亲和纯化等富集策略可与定性和定量质谱工作流程相结合，以检测复杂样品中的蛋白质子集。亲和富集利用分子间的特异性结合相互作用分离靶蛋白。在该方法中，亲和纯化质谱分析可用于检查蛋白复合物内的特定蛋白质-蛋白质相互作用或者使用接近生物素方法在相互作用组层面更广泛地检测蛋白质复合体。通过配合使用亲和纯化与定量 MS，可在不同条件下对相互作用进行研究，从而提供更动态的蛋白质-蛋白质相互作用图。此外，这种工作流程还可进行 PTM 分析，以检测翻译后修饰 (PTM) 在促进蛋白质-蛋白质相互作用中的作用。
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