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Understanding brain and neuro-functions
Studying the brain and neuro-functions requires the knowledge of a vast selection of experimental methods, from cell preparation to image acquisition and analysis. Thermo Scientific Amira Software supports you in the most frequently used image analysis techniques, such as filament tracing and editing, DTI analysis, brain perfusion analysis, and object tracking. Combining Amira Software's versatility with state-of-the-art 3D visualization and image processing enables you to create custom workflows that extract exactly the desired type of information from an image.
Imaging data
Processing
Visualization
Analysis
信頼性
当社のデジタルイメージングベースのワークフローは、パワフルなセグメンテーションや画像処理能力およびワークフローを備えており、また科学コミュニティや数千人もの研究者との20年以上にわたるコラボレーション実績があるため、生物医学およびライフサイエンスの研究において信頼できる答えを提供することが実証されています。
カスタマイズ
お客様のニーズはそれぞれ異なり、常に進化しているため、当社のソフトウェアソリューションは非常に柔軟で、自由にカスタマイズできます。当社のスクリプトインターフェース（Python、TCL）、MATLABとのブリッジ、およびプログラミングAPIを利用することにより、当社のソフトウェアソリューションを拡張し、お客様独自のIP（知的財産）を統合できます。また必要に応じて、当社のプロフェッショナルサービスチームがお客様のニーズに合わせた独自ソリューションの設計をお手伝いします。
サポート
当社は専用のプロフェッショナルサポートチームを配備しているため、トップエキスパートに問い合わせて、あらゆる質問に対する回答を得ることができます。また、当社のトレーニングやコンサルティングオプション、拡張し続けているチュートリアルやハウ・ツーを活用することで学習時間を短縮し、追求している答えを見つけることに集中できます。
自動化
自動化機能や拡大を続けるアドオンのオンラインレポジトリ（Xtra Gallery）により、繰り返し可能なワークフローを再現が容易なレシピに変換きます。人工知能が追加されているため、画像処理専門家以外でも分析が可能で、複雑な分析に費やす時間を短縮しながら結果の一貫性を維持できます。
Insight from your peers
Explore industry-leading insights and research that can support your lab workflow. Amira Software can empower your lab with a cutting-edge, comprehensive imaging data analysis toolbox.
Helping scientists answer questions that enable breakthrough discoveries in life sciences, materials science, and industry.
 | Correlative Microscopy: Using Amira Software to Understand the Spread of Cancer Read more |
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 | Cryo-Electron Tomography and 3D Software Advances Coronavirus Research Read more |
Understanding the complexity of cancer with correlative light electron microscopy and Amira Software
Understanding the interconnectivity of the brain is essential for functional brain research. This allows researchers to better understand how different parts of the brain jointly orchestrate higher cognitive functions and motor skills.
With Amira Software, you are able to perform the entire DTI analysis workflow by first converting images into Talairach coordinates. You are then able to map multiple brain images onto a reference brain. Once the brain images are aligned, gradient images can be converted into a tensor field, and nerve fiber bundles can be tracked and visualized with our state-of-the-art visualization tools.
With Amira Software, you are able to trace, analyze, and quantify 3D images of filamentous structures such as neurons and blood vessels. Filamentous networks can be reconstructed, and measures such as length, thickness, orientation, ranks, etc., can be computed and visualized in compelling 3D renderings. Tracing can be performed automatically or interactively, depending on the application and needs.
Our template-matching algorithm allows automatic detection and tracing of fine filaments in noisy cryo-EM data. Amira Software also enables you to edit the resulting graphs to remove image features erroneously identified as a filament or to add missing parts of a network.
Brain perfusion studies help researchers and scientist to understand the impact of strokes or other brain tissue diseases such as Alzheimer and dementia. The exact location and duration of a stroke can determine functional impact of the event.
With Amira Software, you are able to analyze brain perfusion in perfusion-weighted MRI and CT images. This analysis includes computation of mean transit time (MTT), cerebral blood flow (CBF), and cerebral blood volume (CBV).
In vitro neuroscience research has grown considerably in neurodegenerative, neurogenesis, and neurotoxicology applications. Neurite outgrowth and synaptogenesis are the gold standards for evaluating health and functionality of neurons. However, even in vitro, identification of neuronal outgrowth morphology is difficult.
Researchers manually tracing neurites and synaptogenic spots face variability and non-scalability. Amira Software’s three-dimensional neuroscience abilities can accurately and efficiently quantify neuronal morphology in 3D models to facilitate the high-throughput demands of this research.
Understanding the interconnectivity of the brain is essential for functional brain research. This allows researchers to better understand how different parts of the brain jointly orchestrate higher cognitive functions and motor skills.
With Amira Software, you are able to perform the entire DTI analysis workflow by first converting images into Talairach coordinates. You are then able to map multiple brain images onto a reference brain. Once the brain images are aligned, gradient images can be converted into a tensor field, and nerve fiber bundles can be tracked and visualized with our state-of-the-art visualization tools.
With Amira Software, you are able to trace, analyze, and quantify 3D images of filamentous structures such as neurons and blood vessels. Filamentous networks can be reconstructed, and measures such as length, thickness, orientation, ranks, etc., can be computed and visualized in compelling 3D renderings. Tracing can be performed automatically or interactively, depending on the application and needs.
Our template-matching algorithm allows automatic detection and tracing of fine filaments in noisy cryo-EM data. Amira Software also enables you to edit the resulting graphs to remove image features erroneously identified as a filament or to add missing parts of a network.
Brain perfusion studies help researchers and scientist to understand the impact of strokes or other brain tissue diseases such as Alzheimer and dementia. The exact location and duration of a stroke can determine functional impact of the event.
With Amira Software, you are able to analyze brain perfusion in perfusion-weighted MRI and CT images. This analysis includes computation of mean transit time (MTT), cerebral blood flow (CBF), and cerebral blood volume (CBV).
In vitro neuroscience research has grown considerably in neurodegenerative, neurogenesis, and neurotoxicology applications. Neurite outgrowth and synaptogenesis are the gold standards for evaluating health and functionality of neurons. However, even in vitro, identification of neuronal outgrowth morphology is difficult.
Researchers manually tracing neurites and synaptogenic spots face variability and non-scalability. Amira Software’s three-dimensional neuroscience abilities can accurately and efficiently quantify neuronal morphology in 3D models to facilitate the high-throughput demands of this research.
初級者向けトレーニング
Amira、Avizo、およびPerGeosソフトウェアの新規ユーザー用に設計された初級者向けトレーニングは学習速度を高め、投資を最大化します。
このコースは講義と実践セッションで構成されています。トレーニング教材は、Amira、Avizo、およびPerGeosソフトウェアの基本的な特長や機能を取り上げています。
上級者向けトレーニング
Amira、Avizo、およびPerGeosソフトウェアの既存ユーザー用に設計された上級者向けトレーニングは投資を最大化し、結果までの時間の短縮します。
このコースは講義と実践セッションで構成されています。トレーニング教材は、Amira、Avizo、およびPerGeosソフトウェアの高度な特長や機能を取り上げています。
カスタム開発
サーモフィッシャーサイエンティフィックには25年以上にわたる3Dおよび画像処理の経験と、大小の規模の組織に提供してきたカスタムプロジェクトの実績があり、お客様の独自のニーズに合わせてソリューションを提供できます。
当社のソフトウェアソリューションをさまざまなレベルでカスタマイズおよび拡張できます。
Visualization of the results of a Diffusion Tensor Imaging study of the human head Courtesy of Prof. Dr. Alexander Brawanski, University Hospital of Regensburg1001.
Visualization of a brain of Mus musculus.
Fertilizers effects on neuronal outgrowth and synapse expression by IUF – Leibniz Research Institute for Environmental Medicine.
Analysis of the neurites of a neurospheroid. Data courtesy of Dr. Stefan Masjosthusmann, IUF – Leibniz Research Institute for Environmental Medicine.
Visualization of the results of a Diffusion Tensor Imaging study of the human head. Courtesy of Prof. Dr. Alexander Brawanski, University Hospital of Regensburg.
Volume rendering of cleared spinal cord as imaged with 2-photon microscopy. Data courtesy of Ali Ertürk, Max Planck Institute of Neurobiology.
Tube rendering of traced axons colorized according to axon thickness. Data courtesy of Ali Ertürk, Max Planck Institute of Neurobiology.
Paired Helical Filaments (PHF). Data courtesy of The Medical Research Council Laboratory of Molecular Biology. Fitzpatrick et al., 2017.Data courtesy of The Medical Research Council Laboratory of Molecular Biology. Fitzpatrick et al., 2017.
Visualization of the results of a Diffusion Tensor Imaging study of the human head Courtesy of Prof. Dr. Alexander Brawanski, University Hospital of Regensburg1001.
Visualization of a brain of Mus musculus.
Fertilizers effects on neuronal outgrowth and synapse expression by IUF – Leibniz Research Institute for Environmental Medicine.
Analysis of the neurites of a neurospheroid. Data courtesy of Dr. Stefan Masjosthusmann, IUF – Leibniz Research Institute for Environmental Medicine.
Visualization of the results of a Diffusion Tensor Imaging study of the human head. Courtesy of Prof. Dr. Alexander Brawanski, University Hospital of Regensburg.
Volume rendering of cleared spinal cord as imaged with 2-photon microscopy. Data courtesy of Ali Ertürk, Max Planck Institute of Neurobiology.
Tube rendering of traced axons colorized according to axon thickness. Data courtesy of Ali Ertürk, Max Planck Institute of Neurobiology.
Paired Helical Filaments (PHF). Data courtesy of The Medical Research Council Laboratory of Molecular Biology. Fitzpatrick et al., 2017.Data courtesy of The Medical Research Council Laboratory of Molecular Biology. Fitzpatrick et al., 2017.
画像データのインポートおよび処理
- あらゆる規模、あらゆるサイズのモダリティを処理
- バイオフォーマット
- ビットマップフォーマット
- 顕微鏡：電子および光学
- 医学および神経画像フォーマット
- 分子フォーマット
- その他の画像取得機器（MRI、X線など）
- 有限要素モデリング、幾何モデリング、CAD
- マルチデータ／マルチビュー、マルチチャンネル、時系列、非常に大きなデータのサポート
- 倍率、校正、変換、試料の再採取
- 画像補正、広範囲フィルタリングおよび畳み込み、周波数フーリエ変換
- アーティファクト低減アルゴリズム
- 高度なマルチモード2D／3D自動登録
- 画像スタックアライメント、演算、相関、統合
画像データの容易なセグメンテーション
- 閾値化および自動セグメンテーション、物体の分離、自動ラベリング
- 領域拡張法、スネーク法、内挿、ラッピング、平滑化
- Watershedアルゴリズムやbasinアルゴリズムなどの形態学的処理
- 機械学習に基づくセグメンテーション
- 個々の繊維、フィラメントの自動トレース
- 細線化およびフィラメントネットワーク抽出
- セグメンテーションまたは空間グラフの生成と編集のためのインタラクティブツール
- 3D表面再構成
- FEA／CFD のグリッド生成
分析および視覚化の成果をエクスポートしてシームレスに公開および発表
- アニメーションおよび動画の作成
- 高度なキーフレームとオブジェクトアニメーション
- 画像、幾何学的モデル、測定値、シミュレーションをミックス
- 注釈、測定の凡例、ヒストグラム、曲線プロット
- スプレッドシート、3Dモデル、高品質の画像をエクスポート
- 能動的および受動的3次元ステレオビジョン
- 単一またはタイルドスクリーンディスプレイ
- 没入環境
画像データの可視化と探索
- インタラクティブな高品質ボリュームおよびマルチチャンネルの可視化
- 直角、傾斜、円柱状、曲線状の切断
- 輪郭およびアイソサーフェス抽出
- 最大値投影法または他の種類の投影法
- ベクトルおよびテンソルの可視化
- 物体および追跡
- 分子可視化
画像データの解析と定量情報の取得
- 直感的なレシピの作成、カスタマイズ、自動再実行
- カウント、容積、面積、周囲長、アスペクト比、方向などの測定機能を搭載
- ユーザー定義の方法
- スプレッドシートツールおよび図表による結果表示
- 個々の機能の自動測定、3Dローカリゼーション、スプレッドシート選択
- 自動統計、分布図
- 任意の測定基準を使用した特徴フィルタリング
- データ登録、変形、比較および測定
ユーザーニーズに合わせた、Amiraソフトウェアの容易かつ迅速な適応
- カスタムC++モジュールの開発
- MATLAB™ブリッジ
- PythonスクリプトAPI
For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.
Style Sheet for Global Design System
Style Sheet for Komodo Tabs
Style Sheet for Support and Service footer
Style Sheet for Fonts
Style Sheet for Cards