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ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)組織は、疾病メカニズム解明のための臨床試験において最も広く利用されている検体です。 これらの保存検体は、リアルタイム定量PCR(qRT-PCR)またはマイクロアレイ解析を使用した遺伝子発現解析用の核酸の貴重な供給源となります。 分子生物学試験におけるPCRテクノロジーの普及はFFPE組織の臨床的使用を促進し、例えば保存組織の解析により分子レベルの知見を治療および臨床成績に関連付けることが可能となってきています。

お客様に最適なFFPEサンプル用RNA Extraction Kitはどちらですか?

 簡単で信頼性が高く迅速 操作が簡単で最高のRNA収量を実現し強固なサンプルに対応 ハイスループット用。簡単な操作で最高のRNA収量を実現しながらタフなサンプルに対応。
 
 
 
 
 
 
推奨:  ベストセラー 
切片10ミクロンあたりから期待されるRNA収量1μg 3.5 µg 3 µg
調製時間30 分 2時間 3時間
(96プレップ)
最終の抽出製品トータルRNA トータルRNA、microRNA、ゲノムDNA トータルRNA、microRNA、ゲノムDNA
脱パラフィン用に有機溶媒(キシレン)が必要  yes  
ハイスループット対応可能    yes
使用可能なFFPEサンプルの範囲3~8 × 10 ミクロンの切片 最高4 × 20 ミクロンの切片 2 × 10 ミクロンの切片
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FFPEからのRNA単離をこのように困難にしている理由は何でしょう?

品質の高いRNAをFFPE検体から回収するのは極めて困難です。 固定化のプロセスにおいて核酸とタンパク質の間に架橋が生じ、塩基へのモノメチル基の付加によりRNAが共有結合的に修飾されてしまいます。 その結果、分子が柔軟性を失い物理的に断片化されやすくなり、また架橋によりRNAの逆転写の基質としての利用に支障をきたす恐れがあります。 このため、FFPE組織を遺伝子発現解析用の試料として利用するためには、架橋したマトリックスからRNAを抽出するための方法が必要となります。

どうすればFFPEサンプルからの抽出を成功させることができるでしょうか?

FFPEサンプルから単離されるRNAの品質および収量は多くの要因に影響されます。 ここには、その中のいくつかの主要因への対処に役立つアドバイスを示しています。

  1. 組織入手および組織検体調製‐可能ならば、組織は外科的切除から1時間以内に固定することが望まれます。 固定化プロセスの完了までにRNAが著しく劣化する可能性があります。 最適な固定化時間は12~24時間で、中性緩衝ホルマリンまたはパラホルムアルデヒドを使用します。 固定化した組織は包埋プロセスの前に完全に乾燥させておく必要があります。
  2. ブロックでの保存-可能であれば、試料を切断面のないブロックの状態で保存することにより、大気中の酸素、水分およびその他の環境因子である光や寄生物(カビ、昆虫等)等への曝露による試料の継続的な損傷を抑えることができます。
  3. RNA単離に使用する組織の種類、サイズおよび量 -組織の厚さとしては10~20 μmを推奨します。使用する切片の数は組織の種類(組織の種類は細胞密度に影響を与えます)および表面積(推奨サイズ:50~300 mm2)により決定します。 スタートサンプルの量が多すぎるとフィルターが詰まり、収量が低下します。
  4. 組織包埋に使用した余分な量のパラフィン-可能であれば、精製を開始する前に余分なパラフィンを除去しておくことが望まれます。 キシレンベースの精製法においては、通常室温で2回のキシレン処理により完全な脱パラフィンが可能です。 必要に応じて、37~55℃での処理を最高30分間まで行うことも可能です。 キシレンによる脱パラフィン後、100%エタノールによる洗浄を2回実施した後に100%エタノールを完全に除去し、ペレットを完全に乾燥させることは極めて重要です。 磁気ビーズ法では新開発のケミストリーを使用することにより、20μmまでのパラフィン切片に対処しています。

 

MagMAX™ FFPE Nucleic Acid(NA)単離キットは、FFPEサンプルから迅速で効率が高く自動化が可能なトータルRNAおよびDNAの単離のためにデザインされたキットで、MagMAX™磁気ビーズを使用しています。 MagMAX™ FFPE NAキットは、より迅速なワークフローと低毒性試薬の使用しているので、精製過程で品質が劣化することはありません。 これらのキットでは、最高の性能を有するRecoverAll™フィルターベースシステムに匹敵する核酸収量および純度を得ることができます。 The MagMAX™ FFPE NAキットは類似製品より優れた性能を示し、本キットを使用して得られるRNAおよびDNA収量は、より長い時間をかけ、危険度が高くしかもより低いスループットのプロトコールを使用することにより得られる収量と同等です。

RecoverAll™ Total Nucleic Acid Isolation Kitを使用する操作に必要な手作業時間は約45分間で、RNAの単離は1日以内で容易に完了させることが可能です。 FFPEサンプルはキシレンおよびエタノールを使用した一連の洗浄により脱パラフィンされます。 次いで、脱パラフィンされたサンプルのプロテアーゼ消化が行われますが、RNAおよびDNAそれぞれの回収に見合ったインキュベーション時間が必要になります。 核酸はガラスフィルターにより精製され、フィルター上でヌクレアーゼ処理が行われ、核酸の溶出には水または付属の低塩濃度バッファーが使用されます。

テクニカルリソース

テクニカルノート

 
Tips from the Bench


Your Data

  • LCM染色のリアルタイムRT-PCRへの影響: Ambion® LCM Staining Kitを使用することによりRNAの収量および品質を損なうことなく、ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)組織からRNA抽出が可能であると記載されています。

 

アプリケーションノート

 

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For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.

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