Custom TaqMan® Gene Expression Assay

Custom TaqMan Gene Expression Assays を使用した場合の増幅しない理由として考えられるのは（1つを選択します）：

• バイオインフォマティクスに基づく配列の検証を実施していない可能性があります。
• バイオインフォマティクスに基づく検証を正しく実施して設計している場合は、逆転写に問題があると考えられます。
• 適切な逆転写法／キットを使用していた場合

本セクションは、TaqMan® アッセイおよび SYBR® Green アッセイの設計に関する内容です。

Custom TaqMan® Gene Expression Assay の設計は、お客様よりご提供いただいたテンプレート配列に基づいて行います。また、他のプログラムを用いてご自身のアッセイを設計いただいてから、オリゴヌクレオチド配列をお送りいただき、弊社で合成することも可能です。PCR の失敗を回避するため、配列をご提出いただく前にお客様ご自身でバイオインフォマティクス解析を実施してください。

テンプレート配列のバイオインフォマティクス解析をどのように実施するのか理解するためには、Bioinformatic Evaluation of a Sequencece for Custom TaqMan® Gene Expression Assays を参照してください。

バイオインフォマティクス解析は、3 つのタスクの遂行が可能です：

1. BLAST（ホモロジー検索ツール）を用いて、特有の配列を同定します。ご提出いただいた配列が特有（すなわち非相同性領域由来）である場合、このテンプレート上で設計されたアッセイは目的の転写産物のみを検出します。
2. RepeatMasker を用いて、複雑性の低い領域をマスクします。ALU 配列などの複雑性の低い領域は、通常ゲノム DNA 配列内に見られます。これらの領域上にアッセイを設計する場合、サンプル中にゲノム DNA が存在するとプライマーやプローブはすぐに枯渇します。
3. プライマーおよびプローブが SNP 部位上に設計されないように、配列中の SNP 部位をマスクします。