微生物组研究的核酸提取

从粪便和土壤等具有挑战性的样本中自动或手动回收高质量核酸，以便在微阵列、实时 PCR 和新一代测序中进行下游处理。使用 96 孔珠磨板裂解微生物样品。

探索： MagMAX 微生物组 Ultra 核酸分离试剂盒

从粪便和土壤等具有挑战性的样本中自动或手动回收高质量核酸，以便在微阵列、实时 PCR 和新一代测序中进行下游处理。使用珠管裂解微生物。

探索： MagMAX 微生物组 Ultra 核酸分离试剂盒

图1.使用 MagMAX 微生物组试剂盒纯化核酸的质量比较。使用 MagMAX 微生物组 Ultra 核酸分离试剂盒从粪便 (100 mg 上样量) 中纯化得到的总微生物核酸 的质量在 1% 琼脂糖凝胶上进行分析。6个人类供体的总核酸样本各取 1 μg，一式两份，分别上样至一条泳道中。在溴化乙锭预染色的琼脂糖凝胶上，可以看到清晰的基因组 DNA 和 RNA 条带。用 Invitrogen 1 Kb Plus DNA Ladder 进行条带大小测定。（注：由于这不是变性凝胶，因此显示的 RNA 大小与实际大小不同。凝胶分析是在原生条件下进行的，因此 RNA 大小与实际大小略有不同。

图2.使用 MagMAX 微生物组试剂盒进行纯化核酸的产量比较。用Nanodrop 2000测量了从六名人体捐献者的粪便（100 mg 上样量）样本中分离出的总核酸产量（DNA + RNA）。

图3.使用含珠管的MagMAX 微生物组 Ultra 核酸分离试剂盒分离的人类粪便总 RNA 的生物分析。使用包含原核 RNA 测定的 RNA 6000 Nano 试剂盒分析质量。具有代表性的电泳图指示了 16S 和 23S rRNA 峰位置。未标记的峰值对应于额外的核糖体 RNA

使用MagMAX 微生物组 Ultra 核酸分离试剂盒对从真菌培养物中纯化的 DNA 进行 qPCR 分析。 使用总真菌 TaqMan 分析法进行 qPCR 分析。在快速循环条件下使用 TaqMan Fast Advanced Master Mix。

图 7. 使用MagMAX 微生物组 Ultra 核酸分离试剂盒从感染C. difficile的人体供体中纯化的 DNA 的 qPCR 分析。从 Discovery biosciences 获得样品，并使用C. difficile TaqMan assay 进行 qPCR 分析。在快速循环条件下使用 TaqMan Fast Advanced Master Mix。

图 8. 使用 MagMAX 微生物组 Ultra 核酸分离试剂盒从德克萨斯州土壤样本中分离出的总核酸的 qPCR 分析。针对革兰氏阳性和革兰氏阴性混合靶标（16S）和革兰氏阴性靶标（Bacteroidetes）进行了 TaqMan 分析。土壤总核酸预处理稀释 20 倍后用于 TaqMan 检测。在进行 RNA 分析时，用 DNase处理总核酸，然后用 Superscript Vilo Master Mix 逆转录 cDNA。在快速循环条件下使用 TaqMan Fast Advanced Master Mix。

图9.从一名溃疡性结肠炎（UC）供体粪便中纯化的微生物 DNA 的物种水平 16S 图谱。从 UC 患者粪便中纯化总核酸（一式两份），然后使用 16S 宏基因组学试剂盒和 Ion plus 片段文库试剂盒合成 16S 文库。条形码文库在Ion Chef 仪器上进行汇集和模板化，然后在 Ion S5 系统上进行测序。自动分析、注释和分类分配是在 Ion reporter 软件上进行的。图中显示的是健康捐献者的粪便样本 DNA，用于物种水平比较，丰度标尺显示在剖面图上方。红色表示高丰度物种，蓝色表示未检测出/稀少物种。R studio 程序用于使用log (2) 值生成热图。