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Oncomine TCR Beta-SR Assay
Ion Torrent ショートリード NGS アッセイを用いて腫瘍微小環境を解析します。
腫瘍中の T 細胞クローンの特定やクローン増殖の解析は、腫瘍の特徴を明らかにすることやがんワクチンのデザイン、微小残存病変（MRD）研究の有用性を評価するのに重要です。T 細胞受容体のベータ（β）鎖の CDR3 領域は、抗原を認識するという役割のほとんどを担っています。
CDR3 領域をコードする配列は非常に多様であり、あらゆる T 細胞クロノタイプに固有のものです。そのため、免疫レパートリーシーケンスでは、CDR3 配列を用いて T 細胞クロノタイプを特定します。 Oncomine TCR Beta-SR Assay では CDR3 領域をターゲットとしているため、このような解析が可能となります。
免疫レパートリーを解析し、T 細胞受容体（TCR）再構成の多様性を理解することは、がん免疫研究にとって大きな前進となります。Oncomine TCR Beta-LR Assay では相補性決定領域（CDR）1、2、3 を解析対象とし、Oncomine TCR Beta-SR Assay では、CDR3 を短いアンプリコン TCR シーケンスで特異的に解析し、免疫状態を明らかにします。
T 細胞応答の特徴を明らかにする—T リンパ球のクローンを評価することにより、腫瘍抗原に対する反応を測定
低頻度クローンの特定—104 分の 1 から 105 分の 1 の LOD で、T 細胞悪性腫瘍を検出
T 細胞受容体のベータ鎖をゲノム DNA または RNA で配列決定—FFPE サンプル由来の 100 ng DNA または 50 ng RNA で腫瘍微小環境を調べます
注目の e-learning シリーズ：免疫療法の進歩
次世代シーケンスによるがん免疫サイクルの解明 サーモフィッシャーサイエンティフィック Ion Torrent 次世代シーケンシング（NGS）プラットフォーム、ソフトウェア・バイオインフォマティクス部長
Simon Cawley 博士
T 細胞受容体の次世代シーケンスによる精密免疫療法への応用：パートI、II サーモフィッシャーサイエンティフィック バイオインフォマティックス スタッフサイエンティスト、
Timothy Looney 博士
Oncomine TCR Beta-SR Assay の性能
A.
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B.
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C.
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図 1.三つの異なる FFPE 組織の試験。(A) 扁桃腺 RNA、高T 細胞含有量 (B) 胸腺 RNA、中程度の T 細胞含有量 (C) 脾臓 RNA、低T 細胞含有量。各組織の T 細胞含有量は、すべての T 細胞に共通の遺伝子を精査する qPCR アッセイを用いて、前もって実測されました。TCR ベータアッセイのシーケンスデータは、前もってこの qPCR アッセイで測定されたものと一致しています。
Oncomine TCR Beta-SR Assay DNA & RNA ワークフロー
- FFPE 組織
- 新鮮凍結（FF）組織
- 選別された T 細胞
- PBMC／全血
- cfDNA
- DNA サンプル調製では、ライブラリ作製に 100 ng ～ 1 μg の DNA インプット量が必要です
- RNA サンプル調製では、ライブラリ作製に 50 ng ～ 1 μg の RNA インプット量が必要です
- Ion GeneStudio S5 システムと Ion 540 チップまたは Ion 550 チップを使用したシーケンス
- Ion Reporter Software 5.10 以上を使用しダウンストリームデータ解析を実施
- FFPE 組織
- 新鮮凍結（FF）組織
- 選別された T 細胞
- PBMC／全血
- cfDNA
- DNA サンプル調製では、ライブラリ作製に 100 ng ～ 1 μg の DNA インプット量が必要です
- RNA サンプル調製では、ライブラリ作製に 50 ng ～ 1 μg の RNA インプット量が必要です
- Ion GeneStudio S5 システムと Ion 540 チップまたは Ion 550 チップを使用したシーケンス
- Ion Reporter Software 5.10 以上を使用しダウンストリームデータ解析を実施
サンプル採取からレポートまで—わずか 2 日間
データセキュリティー—データの完全な管理（サービスモデルや追加料金はありません）、解析の完全な透明性、データ取得後のTCR 配列の所有権を保持
精度—DNA または RNA のいずれかを出発材料とし、Ion GeneStudio S5 システムを用いることで生産的な再配置が行われたTCR ベータ鎖のクローン性を調べることができます
低インプット量—サンプルによる制約やアプリケーションの設定に応じて、幅広いインプット量（50 ng ～ 1 μg）で Ion AmpliSeq によるライブラリ作製
Resources
For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.