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TMT ベースの定量
同重体タグを用いたハイスループットプロテオミクス
プロテオミクスの手法は、細胞、組織、器官内のタンパク質ダイナミクス分析のための高感度、定量的、ハイスループットなアプローチに進化しつつあります。過去 10 年間で、プロテオミクスワークフローは全体的に目覚しい進歩を遂げました。特に、新規の TMT10plex 同重体質量タグ標識化が開発され、質量分析における最新の進歩と相まって、より正確かつハイスループットな定量的プロテオミクスが実現しました。
関連する TMT マルチプレックス製品
TMT ベースの定量に関する概要
Click to enlarge — TMT-based quantitation overview workflow
化学的な同重体タグは、生体サンプル中のタンパク質を定量するバイアスのない高速高感度メソッドです。このメソッドは細胞、組織、体液など多様なサンプルに対して用いられ、質量分析（MS）で複数条件による同時相対定量を可能にします。
TMT 試薬を用いると、最高 10 種類のサンプルを標識できます。各サンプルに対して、MS／MS スペクトルの低質量領域に現れる TMT 試薬由来のレポーターイオン（TMT10 126 ～ 131Da）を使用して、各ペプチド断片による相対的なタンパク質発現レベルを測定できます。レポーターイオンの強度を比較して、タンパク質を定量します。
関連する TMT 製品
- Tandem Mass Tag（TMT）システムは、1 回の分析で最高 10 サンプルを比較できます。
- TMT10plex 同重体質量タグ標識化キットの導入により、こうした定量実験のマルチプレックス能力は顕著に向上します。
参考文献
TMT ワークフロー
TMT ベースの定量のためのサンプル調製ワークフロー
TMT タグは、複数の実験条件下における複雑なタンパク質サンプル中の相対的変化を同定および定量するために用いられます。
クリックすると拡大します。
細胞または組織から単離されたタンパク質抽出物は、一晩かけて還元、アルキル化、消化されます。サンプルを TMT 試薬で標識し、混合してからサンプルを分画、クリーンナップします。標識されたサンプルを高分解能 Orbitrap LC-MS／MS で分析して、ペプチドを同定し、レポーターイオンの相対存在量を用いて定量します。
インタクトタンパク質やペプチドに対するステップごとの TMT 標識化手順には、全細胞タンパク質抽出物の調製、タンパク質分解、ペプチドの標識化が含まれます。
プロテオームの深度、定量性、スループットを向上させるサンプル調製試薬（英語）
この e-learning では、同重体タグに最適化されたプロテオミクスサンプル調製ワークフローに重点を置き、分画、サンプルスループット、高精度定量のための新ツールを紹介します。
このハンドブック（全 84 ページ）は、MS 分析のさまざまなソースからサンプルを調製するうえで役立つヒントやトラブルシューティングを紹介します。
LC／MS 分析のためのアバンダントタンパク質除去とサンプル調製について、プロテオミクスサンプル調製の手順概要を説明しています。
その他のリソース
TMT ベースの定量向けの質量分析
TMT ベースの標識化と超高分解能精密質量（UHR/AM）の質量分析（MS）を組み合わせることで、マルチプレックス能力が向上し、多数のサンプルの定量的プロテオミクス分析をさらに深く行えるようになります。サーモフィッシャーサイエンティフィックは TMT10plex 同重体質量タグ標識化キットの導入により、こうした実験のマルチプレックス能力を大幅に向上させ、1 回の分析で最高 10 サンプルを比較できるようにしました。TMT ベースの定量の大きな利点は、サンプルの由来を問わず、複数のサンプルを 1 回の分析で定量できることです。
定量の正確度と精密度の向上については、この最適化された TMT 実験の詳細ワークフローをダウンロードしてください。
新たな TMT SPS MS3 ワークフロー
高ダイナミックレンジ混合物の高精度 TMT 定量を実現するには、Synchronous Precursor Selection（SPS）MS3 メソッドを Orbitrap™ Fusion™、Orbitrap Fusion Lumos™ などの Thermo Scientific™ Tribrid™ 質量分析計ファミリーで実行するのが唯一の方法です。4 名の第一線の研究者が Synchronous Precursor Selection（SPS）MS3 によって実現した Tandem Mass Tag（TMT）マルチプレックスの使用について説明し、各研究での先駆的な発見に関するその影響について解説します。
このホワイトペーパー「同重体タグを用いたハイスループット定量的プロテオミクス」（英語）では、重大な技術的進歩によってプロテオミクス分析の分解能が向上したことにより、生物学者がプロテオームをさらに深く探求し、タンパク質局在化における変化を測定し、低存在量タンパク質のわずかな変化も定量できるようになったことについて解説しています。
先駆的なトライブリッド質量分析計製品ラインに新たに追加された Orbitrap Fusion Lumos トライブリッド MS は、システム生物学の研究者が到達できる範囲を広げ、定量およびタンパク質特性解明の限界への挑戦を可能にしました。
その他のリソース
TMT ベースの定量のためのデータ解析ワークフロー
Thermo Scientific™ Proteome Discoverer 2.1 ソフトウェアは、広範なプロテオミクスワークフローを簡素化します。TMT ベースのデータ解析に推奨されているソフトウェアです。データ処理能力の向上により、巨大なデータセットを処理できるようになりました。研究管理ツールと併用することで、たとえば、TMT 10- plex データセットを処理することが可能です。バージョン 2.1 での TMT 定量ワークフローの改良点は、次のとおりです。
- レポーターイオンの同位体分布を追加するために新しいユーザーインターフェース
- TMT10plex 試薬のレポーターイオン同位体不純物を考慮する機能
- S／N 値に基づく TMT 定量の実行
- S／N 値の合計に基づくタンパク質およびペプチド定量
- ペプチドおよびタンパク質の存在量を標準化および増減させる新メソッド
Proteome Discoverer ソフトウェアのデモ版を無料でご利用いただけます。無料の 60 日間試用版 Proteome Discoverer ソフトウェア、バージョン 2.1 をダウンロードするには、Thermo Scientific プロテオミクスソフトウェアのポータルにお進みください。
Proteome Discoverer 2.1 による再現性向上および対象タンパク質の範囲の拡大（英語）
このプレゼンテーションでは、MS2 および MS3 ベースの定量メソッドを用いたタンパク質定量から再現性の高い結果を得るための、TMT ベースのレポーターイオン定量ステップを説明しています。
その他のリソース
TMT ベースの定量のためのサンプル調製ワークフロー
TMT タグは、複数の実験条件下における複雑なタンパク質サンプル中の相対的変化を同定および定量するために用いられます。
クリックすると拡大します。
細胞または組織から単離されたタンパク質抽出物は、一晩かけて還元、アルキル化、消化されます。サンプルを TMT 試薬で標識し、混合してからサンプルを分画、クリーンナップします。標識されたサンプルを高分解能 Orbitrap LC-MS／MS で分析して、ペプチドを同定し、レポーターイオンの相対存在量を用いて定量します。
インタクトタンパク質やペプチドに対するステップごとの TMT 標識化手順には、全細胞タンパク質抽出物の調製、タンパク質分解、ペプチドの標識化が含まれます。
プロテオームの深度、定量性、スループットを向上させるサンプル調製試薬（英語）
この e-learning では、同重体タグに最適化されたプロテオミクスサンプル調製ワークフローに重点を置き、分画、サンプルスループット、高精度定量のための新ツールを紹介します。
このハンドブック（全 84 ページ）は、MS 分析のさまざまなソースからサンプルを調製するうえで役立つヒントやトラブルシューティングを紹介します。
LC／MS 分析のためのアバンダントタンパク質除去とサンプル調製について、プロテオミクスサンプル調製の手順概要を説明しています。
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TMT ベースの定量向けの質量分析
TMT ベースの標識化と超高分解能精密質量（UHR/AM）の質量分析（MS）を組み合わせることで、マルチプレックス能力が向上し、多数のサンプルの定量的プロテオミクス分析をさらに深く行えるようになります。サーモフィッシャーサイエンティフィックは TMT10plex 同重体質量タグ標識化キットの導入により、こうした実験のマルチプレックス能力を大幅に向上させ、1 回の分析で最高 10 サンプルを比較できるようにしました。TMT ベースの定量の大きな利点は、サンプルの由来を問わず、複数のサンプルを 1 回の分析で定量できることです。
定量の正確度と精密度の向上については、この最適化された TMT 実験の詳細ワークフローをダウンロードしてください。
新たな TMT SPS MS3 ワークフロー
高ダイナミックレンジ混合物の高精度 TMT 定量を実現するには、Synchronous Precursor Selection（SPS）MS3 メソッドを Orbitrap™ Fusion™、Orbitrap Fusion Lumos™ などの Thermo Scientific™ Tribrid™ 質量分析計ファミリーで実行するのが唯一の方法です。4 名の第一線の研究者が Synchronous Precursor Selection（SPS）MS3 によって実現した Tandem Mass Tag（TMT）マルチプレックスの使用について説明し、各研究での先駆的な発見に関するその影響について解説します。
このホワイトペーパー「同重体タグを用いたハイスループット定量的プロテオミクス」（英語）では、重大な技術的進歩によってプロテオミクス分析の分解能が向上したことにより、生物学者がプロテオームをさらに深く探求し、タンパク質局在化における変化を測定し、低存在量タンパク質のわずかな変化も定量できるようになったことについて解説しています。
先駆的なトライブリッド質量分析計製品ラインに新たに追加された Orbitrap Fusion Lumos トライブリッド MS は、システム生物学の研究者が到達できる範囲を広げ、定量およびタンパク質特性解明の限界への挑戦を可能にしました。
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TMT ベースの定量のためのデータ解析ワークフロー
Thermo Scientific™ Proteome Discoverer 2.1 ソフトウェアは、広範なプロテオミクスワークフローを簡素化します。TMT ベースのデータ解析に推奨されているソフトウェアです。データ処理能力の向上により、巨大なデータセットを処理できるようになりました。研究管理ツールと併用することで、たとえば、TMT 10- plex データセットを処理することが可能です。バージョン 2.1 での TMT 定量ワークフローの改良点は、次のとおりです。
- レポーターイオンの同位体分布を追加するために新しいユーザーインターフェース
- TMT10plex 試薬のレポーターイオン同位体不純物を考慮する機能
- S／N 値に基づく TMT 定量の実行
- S／N 値の合計に基づくタンパク質およびペプチド定量
- ペプチドおよびタンパク質の存在量を標準化および増減させる新メソッド
Proteome Discoverer ソフトウェアのデモ版を無料でご利用いただけます。無料の 60 日間試用版 Proteome Discoverer ソフトウェア、バージョン 2.1 をダウンロードするには、Thermo Scientific プロテオミクスソフトウェアのポータルにお進みください。
Proteome Discoverer 2.1 による再現性向上および対象タンパク質の範囲の拡大（英語）
このプレゼンテーションでは、MS2 および MS3 ベースの定量メソッドを用いたタンパク質定量から再現性の高い結果を得るための、TMT ベースのレポーターイオン定量ステップを説明しています。
その他のリソース
Planet Orbitrap
Tips, applications, product information, community, technical papers and other resources for Orbitrap-based mass spectrometers.
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