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通过核酸进行污水检测 |
污水监测是在疫情爆发之前监测传染性疾病地区传播的有用工具。
污水疾病监测数据可用于监测病原体在区域或城市水平的传播。它还可用于分析靶向位点,以识别无症状携带者,捕获新出现的突变并应对可能的感染。随着 SARS-CoV-2 感染的出现,全球多个组织都通过社区采样和追踪污水中的病毒核酸,研究出了 SARS-CoV-2 监测方法。
本页概述了检测和监测病原体(包括病毒,革兰氏阳性和革兰氏阴性细菌)的方法。相同的核酸分离技术也可用于废水,污泥,淡水和海水等样品。
从污水样品中进行自动化,高通量病毒富集和核酸提取,适用于实时荧光定量 PCR 和下一代测序等应用。
病毒浓度可以改善检测和下游分析。使用 Dynabeads 磁珠进行病毒高效浓缩富集。
KingFisher 仪器 与 MagMAX 污水试剂盒搭配使用,可实现全自动核酸分离形式,无需离心,过滤或珠磨步骤。
使用 Applied Biosystems MagMAX Ultra 污水核酸分离试剂盒可从含有浓缩病毒得洗脱液种纯化病毒核酸。
污水起始体积 | 样品详情 | 试剂盒中试剂组分足够用于 | 提供 KingFisher程序 | 方案时间 | 购买该试剂盒 |
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10 mL | 使用 Dynabeads 浓缩 10 mL 污水,然后进行核酸分离 | 100 次制备 | Flex, Duo Prime, APEX | 90分钟 | MagMAX Ultra污水核酸分离和病毒富集试剂盒 |
200 μL | 使用首选方法(如超速离心法)预浓缩 200 μ L 污水 | 100 次制备 | Flex, Duo Prime, APEX | 45分钟 | MagMAX Ultra 污水核酸分离试剂盒 |
1 mL | a. 1 mL 非浓缩污水 B. 使用首选方法 (如沉淀法) 预浓缩至 1 mL 体积的污水 | 20 次制备 | Flex, Duo Prime, APEX | 45分钟 | |
50-500 mL | 用过滤法浓缩 50 – 500 mL 污水,然后进行核酸分离 | 20 次制备 | Flex, Duo Prime, APEX | 90分钟 | |
污泥 | 200 mg污泥 | 20 次制备 | Flex, Duo Prime, APEX | 45分钟 |
* 适用于 1-2 mL ,其中 1 mL最灵敏。
本研究显示了从样品采集到 SARS-CoV-2 定量分析的完整污水监测工作流程。 该工作流程的优势包括快速获得结果,出色的灵活性和多通路检测能力。微流体阵列板 (MAP) 技术能够轻松一致地进行样品数字化,同时多重检测可在单次反应中检测多达 4 个靶标。
用于污水样品中 富集SARS-CoV-2 的优化方案。稀释的大体积污水样品。因此,它们富集完整病毒,以便通过qPCR检测病原体。Applied Biosystems MagMAX Ultra 污水核酸分离试剂盒与传统污水监测方法相比,具备众多优势。只需 45 分钟即可从浓缩污水中分离核酸。我们使用磁珠法病毒富集方案可在2 小时内完成浓缩和核酸分离。
彩页: 污水样品浓缩方案
开发了五种强大的工作流程,可用于从不同体积的污水中快速浓缩和 qPCR 分析 SARS-CoV-2 :小体积(1 mL) ,中体积 (10 mL) 和大体积 (50 mL)。此处所述的实验方案是以往研究开发方案的扩展,并且针对多种样品类型进行了优化。这些方案包括可实现高通量处理的全自动工作流程;该工作流程已成功在客户端使用。
由于污水样品高度稀释,需要进行预富集以提高病原体的检测效率,因此针对污水样品中的 SARS-CoV-2 和其他病毒靶标的富集对该自动化方案进行了优化。我们描述的方法可使用 Applied Biosystems MagMAX 污水试剂盒在富集病毒 / 病原体靶标后用于下游核酸提取,处理时间仅需 90 分钟。使用 Applied Biosystems Dynabeads 污水病毒富集磁珠富集污水样品中的 SARS-CoV-2 和其他病毒,然后进行基于磁珠法的核酸提取,设计简单,快速、可靠。
彩页: 污水核酸纯化方案
仅供科研使用,不可用于诊断目的。