リボソーム RNA 除去

トランスクリプトーム生物学に対する我々の理解は、RNA の発現調節や タイプおよび機能が以前に考えられていたよりはるかに複雑であることを明らかにする革命を起こしています。当社の RiboMinus テクノロジーを使用してリボソーム RNA(rRNA)種を除去することにより全トランスクリプトーム RNA を濃縮することは、遺伝子発現マイクロアレイ、 RNA-Seq 、およびその他の手法を使用した発見を促進する潜在性を有しています。マイクロアレイ解析の前に、RNA 増幅用 Ambion WT Expression Kit を使用すると、増幅プロセスの逆転写から rRNA を選択的に除去することで rRNA を除去する必要がなくなります。どちらの技術も、正常生理学プロセスおよび病理プロセスにおけるトランスクリプトームの役割を中心として形成される新しいパラダイムの理解を促進する可能性があります。

リボソーム結合部位の配列要件

mRNA 転写物の 5’ 未翻訳領域(UTR)の配列と構造は、タンパク質合成の調節において重要な役割を果たします。原核生物では、 mRNA の効率的かつ正確な翻訳を促進するリボソーム結合部位(RBS)を、それを最初に説明した科学者の名にちなんで シャインダルガノ配列と呼びます。このプリンリッチの 5' UTR 配列は、(30S リボソーム小サブユニット内に位置している)16S rRNA の 3’ 末端の UCCU コア配列に相補的です。さまざまなシャインダルガノ配列が原核生物の mRNA で発見されています(コンセンサス配列は 図 1 を参照)。これらの配列は、 AUG 開始コドンから 10 ヌクレオチドほど上流に位置しています。原核生物の RBS の活性は、 RBS とイニシエーター AUG を分離するスペーサーの長さとヌクレオチド構成の影響を受ける場合があります。

コンセンサス RBS 配列

図 1.コンセンサス RBS 配列。+1 A は、 fMet-tRNAfMet の結合で役割を果たす AUG 開始コドン(影付き)の最初のベースです。 下線は、効率的な翻訳に必要なリボソーム結合部位配列を示しています。

真核生物では、短い 5' UTR 内に位置する Kozak 配列 A/GCCACCAUGG は、 mRNA の直接翻訳をサポートします。 Kozak コンセンサス配列を持たない mRNA は、安定した二次構造を持たない中程度の長さの 5’UTR を有している場合、 in vitro 翻訳システムで効率的に翻訳される可能性があります。当社のデータは、シャインダルガノ配列を優先的に認識する大腸菌リボソームとは対照的に、 真核生物リボソーム(in vitro 翻訳システムで使用される網状赤血球溶血液に見られるリボソームなど)は、シャインダルガノまたは Kozak リボソーム結合部位のいずれかを効率的に使用できることを示しています。

リボソーム RNA のサイズ

生物種rRNAサイズ(kb)
ヒト18S 1.9
28S 5
マウス18S 1.9
28S 4.7
ショウジョウバエ18S 2
28S 4.1*
タバコ葉16S 1.5
18S 1.9
23S 2.9
25S 3.7
酵母18S 2
26S 3.8
大腸菌16S 1.5
23S 2.9
ツメガエル18S 4
28S 1.8

*ショウジョウバエ 28S リボソーム RNA は、18S rRNA と同様の方法で移動する二つのフラグメントにプロセスされます。

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For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.

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