ライフサイエンスおよび生物医科学に対応する、顕微鏡イメージの可視化、処理、および解析用のパワフルで多面的な2~5次元ソフトウェア

Thermo Scientific Amiraソフトウェアは、光学および電子顕微鏡法、CT、MR、およびその他のイメージング手法など、多くの画像モダリティーから得られたライフサイエンスおよび生物医学研究データを可視化、解析、および理解するためのパワフルかつ包括的で汎用性の高い2~5次元ソリューションです。驚くべきスピードと柔軟性を備えたAmiraソフトウェアは、構造生物学および細胞生物学から組織イメージング、神経科学、前臨床イメージング、生物工学まで、幅広い研究分野において先進的な2~5次元バイオイメージングのワークフローをサポートします。Amiraソフトウェアは、時系列やマルチチャンネルなどのあらゆる3次元画像データからデータの可視化、処理、および解析を行うための包括的な機能を提供します。Amiraソフトウェアにより、ライフサイエンスや生物医学の研究者はさまざまなスケールであらゆるモダリティーからデータの貴重な洞察を得られます。

イメージングデータ

Amira Software workflow

処理

Amira Software workflow

可視化

Amira Software workflow

解析

Amira Software workflow

カスタマイズ

信頼性

当社のデジタルイメージングベースのワークフローは、パワフルなセグメンテーションや画像処理能力およびワークフローを備えており、また科学コミュニティや数千人もの研究者との20年以上にわたるコラボレーション実績があるため、生物医学およびライフサイエンスの研究において信頼できる答えを提供することが実証されています。

カスタマイズ

カスタマイズ

お客様のニーズはそれぞれ異なり、常に進化しているため、当社のソフトウェアソリューションは非常に柔軟で、自由にカスタマイズできます。当社のスクリプトインターフェース(Python、TCL)、MATLABとのブリッジ、およびプログラミングAPIを利用することにより、当社のソフトウェアソリューションを拡張し、お客様独自のIP(知的財産)を統合できます。また必要に応じて、当社のプロフェッショナルサービスチームがお客様のニーズに合わせた独自ソリューションの設計をお手伝いします。

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サポート

当社は専用のプロフェッショナルサポートチームを配備しているため、トップエキスパートに問い合わせて、あらゆる質問に対する回答を得ることができます。また、当社のトレーニングやコンサルティングオプション、拡張し続けているチュートリアルやハウ・ツーを活用することで学習時間を短縮し、追求している答えを見つけることに集中できます。

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自動化

自動化機能や拡大を続けるアドオンのオンラインレポジトリ(Xtra Gallery)により、繰り返し可能なワークフローを再現が容易なレシピに変換きます。人工知能が追加されているため、画像処理専門家以外でも分析が可能で、複雑な分析に費やす時間を短縮しながら結果の一貫性を維持できます。


応用例

ユーザーの知見

ラボのワークフローをサポートする業界最先端の知見と研究をご確認ください。Amiraソフトウェアは、最先端の包括的なイメージングデータ解析ツールボックスによりラボをサポートします。

ライフサイエンス、材料科学、および産業において画期的な発見を実現する課題に取り組む科学者をサポートします。

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手法

相関イメージング

Amiraソフトウェアは、マルチモダリティーイメージング手法において長年利用されており、さまざまなイメージングモダリティーから得られたデータを扱う多くの研究者に最適なツールです。Amiraのアーキテクチャは複巻データの処理と可視化を1からサポートします。標準版のAmiraソフトウェアに統合された自動登録ツールとMulti-Planar Workroomは、もっとも一般的に使用されている自動登録指標および最適化機能の柔軟性を提供するため、登録パラメーターの調整を可能にしてデータのニーズを満たします。

 

膜検出

Amiraソフトウェアはフィラメントや膜などの細胞特性の自動検出を採用することにより、セグメンテーションを加速します。Amiraソフトウェアは、クライオ断層画像に対して高度な画像解析と統計を実行することで、これらの個々の構造からのデータを結合し、ノイズを平均化してコントラストを高めるため、より高い分解能で合成モデルを作成します。

 

細胞検出

細胞スフェロイドは、従来の細胞単層よりもin vivo組織を良好に表す3次元細胞培養で、多くのアプリケーションのなかでもがん、糖尿病、または幹細胞の研究能力を向上させます。しかし、このような3次元の多細胞の細胞解析は、特に研究対象を破壊せずに行うことは、厳密に言えば不可能です。Amiraソフトウェアは細胞を自動的に分離し、個々の細胞およびその核に対する体積、形態、および濃度測定をこれらのスフェロイドの3次元画像データで実行できます。Amiraソフトウェアは従来の2次元細胞単層の分析にも役立ちます。

 

ハイコンテントスクリーニング

Amiraソフトウェアは 免疫腫瘍学、神経科学、およびオルガノイドヘルスなど、ハイコンテントスクリーニングで使用されるもっとも要求の厳しい科学的および実験モデルを研究するためのマルチチャンネル定量機能を実現します。Amiraソフトウェアはその驚くべきなスピードと柔軟性により、構造生物学や細胞生物学から3次元モデルの神経細胞およびスフェロイド形態学まで、幅広い研究分野において高度な2~5次元生体イメージングワークフローの実現をサポートします。これらの高度な解析を容易にするために、Amiraソフトウェアは深層学習を採用しており、インテリジェントなノイズ除去機能など、トレーニングと予測を向上させます。

詳細を見る

 

マルチチャンネルおよび時系列の可視化

Amiraソフトウェアの新しいXplore5D拡張機能により、ライフサイエンス研究者は1つのプラットフォームで大量のマルチチャンネルおよび時系列データを容易に可視化、関連付け、および処理でき、画像サイズやメモリの制限を心配する必要はありません。Xplore5Dはスマートファイル形式を採用しているため、取得中に収集した貴重な情報を失うことなく、すべてのイメージングデータを圧縮できます。

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フィラメントトレーシング

Amiraソフトウェアでは、テンプレートに合致したアルゴリズムを使用して、ノイズの多いクライオ電子顕微鏡やデュアルビームのデータ中の微細なフィラメントを自動的に検出および追跡できます。また、フィラメントのネットワークを再構築したり、それによって作成されたグラフを編集して、フィラメントとして誤って識別された画像特性を除去したり、ネットワークの不足部分を追加できます。フィラメントのグラフは、量、長さ、厚さ、方向、およびランクなどの測定パラメーターを測定することにより定量されます。優れた3次元レンダリングを再構築されたモデルと計算されたパラメーターから作成可能です。

 

相関イメージング

Amiraソフトウェアは、マルチモダリティーイメージング手法において長年利用されており、さまざまなイメージングモダリティーから得られたデータを扱う多くの研究者に最適なツールです。Amiraのアーキテクチャは複巻データの処理と可視化を1からサポートします。標準版のAmiraソフトウェアに統合された自動登録ツールとMulti-Planar Workroomは、もっとも一般的に使用されている自動登録指標および最適化機能の柔軟性を提供するため、登録パラメーターの調整を可能にしてデータのニーズを満たします。

 

膜検出

Amiraソフトウェアはフィラメントや膜などの細胞特性の自動検出を採用することにより、セグメンテーションを加速します。Amiraソフトウェアは、クライオ断層画像に対して高度な画像解析と統計を実行することで、これらの個々の構造からのデータを結合し、ノイズを平均化してコントラストを高めるため、より高い分解能で合成モデルを作成します。

 

細胞検出

細胞スフェロイドは、従来の細胞単層よりもin vivo組織を良好に表す3次元細胞培養で、多くのアプリケーションのなかでもがん、糖尿病、または幹細胞の研究能力を向上させます。しかし、このような3次元の多細胞の細胞解析は、特に研究対象を破壊せずに行うことは、厳密に言えば不可能です。Amiraソフトウェアは細胞を自動的に分離し、個々の細胞およびその核に対する体積、形態、および濃度測定をこれらのスフェロイドの3次元画像データで実行できます。Amiraソフトウェアは従来の2次元細胞単層の分析にも役立ちます。

 

ハイコンテントスクリーニング

Amiraソフトウェアは 免疫腫瘍学、神経科学、およびオルガノイドヘルスなど、ハイコンテントスクリーニングで使用されるもっとも要求の厳しい科学的および実験モデルを研究するためのマルチチャンネル定量機能を実現します。Amiraソフトウェアはその驚くべきなスピードと柔軟性により、構造生物学や細胞生物学から3次元モデルの神経細胞およびスフェロイド形態学まで、幅広い研究分野において高度な2~5次元生体イメージングワークフローの実現をサポートします。これらの高度な解析を容易にするために、Amiraソフトウェアは深層学習を採用しており、インテリジェントなノイズ除去機能など、トレーニングと予測を向上させます。

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マルチチャンネルおよび時系列の可視化

Amiraソフトウェアの新しいXplore5D拡張機能により、ライフサイエンス研究者は1つのプラットフォームで大量のマルチチャンネルおよび時系列データを容易に可視化、関連付け、および処理でき、画像サイズやメモリの制限を心配する必要はありません。Xplore5Dはスマートファイル形式を採用しているため、取得中に収集した貴重な情報を失うことなく、すべてのイメージングデータを圧縮できます。

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フィラメントトレーシング

Amiraソフトウェアでは、テンプレートに合致したアルゴリズムを使用して、ノイズの多いクライオ電子顕微鏡やデュアルビームのデータ中の微細なフィラメントを自動的に検出および追跡できます。また、フィラメントのネットワークを再構築したり、それによって作成されたグラフを編集して、フィラメントとして誤って識別された画像特性を除去したり、ネットワークの不足部分を追加できます。フィラメントのグラフは、量、長さ、厚さ、方向、およびランクなどの測定パラメーターを測定することにより定量されます。優れた3次元レンダリングを再構築されたモデルと計算されたパラメーターから作成可能です。

 

サービス

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初級者向けトレーニング

Amira、Avizo、およびPerGeosソフトウェアの新規ユーザー用に設計された初級者向けトレーニングは学習速度を高め、投資を最大化します。

このコースは講義と実践セッションで構成されています。トレーニング教材は、Amira、Avizo、およびPerGeosソフトウェアの基本的な特長や機能を取り上げています。

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上級者向けトレーニング

Amira、Avizo、およびPerGeosソフトウェアの既存ユーザー用に設計された上級者向けトレーニングは投資を最大化し、結果までの時間の短縮します。

このコースは講義と実践セッションで構成されています。トレーニング教材は、Amira、Avizo、およびPerGeosソフトウェアの高度な特長や機能を取り上げています。

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カスタム開発

サーモフィッシャーサイエンティフィックには25年以上にわたる3Dおよび画像処理の経験と、大小の規模の組織に提供してきたカスタムプロジェクトの実績があり、お客様の独自のニーズに合わせてソリューションを提供できます。

当社のソフトウェアソリューションをさまざまなレベルでカスタマイズおよび拡張できます。


お客様の声

獣医学大学VetCoreはAmiraソフトウェアを使用

「Vetmeduni Viennaでの研究は非常に多様で、臨床および前臨床研究の両方をカバーしています。現在、4名がイメージング施設に配置されており、画像取得(広視野顕微鏡、CLSM、回転ディスク共焦点顕微鏡、近日中に導入予定のSTORM超高分解能顕微鏡、顕微X線コンピュータ断層撮影)とデータの可視化および解析における装置とサポートを研究者に提供しています。Amiraソフトウェアではネットワークを構築できるため、データ対象間の複雑な相互関係に対応できます。生物学も複雑で、生物学的相互作用も複雑なネットワークです。複雑な質問に対処するためには複雑なツールが必要です。この点で、Amiraソフトウェアで使用されるような分析ネットワークは、複雑なデータ解析に関して他のほとんどのソフトウェアアプローチよりも優れています。さらに、Amiraソフトウェアはネットワークやスクリプト(Tcl、Matlab、Pythonなど)の統合に関して非常にオープンであることも気に入っています。」

Stephan Handschuh、PhD
獣医学大学VetCore、ウイーン

 

EMBLおよびDKFZはAmiraソフトウェアを使用

AmiraソフトウェアがEMBLおよびDKFZ(ハイデルベルク、ドイツ)のMatthia A. Karreman(MSc、PhD)をどのようにサポートしたかについて、彼女の意見をお聞きください。彼女のプロジェクトは、in vivoの単一腫瘍細胞を効率的に標的にするマルチモーダル相関顕微鏡法に関するものです。参考文献を読む
動画:6分


特長

画像データのインポートおよび処理

    • あらゆる規模、あらゆるサイズのモダリティを処理

    - バイオフォーマット
    - ビットマップフォーマット
    - 顕微鏡:電子および光学
    - 医学および神経画像フォーマット
    - 分子フォーマット
    - その他の画像取得機器(MRI、X線など)

    • 有限要素モデリング、幾何モデリング、CAD
    • マルチデータ/マルチビュー、マルチチャンネル、時系列、非常に大きなデータのサポート
    • 倍率、校正、変換、試料の再採取
    • 画像補正、広範囲フィルタリングおよび畳み込み、周波数フーリエ変換
    • アーティファクト低減アルゴリズム
    • 高度なマルチモード2D/3D自動登録
    • 画像スタックアライメント、演算、相関、統合

    画像データの容易なセグメンテーション

    • 閾値化および自動セグメンテーション、物体の分離、自動ラベリング
    • 領域拡張法、スネーク法、内挿、ラッピング、平滑化
    • Watershedアルゴリズムやbasinアルゴリズムなどの形態学的処理
    • 機械学習に基づくセグメンテーション
    • 個々の繊維、フィラメントの自動トレース
    • 細線化およびフィラメントネットワーク抽出
    • セグメンテーションまたは空間グラフの生成と編集のためのインタラクティブツール
    • 3D表面再構成
    • FEA/CFD のグリッド生成

     

    分析および視覚化の成果をエクスポートしてシームレスに公開および発表

    • アニメーションおよび動画の作成
    • 高度なキーフレームとオブジェクトアニメーション
    • 画像、幾何学的モデル、測定値、シミュレーションをミックス
    • 注釈、測定の凡例、ヒストグラム、曲線プロット
    • スプレッドシート、3Dモデル、高品質の画像をエクスポート
    • 能動的および受動的3次元ステレオビジョン
    • 単一またはタイルドスクリーンディスプレイ
    • 没入環境

    画像データの可視化と探索

    • インタラクティブな高品質ボリュームおよびマルチチャンネルの可視化
    • 直角、傾斜、円柱状、曲線状の切断
    • 輪郭およびアイソサーフェス抽出
    • 最大値投影法または他の種類の投影法
    • ベクトルおよびテンソルの可視化
    • 物体および追跡
    • 分子可視化

    画像データの解析と定量情報の取得

    • 直感的なレシピの作成、カスタマイズ、自動再実行
    • カウント、容積、面積、周囲長、アスペクト比、方向などの測定機能を搭載
    • ユーザー定義の方法
    • スプレッドシートツールおよび図表による結果表示
    • 個々の機能の自動測定、3Dローカリゼーション、スプレッドシート選択
    • 自動統計、分布図
    • 任意の測定基準を使用した特徴フィルタリング
    • データ登録、変形、比較および測定

     

    ユーザーニーズに合わせた、Amiraソフトウェアの容易かつ迅速な適応

    • カスタムC++モジュールの開発
    • MATLAB™ブリッジ
    • PythonスクリプトAPI

    Style Sheet for Instrument Cards Origin

    製品

    Amira Software
    ライフサイエンス

    • 2D-5D生体イメージングデータを見る
    • 構造の明確化と理解
    • 統計情報の取得
    • レポートや美しいアニメーションの共有

    Krios G4 Cryo-TEM

    • 改良されたデザイン
    • 新規ラボにも既存ラボにも簡単に適合
    • 最大限の生産性と自動化
    • 高分解能3D再構築に適した高画質

    Aquilos 2Cryo-FIB

    • 複数のラメラを自動で作成
    • ナノマニピュレーターにより、目的の構造をねらって抽出
    • 高分解能トモグラフィーデータの3D可視化

    Apreo 2 SEM

    • ナノメートルまたはサブナノメートルの分解能を備えたオールラウンドな高性能SEM
    • 高感度なテレビ品質の画像コントラストを実現するインカラムT1反射電子検出器
    • 長い作動距離(10 mm)で優れた性能を発揮

    お問い合わせ

    研究用途にのみ使用できます。診断目的の使用はできません。

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    Style Sheet for Komodo Tabs
    Style Sheet for Support and Service footer
    Style Sheet for Fonts
    Style Sheet for Cards