RNA 聚合酶启动子）经过柱、HPLC 和 PAGE 纯化的寡核苷酸效率最高。由于寡核苷酸合成是从 3’ 端至 5’ 端，不完整的寡核苷酸（n-x 寡核苷酸）将从 5’ 端序列缺失。使用具有 5’ 端序列的全长寡核苷酸是很重要的，否则在 PCR 反应之前将合成一群缺失序列的 PCR 产物。
克隆接头生产全长寡核苷酸最适合有效的克隆。全长引物使用经过柱、HPLC 或 PAGE 纯化的寡核苷酸。
定点突变全长（例如，经小柱、HPLC 和 PAGE 纯化的）寡核苷酸通常倾向于提供最高百分比的突变体克隆（尤其是预突变位点在寡核苷酸 5’ 末端附近时）。使用脱盐寡核苷酸可以获得所需的突变。然而，一些野生型亲本载体克隆可能存在残留。
修饰选项 - 5′-, 3′ - 和内部修饰

如果您需要的修饰与以下选项不同，请给我们发送电子邮件。

5’ 修饰

回顾我们选择的通用修饰、荧光染料修饰和分子探针染料。注：带星号（*）的修饰名称代表经 HPLC 纯化的产品。

修饰名称 电子订购代码吸收最大值（nm）发射最大值（nm）消光系数（OD /摩尔） 260 nm
一般修饰
醛类ALDNANANA
胺（一级）AMNNANANA
生物素BIONANANA
磷酸盐PHONANANA
硫醇THLNANANA
荧光染料修饰
荧光素FLO49452031,500
HEXHEX53555331,580
ROX*ROX57660122,500
TETTET52253816,255
TAMRA*TAM56558032,300
*这些产品经 HPLC 纯化

分子探针染料
染料*电子订购代码颜色吸收最大值（nm）摩尔发射最大值（nm）消光系数 (cm -1M -1)
Alexa Fluor 488488绿色49051971,000
Alexa Fluor 532532绿色53255381,000
Alexa Fluor 546546黄色556573104,000
Alexa Fluor 555555橙色/黄色555565150,000
Alexa Fluor 594594橙色59061773,000
Alexa Fluor 647647红色650655239,000
Alexa Fluor 660660红色663690132,000
Alexa Fluor 750750紫色749755240,000
Bodipy FLBDAFar Red50251082,000
Bodipy 530/550BDB—53455177,000
Bodipy 493/503BDC—50050979,000
Bodipy 558/569BDE—55956897,000
Bodipy 564/570 BDF—563569142,000
Bodipy 576/589BDG—57558883,000
Bodipy 581/591BDH—581591136,000
Bodipy FL-XBDI—50451085,000
Bodipy TR-XBDJ—58861668,000
Bodipy TMRBDK—54457056,000
Bodipy R6GBDL—52854770,000
Bodipy R6G-X BDM—52954773,000
Bodipy 630/650BDN—625640101,000
Bodipy 650/665BDP—651660100,000
Cascade蓝色染料CSB蓝色40042028,000
Marina蓝色染料MNB蓝色36245919,000
Oregon绿 514OGB绿色50652685,000
Oregon绿 488OGC绿色49552176,000
Oregon绿 488-XOGD绿色49451784,000
PACIFIC蓝色染料PFB蓝色41645136,000
Rhodamine绿色染料 RGA绿色50453278,000
Rhodol 绿色染料RGB绿色49652363,000
Rhodamine绿-XRGC绿50352874,000
Rhodamine红-XRRA红色560580129,000
Texas红-XTRX红色583603136,000
*这些产品经 HPLC 纯化

内部修饰

查看可用内部修饰列表及其电子订购代码。

替代碱基电子订购代码描述
Deoxyuracil U与 UDG 一起用于无连接酶克隆。
Deoxyinosine IDeoxyinosine具有与所有四个碱基进行碱基配对的能力；然而，它具有不同的亲和力。Martin 等人报道了不同组合的稳定性顺序，从最大到最不稳定。 如下面所述：I:C、I:A、I:T 和 I:G。研究发现，I:C 配对比 A:T 配对稳定性稍差（Martin FH，Castro MM 等。（1985）Nucleic Acids Res.13：8927.)
Phosphothiates （见下文）核苷酸之间磷酸二酯键中的一个氧被硫取代。然后，连接至指定碱基的 3’ 侧。
A-Phosphorothioate F 
C-Phosphorothioate O 
G-Phosphorothioate E 
T-Phosphorothioate Z 
混合碱基* 简并碱基 - 合成仪等量分配指定碱基
A+C+G+T N 
A+C+G V 
A+T+G D 
T+C+G B 
A+T+C H 
A+T W 
C+G S 
T+G K 
A+C M 
C+T Y 
A+G R 
*对于 50 nmole 及以上规模，可以在任意位置指定混合碱基。对于 25 nmole 规模，除 3’ 端碱基外，可以在任意位置指定混合碱基。通过使合成仪在指定碱基添加的情况下等量分配的每种碱基来获得混合碱基。耦合效率的差异可能导致最终产品略微偏向于以最高效率耦合的碱基。

3’ 修饰

注：并非所有修饰都适用于所有规模和纯化方法。除内部混合碱基外，所有修饰都不适用于次日交付订购的寡核苷酸。请联系技术支持，获取更多信息。

染料名称电子订购代码吸收最大值（nm）发射最大值（nm）260 nm 下的消光系数（OD /mole）
生物素BIONANANA
磷酸盐PHONANANA
其他修饰

您是否需要订购含特殊修饰的 DNA 或 RNA 寡核苷酸，但在我们的定制寡核苷酸页面上找不到？然后，联系我们的定制寡核苷酸服务团队进行订购。

带给您更多

我们很自豪能够提供更多的定制寡核苷酸选择，这些选项不会出现在我们的标准修饰菜单中。  

每个订单都被我们的专业服务团队视为特殊项目。完成后，我们的技术、质量和生产团队将对该项目进行审核，提供业内最佳的产品。

常见问题解答

问：可用修饰有哪些？
答：我们的合成仪允许我们使用任意商业上可用的修饰并将它们添加至您的寡核苷酸中。我们还提供荧光染料后合成标记，例如我们优质的 Alexa Fluor 染料。

问：可用规模有哪些？
答：我们的生产规模为 200 nmol 至 1 g（各种纯度水平）。请告诉我们您的需求。
 
问：您提供的纯度选择有哪些？
答：我们提供标准脱盐、HPLC 和体内纯化。

问：您是否提供定制 siRNA 文库？
答：我们可以提供针对您目标基因列表设计而成的板装 siRNA 。马上联系我们，了解报价。

立即开始您的项目！获取我们的订单表并开始流程。项目经理将于 2 个工作日内回复您的询问。

有关更多信息，请致电 800.955.6288 x2（仅限美国），或发送电子邮件至定制寡核苷酸服务。  

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