研究に最適なツールの選択

研究に適した技術を活用していますか？科学コミュニティは現在、ある種のアプリケーションにはアレイが最適であり、その他の用途にはRNAシーケンス（RNA-Seq）が最適であるということを広く認めています。さらに、多くの研究者は、発現研究のためにこの二つの技術の力を活用する機会を見出しています。

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遺伝子の先を見る

バイオマーカー発見の世界を広げる

トランスクリプトームの複雑さのため、遺伝子レベルを超えて研究範囲を広げることの重要性を、科学者たちは認識しています。lncRNAはコーディングRNAおよび選択的スプライシングの重要な調節因子として注目を集め、幅広い疾患に関与しており、バイオマーカーおよび治療標的として利用できる可能性を拓いています8。さらに、ヒト遺伝子の推定95％が選択的スプライシングを受け9、10、そうした事象の乱れは多くの疾患と強く関連していることが知られているため9、選択的にスプライスされたバリアントはバイオマーカーの有望な候補にもなります11。

lncRNAや選択的スプライシング事象をRNA-Seqで同定することは非常に困難であることを示す研究が増えつつあります。

  • 少量の転写物およびスプライスジャンクションを明らかにするには、きわめて深いシーケンシングが必要です。これは、コスト効率の良い方法ではありません12。
  • RNA-Seqによる選択的スプライシング事象の検出はサンプリング時のノイズのために困難であり、3億を超えるリードが必要であるにもかかわらず、80％の信頼度しか達成できません1、3。
  • 大きなバイアスがライブラリ調製で発生するため、エクソンレベルのRNA-Seq結果の解釈は、とりわけ選択的スプライシング事象を調べる際には、慎重に行う必要があります。13

Clariom Dソリューションで遺伝子レベルのさらに先へ

正確な結果

RNA-Seqの精度はリード深度に依存します。Clariom Dソリューションは、RNA-Seqの2つのフルレーンに相当する正確な結果を提供するようにデザインされています。

1回の実験；多層の生物学

Clariom D-ヒトコンテンツは 16のデータベースから抽出されており、ほとんどのRNA-Seq解析パイプラインで用いられる数をはるかに上回っています。これにより、すべての既知のコーディングおよびノンコーディング遺伝子、エクソン、およびアイソフォームを探索が可能です。

Clariom Dソリューションの選択

シンプルなワークフロー。迅速な解析。高いコスト効率。

Applied Biosystemsのヒト、マウス、およびラットアッセイでは、以下のことが可能です。

  • 既知のすべての経路および遺伝子に関して包括的なデータセットを迅速に作成し、時間のかかるRNA-Seq実験を未知の転写物の発見に集中させることが可能
  • わずか100 pg のRNA、または500 pgの分解された ホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）RNA（RNA-Seqに容易には敵さないサンプルインプット量）で包括的な遺伝子発現プロファイリングを実施可能
  • 少量の転写物をより良好に定量7
  • 複雑なRNA-Seqデータを迅速かつ簡単にバリデーション
  • 高量研究を迅速かつ高コスト効率で完遂7
  • 無料のTranscriptome Analysis Console（TAC）ソフトウェアでデータを数分で解析

所要時間を短縮。データを数分で洞察に。
シンプルな無料TACソフトウェアで、以下のことが可能です：
  • 遺伝子、エクソン、および選択的スプライシング事象を同定
  • miRNAおよびターゲット遺伝子のネットワークで発現変化を探索
  • エクソンおよびジャンクションシグナルにより遺伝子モデルを視覚化
  • 目的の遺伝子および経路をフィルタリング
  • 複数の公共データベースへ直接リンク
  • データを複数のフォーマットで表示—ボルケーノプロットおよび散布図；mRNA-miRNA相互作用ネットワーク；染色体サマリー；階層クラスタリングおよび転写物アイソフォーム表示；WikiPathways統合

TACソフトウェアのデモを請求する ›

迅速なトランスクリプトームプロファイリング解析を実行する ›

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遺伝子発現研究をさらに深く、より迅速に

シーケンシングをアレイと組み合わせる

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参照文献
  1. SEQC/MAQC-III Consortium.A comprehensive assessment of RNA-Seq accuracy, reproducibility and information content by the Sequencing Quality Control Consortium.
    Nature Biotechnology32(9):903–914 (2014).
  2. Hou, R., et al.Impact of the next-generation sequencing data depth on various biological result inferences.
    Science China Life Sciences56(2):104–109 (2013).
  3. Liu, Y., et al.Evaluating the impact of sequencing depth on transcriptome profiling in human adipose.
    PLoS One8(6):e66883 (2013).
  4. Wang, X., et al.The long arm of long noncoding RNAs: Roles as sensors regulating gene transcriptional programs.
    Cold Spring Harbor Perspectives in Biology3(1):a003756 (2011).
  5. Necsulea, A., et al.The evolution of lncRNA repertoires and expression patterns in tetrapods.
    Nature505(7485):635–640 (2014).
  6. Mills, J. D., et al.Strand-specific RNA-Seq provides greater resolution of transcriptome profiling.
    Current Genomics14(3):173–181 (2013).
  7. Xu, W., et al.Human transcriptome array for high throughput clinical studies.
    Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America108(9):3707–3712 (2011).
  8. Sanchez, Y., et al.Long non-coding RNAs: challenges for diagnosis and therapies.
    Nucleic Acid Therapeutics23(1):15–20 (2013).
  9. Wang, E. T., et al.Alternative isoform regulation in human tissue transcriptomes.
    Nature456(7221):470–476 (2008).
  10. Pan, Q., et al.Deep surveying of alternative splicing complexity in the human transcriptome by high-throughput sequencing.
    Nature Genetics40(12):1413–1415 (2008).
  11. Le, K. Q., et al.Alternative splicing as a biomarker and potential target for drug discovery.
    Acta Pharmacologica Sinica36(10):1212–1218 (2015).
  12. Li, S., et al.Multi-platform assessment of transcriptome profiling using RNA-Seq in the ABRF next-generation sequencing study.
    Nature Biotechnology32(9):915–925 (2014).
  13. Lahens, N. F., et al.IVT-seq reveals extreme bias in RNA sequencing.
    Genome Biology15(6):R86 (2014).
    1. Strandedness is preserved in the following sample preparation kits: GeneChip™ WT Pico Kit; GeneChip™ WT PLUS Reagent Kit; GeneChip™ 3’ IVT PLUS Reagent Kit; SensationPlus™ FFPE Amplification and 3’ IVT Labeling Kit.
    2. No rRNA or globin mRNA reduction required for the following sample preparation kits: GeneChip™ WT Pico Kit; GeneChip™ WT PLUS Reagent Kit; GeneChip™ IVT Pico Kit; SensationPlus™ FFPE Amplification and WT Labeling Kit; SensationPlus™ FFPE Amplification and 3’ IVT Labeling Kit.GeneChip™ 3’ IVT PLUS Reagent Kit requires globin mRNA reduction.
リソース

For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.