PCR酵素を選択する際には、3つの質問をしてください

場合によっては、PCR産物を検出するか、またはそのサイズを推定する必要があります。例えば、マウスのジェノタイピングや組換えクローンのスクリーニングを行う場合などです。この種のルーチンPCRでは、標準的な耐熱性DNAポリメラーゼ（Taq DNAポリメラーゼなど）を使用して、ターゲットDNAの存在または存在を確認する必要があります。

しかし、クローニング実験または次世代シーケンシング（NGS）やを行う場合は、精度が重要です。正確なDNAコピーを得るには、高いフィデリティを持つDNAポリメラーゼを選択していることを確認してください。ハイフィデリティPCR酵素は、3'～5'のエキソヌクレアーゼ活性によって増幅されるDNA配列を校正することができます。一致しない塩基対が組み込まれると、DNAポリメラーゼが停止し、合成に遅延が生じます。この遅延により、一致しないヌクレオチドを除去し、正しいヌクレオチドに置き換えることができます。

Thermo Scientific Phusion DNAポリメラーゼは、配列精度を維持する DNA ポリメラーゼに最適です。この酵素は、Taq DNAポリメラーゼより52倍高い精度を備えています。シーケンスの精度をさらに高めるために、Invitrogen Platinum SuperFi II DNA Polymeraseが利用可能で、Taq DNAポリメラーゼのフィデリティより300倍高い精度を提供します。

長いDNAテンプレートを使用する場合は、距離を移動できるPCR酵素が必要です。この場合、高い処理能力と高速な伸長率を持つポリメラーゼを選択してください。処理能力は、DNAポリメラーゼによる1回の結合イベント中に取り込まれるヌクレオチドの数を表します。処理可能なヌクレオチドの数により、処理能力の高いDNAポリメラーゼは長いテンプレートの増幅に役立ちます。さらに、高速な伸長速度を持つDNAポリメラーゼは、より短い時間でDNAを増幅できます。高い処理能力と迅速な伸長率を備えたPCR酵素は、長いテンプレートの効率的なDNA合成を保証し、サイクリング時間を短縮するのに役立ちます。Platinum SuperFi IIおよびPhusion DNAポリメラーゼは、15～30秒/kbで最 20 kbのDNAを合成できます。

ゲル上にバンドが見えても、そこにバンドが存在してはいけないかもしれません。これらの余分なバンドは、非特異的増幅の一例となります（図1を参照）。高収量で特異的なターゲット増幅を達成するために、Platinum II TaqやDreamTaq Hot-Start DNAポリメラーゼなどのホットスタートPCR酵素を選択してください。ホットスタートDNAポリメラーゼは、最初の変性ステップが90℃に達したときにのみ増幅を開始します。この機能は、PCR反応が早すぎて開始されないようにし、望ましくないオフターゲット製品を防止するのに役立ちます。この機能は、伸長からのプライマーダイマーを防止するのにも役立ちます。これは、マルチプレックスおよびハイスループットPCRに複数のプライマーを使用する場合に特に役立ちます。

考慮すべき点が他にもあります。適切なポリメラーゼフォーマットを選択することで、ワークフローを簡素化できます。PCR酵素フォーマットオプションには、すぐに使用できるマスターミックス、直接ゲルローディング用の色素を含むバッファー、ダイレクトPCRに必要なすべての成分をアセンブルするキットが含まれます。

マスターミックスを使用すると、テンプレートとプライマーを追加してPCRを開始するだけです。分注ステップをさらに最小限に抑えたい場合は、 PCR 産物の直接ゲルローディングが可能なバッファーとローディング色素を備えたポリメラーゼを使用してください（注：色素が下流アプリケーションに適合していることを確認してください）。ダイレクトPCRキットスキャンは、DNAの精製をスキップして直接 DNA 増幅に進むことができるため、時間の節約にも役立ちます。これらのオプションを利用できますが、反応の特定の成分を最適化する場合は、スタンドアローンのDNAポリメラーゼを使用してください。

PCR実験に必要な精度、スピード、特異性のレベルを評価する際、PCR酵素市場を確実にナビゲートし、分子生物学アプリケーションに適したDNAポリメラーゼを選択できます。