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De Novo Sequencing by Sanger Sequencing
De Novo シーケンシングとは、特定の生物種の遺伝子に関する一次配列情報を取得するための最初の配列解析を表す用語です。 De Novo シーケンシングを実施しなければ、生物種の詳しい遺伝子解析はできません。
キャピラリ電気泳動を使用した De Novo シーケンシングでは、ターゲット DNA を断片化し、ウイルス ベクターやプラスミド ベクターにクローニングします。 クローニングしたターゲット DNA は（細菌の増殖によって）増幅され、シーケンシング プライマーが既知のベクターの配列に結合して未知のターゲット DNA の配列まで伸長します。De Novo シーケンシングの詳細については、『Sequencing Chemistry Guide』 の 16 ～ 20 ページを参照してください。
De Novo シーケンシングの手順
 DNA の抽出は、DNA シーケンシングとフラグメント解析の実験ワークフローにおける重要な第一ステップです。 DNA の配列解析における全体的な読み取りの品質と精度、長さは、サンプル自体の特性と核酸抽出法に大きく左右される可能性があります。 最適な抽出法は、サンプル源や組織の種類、サンプルの入手方法、抽出前の取り扱いもしくは保存方法によって異なります。 推奨製品: |
 サイクル シーケンシングは、熱変性、アニーリング、伸長の連続的なサイクルをサーマル サイクラの内部で実行し、伸長産物を直線的に増幅する簡単な方法です。 伸長産物は次にキャピラリにインジェクションされます。 現在の Applied Biosystems DNA シーケンシング キットは、すべてサイクル シーケンシングのプロトコールを採用しています。 お客様のシーケンシング アプリケーションに最適な BigDye® ケミストリをお選びください。
x 適格 BigDye® Direct、BigDye® Terminator V3.1、BigDye® Terminator V1.1 は、これらのテンプレートの大半で良好な配列解析結果を提供します。 しかし一部の例では、より良い結果を収集するため複雑なテンプレート用に設計した dGTP BigDye® Terminator の使用をお勧めします。 † BigDye® Direct では、PCR 反応に M13 tailed プライマーを使用してください。 このキットには、BigDye® Direct PCR Master Mix だけでなく、PCR のクリーンアップとシーケンシング反応をワンステップで実行する BigDye® Direct Sequencing Master Mix および BigDye® Direct M13 Fwd Primer（5′ TGTAAAACGACGGCCAGT 3′）、BigDye® Direct M13 Rev Primer（5′ CAGGAAACAGCTATGACC 3′）、Control DNA CEPH 1347-02 を同梱しています。 * M13 tailed PCR プライマーまたは他のユニバーサル テイル プライマーを使用する理由 |
 キャピラリ電気泳動の前にシーケンシング反応産物を精製し、蛍光標識 ddNTP を除去する必要があります。 推奨製品:お客様に最適なサンプル クリーンアップ製品はどれですか?
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 電気泳動が終了すると、Data Collection ソフトウェアが Raw Data のサンプル ファイルを作成します。 Raw Data をそれぞれエレクトロフェログラムに変換するには、ダウンストリーム用ソフトウェア アプリケーションを使用した詳しいデータ解析が必要となります。 推奨製品: |
DNA の抽出は、DNA シーケンシングとフラグメント解析の実験ワークフローにおける重要な第一ステップです。 DNA の配列解析における全体的な読み取りの品質と精度、長さは、サンプル自体の特性と核酸抽出法に大きく左右される可能性があります。 最適な抽出法は、サンプル源や組織の種類、サンプルの入手方法、抽出前の取り扱いもしくは保存方法によって異なります。 推奨製品: |
サイクル シーケンシングは、熱変性、アニーリング、伸長の連続的なサイクルをサーマル サイクラの内部で実行し、伸長産物を直線的に増幅する簡単な方法です。 伸長産物は次にキャピラリにインジェクションされます。 現在の Applied Biosystems DNA シーケンシング キットは、すべてサイクル シーケンシングのプロトコールを採用しています。 お客様のシーケンシング アプリケーションに最適な BigDye® ケミストリをお選びください。
x 適格 BigDye® Direct、BigDye® Terminator V3.1、BigDye® Terminator V1.1 は、これらのテンプレートの大半で良好な配列解析結果を提供します。 しかし一部の例では、より良い結果を収集するため複雑なテンプレート用に設計した dGTP BigDye® Terminator の使用をお勧めします。 † BigDye® Direct では、PCR 反応に M13 tailed プライマーを使用してください。 このキットには、BigDye® Direct PCR Master Mix だけでなく、PCR のクリーンアップとシーケンシング反応をワンステップで実行する BigDye® Direct Sequencing Master Mix および BigDye® Direct M13 Fwd Primer（5′ TGTAAAACGACGGCCAGT 3′）、BigDye® Direct M13 Rev Primer（5′ CAGGAAACAGCTATGACC 3′）、Control DNA CEPH 1347-02 を同梱しています。 * M13 tailed PCR プライマーまたは他のユニバーサル テイル プライマーを使用する理由 |
キャピラリ電気泳動の前にシーケンシング反応産物を精製し、蛍光標識 ddNTP を除去する必要があります。 推奨製品:お客様に最適なサンプル クリーンアップ製品はどれですか?
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電気泳動が終了すると、Data Collection ソフトウェアが Raw Data のサンプル ファイルを作成します。 Raw Data をそれぞれエレクトロフェログラムに変換するには、ダウンストリーム用ソフトウェア アプリケーションを使用した詳しいデータ解析が必要となります。 推奨製品: |
De Novo シーケンシングの手順
DNA の抽出は、DNA シーケンシングとフラグメント解析の実験ワークフローにおける重要な第一ステップです。 DNA の配列解析における全体的な読み取りの品質と精度、長さは、サンプル自体の特性と核酸抽出法に大きく左右される可能性があります。 最適な抽出法は、サンプル源や組織の種類、サンプルの入手方法、抽出前の取り扱いもしくは保存方法によって異なります。 推奨製品: |
サイクル シーケンシングは、熱変性、アニーリング、伸長の連続的なサイクルをサーマル サイクラの内部で実行し、伸長産物を直線的に増幅する簡単な方法です。 伸長産物は次にキャピラリにインジェクションされます。 現在の Applied Biosystems DNA シーケンシング キットは、すべてサイクル シーケンシングのプロトコールを採用しています。 お客様のシーケンシング アプリケーションに最適な BigDye® ケミストリをお選びください。
x 適格 BigDye® Direct、BigDye® Terminator V3.1、BigDye® Terminator V1.1 は、これらのテンプレートの大半で良好な配列解析結果を提供します。 しかし一部の例では、より良い結果を収集するため複雑なテンプレート用に設計した dGTP BigDye® Terminator の使用をお勧めします。 † BigDye® Direct では、PCR 反応に M13 tailed プライマーを使用してください。 このキットには、BigDye® Direct PCR Master Mix だけでなく、PCR のクリーンアップとシーケンシング反応をワンステップで実行する BigDye® Direct Sequencing Master Mix および BigDye® Direct M13 Fwd Primer（5′ TGTAAAACGACGGCCAGT 3′）、BigDye® Direct M13 Rev Primer（5′ CAGGAAACAGCTATGACC 3′）、Control DNA CEPH 1347-02 を同梱しています。 * M13 tailed PCR プライマーまたは他のユニバーサル テイル プライマーを使用する理由 |
キャピラリ電気泳動の前にシーケンシング反応産物を精製し、蛍光標識 ddNTP を除去する必要があります。 推奨製品:お客様に最適なサンプル クリーンアップ製品はどれですか?
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電気泳動が終了すると、Data Collection ソフトウェアが Raw Data のサンプル ファイルを作成します。 Raw Data をそれぞれエレクトロフェログラムに変換するには、ダウンストリーム用ソフトウェア アプリケーションを使用した詳しいデータ解析が必要となります。 推奨製品: |
DNA の抽出は、DNA シーケンシングとフラグメント解析の実験ワークフローにおける重要な第一ステップです。 DNA の配列解析における全体的な読み取りの品質と精度、長さは、サンプル自体の特性と核酸抽出法に大きく左右される可能性があります。 最適な抽出法は、サンプル源や組織の種類、サンプルの入手方法、抽出前の取り扱いもしくは保存方法によって異なります。 推奨製品: |
サイクル シーケンシングは、熱変性、アニーリング、伸長の連続的なサイクルをサーマル サイクラの内部で実行し、伸長産物を直線的に増幅する簡単な方法です。 伸長産物は次にキャピラリにインジェクションされます。 現在の Applied Biosystems DNA シーケンシング キットは、すべてサイクル シーケンシングのプロトコールを採用しています。 お客様のシーケンシング アプリケーションに最適な BigDye® ケミストリをお選びください。
x 適格 BigDye® Direct、BigDye® Terminator V3.1、BigDye® Terminator V1.1 は、これらのテンプレートの大半で良好な配列解析結果を提供します。 しかし一部の例では、より良い結果を収集するため複雑なテンプレート用に設計した dGTP BigDye® Terminator の使用をお勧めします。 † BigDye® Direct では、PCR 反応に M13 tailed プライマーを使用してください。 このキットには、BigDye® Direct PCR Master Mix だけでなく、PCR のクリーンアップとシーケンシング反応をワンステップで実行する BigDye® Direct Sequencing Master Mix および BigDye® Direct M13 Fwd Primer（5′ TGTAAAACGACGGCCAGT 3′）、BigDye® Direct M13 Rev Primer（5′ CAGGAAACAGCTATGACC 3′）、Control DNA CEPH 1347-02 を同梱しています。 * M13 tailed PCR プライマーまたは他のユニバーサル テイル プライマーを使用する理由 |
キャピラリ電気泳動の前にシーケンシング反応産物を精製し、蛍光標識 ddNTP を除去する必要があります。 推奨製品:お客様に最適なサンプル クリーンアップ製品はどれですか?
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電気泳動が終了すると、Data Collection ソフトウェアが Raw Data のサンプル ファイルを作成します。 Raw Data をそれぞれエレクトロフェログラムに変換するには、ダウンストリーム用ソフトウェア アプリケーションを使用した詳しいデータ解析が必要となります。 推奨製品: |
De Novo シーケンシング用推奨製品
DNA extraction is a critical first step in the experimental workflow of DNA Sequencing and Fragment analysis. The overall quality, accuracy and length of the DNA sequence read can be significantly affected by characteristics of the sample itself, and the method chosen for nucleic acid extraction. Ideal methods will vary depending on the source or tissue type, how it was obtained from its source, and how the sample was handled or stored prior to extraction. Recommended Products: |
 Amplify the DNA region of interest. Recommended Products: |
Cycle sequencing is a simple method in which successive rounds of denaturation, annealing, and extension in a thermal cycler result in linear amplification of extension products. The products are then injected into a capillary. All current Applied Biosystems DNA sequencing kits use cycle sequencing protocols. Select the BigDye® chemistry right for the sequencing application.
x Satisfactory BigDye® Direct, BigDye® Terminator V3.1, and BigDye® Terminator V1.1 will provide good sequence quality for the majority of these templates. In some cases, the dGTP BigDye® terminators have been specially designed for these difficult templates and will provide better results † BigDye® Direct requires the use of M13 tailed primer for the PCR reaction. This kit contains BigDye® Direct PCR Master Mix, BigDye® Direct Sequencing Master Mix to perform the PCR cleanup and sequencing reaction in a one-step reaction, BigDye® Direct M13 Fwd Primer (5′ TGTAAAACGACGGCCAGT 3′), BigDye® Direct M13 Rev Primer (5′ CAGGAAACAGCTATGACC 3′), and Control DNA CEPH 1347-02. * Why use M13 tailed PCR primer or other universal tail primer? |
Before capillary electrophoresis, sequencing reaction needs to be purify to remove the fluorescent ddNTP. Recommended Products:Which Sample Cleanup Product Is Right for You?
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 During capillary electrophoresis, the products of the PCR are injected electrokinetically into capillaries filled with polymer. High voltage is applied so that the fluorescent DNA fragments are separated by size and are detected by a laser/camera system. Which Electrophoresis Instrument (Genetic Analyzer) Is Right for You? |
After electrophoresis, Data Collection software creates a Sample File of the raw data. Using downstream software applications, further data analysis is required to translate the raw data into the corresponding electropherogram. Recommended Products: |
DNA extraction is a critical first step in the experimental workflow of DNA Sequencing and Fragment analysis. The overall quality, accuracy and length of the DNA sequence read can be significantly affected by characteristics of the sample itself, and the method chosen for nucleic acid extraction. Ideal methods will vary depending on the source or tissue type, how it was obtained from its source, and how the sample was handled or stored prior to extraction. Recommended Products: |
Amplify the DNA region of interest. Recommended Products: |
Cycle sequencing is a simple method in which successive rounds of denaturation, annealing, and extension in a thermal cycler result in linear amplification of extension products. The products are then injected into a capillary. All current Applied Biosystems DNA sequencing kits use cycle sequencing protocols. Select the BigDye® chemistry right for the sequencing application.
x Satisfactory BigDye® Direct, BigDye® Terminator V3.1, and BigDye® Terminator V1.1 will provide good sequence quality for the majority of these templates. In some cases, the dGTP BigDye® terminators have been specially designed for these difficult templates and will provide better results † BigDye® Direct requires the use of M13 tailed primer for the PCR reaction. This kit contains BigDye® Direct PCR Master Mix, BigDye® Direct Sequencing Master Mix to perform the PCR cleanup and sequencing reaction in a one-step reaction, BigDye® Direct M13 Fwd Primer (5′ TGTAAAACGACGGCCAGT 3′), BigDye® Direct M13 Rev Primer (5′ CAGGAAACAGCTATGACC 3′), and Control DNA CEPH 1347-02. * Why use M13 tailed PCR primer or other universal tail primer? |
Before capillary electrophoresis, sequencing reaction needs to be purify to remove the fluorescent ddNTP. Recommended Products:Which Sample Cleanup Product Is Right for You?
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During capillary electrophoresis, the products of the PCR are injected electrokinetically into capillaries filled with polymer. High voltage is applied so that the fluorescent DNA fragments are separated by size and are detected by a laser/camera system. Which Electrophoresis Instrument (Genetic Analyzer) Is Right for You? |
After electrophoresis, Data Collection software creates a Sample File of the raw data. Using downstream software applications, further data analysis is required to translate the raw data into the corresponding electropherogram. Recommended Products: |
For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.