Clariomアッセイ | Thermo Fisher Scientific

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Clariomアッセイで出来ること

最先端のトランスクリプトーム解析によって数千にも及ぶスプライスバリアントと長鎖ノンコーディング（lnc）RNAが明らかになり、バイオマーカー発見の新たな手がかりとなりました。しかし、トランスクリプトームは複雑であるため、有益な発現バイオマーカーの探索は難しく、時間がかかり、費用もかさみます。Clariomアッセイは、複数の公表されているデーターベースから得られたトランスクリプトームに関する最新の知見に基づいて構築された、高性能な発現バイオマーカーを探索するための簡単かつ迅速なツールです。臨床研究サンプルに対応し、さまざまなスループットのニーズに対応する拡張性の高いフォーマットが使用でき、解析を迅速かつ簡単に行うことができる直観的に操作可能なソフトウェアが含まれます。

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また、新しいClariom GO Screenは、遺伝子発現研究における薬剤化合物の二次スクリーニングをハイスループットかつ低コストで行うことができます。詳細を見る ›

注目のe-learning

薬剤耐性の病理生物学を解明し、将来的な標的治療を可能にするトランスクリプトミクス

がん研究におけるトランスクリプトーム解析のRNAシーケンシングおよび発現アレイの性能評価

固形腫瘍における免疫抑制を克服するための前臨床的T細胞免疫療法戦略

包括的なカバレッジ、再現性、および洞察を提供するためにデザインされています。

Clariomポートフォリオは、多様なお客様のニーズに対応したさまざまなアッセイを提供しています。Clariom Dアッセイは、さまざまなコンテンツでデザインされており、新規のノンコーディング転写物やスプライスアイソフォームのカバレッジを含む優れたトランスクリプトーム解析を容易にします。Clariom Sアッセイは、トランスクリプトームの遺伝子レベルの見解を得るのに最適で、研究に必要な結果を得るための迅速で、簡単で、拡張性の高い手法を提供します。Clariom GO Screenは、薬剤化合物のハイスループット二次スクリーニング用にデザインされており、実績のあるサービスプロバイダーを通じたサービスとして提供されています。

Applied Biosystems Clariomアッセイは、アレイ、試薬、直感的な解析ソフトウェアで構成されており、難しいサンプルでもトランスクリプトーム全体の包括的な結果を迅速かつ簡単に得られます。

サンプルから結果までを迅速に

無料、簡単、迅速なデータ解析 — Transcriptome Analysis Console（TAC）ソフトウェアにより、すべてのClariomアッセイからのトランスクリプトームデータを追加コストなしで簡単に解析できます
複雑なバイオマーカーシグネチャを、確信を持って同定し、顕著な変化の認められるパスウェイを探索できます
大規模研究から重要な洞察を迅速に得ることができます

必要なデータを簡単に取得

深く広範にわたるトランスクリプトーム解析— Clariom Dアッセイは、コーディング遺伝子、長鎖ノンコーディング遺伝子、エクソン、スプライスバリアント、およびレアな転写産物を迅速に発見できます
簡単かつ迅速に発見— Clariom Sアッセイでは、十分にアノテーションされた遺伝子から、遺伝子レベルのシグネチャおよびパスウェイを簡単に同定できます
信頼性が高く、拡張性の高いアレイにより、わずか3日で有意義な結果が得られます

貴重なサンプルや困難なサンプルをお持ちの場合

わずか100 pgのトータルRNA —わずか10個の細胞から発現プロファイルが可能です
細胞、全血、新鮮組織、新鮮凍結組織やFFPE組織など幅広いサンプルタイプでRNA解析を実施できます
グロビンおよびリボソームRNAの除去は不要で、サンプルの完全性が維持され、データのばらつきが抑えられます

エビデンス

トランスクリプトームに関する知見が増えるにつれ、エビデンスが蓄積されて、コーディング RNA および選択的スプライシングに関して重要な意味を持つ調節因子として lncRNA の関連が指摘されています。このような調節性lncRNAの異常発現に関する報告は広範にわたる疾患で増え続けており、将来的にバイオマーカーや治療薬として使用できる可能性があります。

トランスクリプトームレベルのアッセイにより、Helicobacter pylori（ヘリコバクター・ピロリ菌）に感染したヒト胃上皮細胞におけるlncRNAの調節不全が同定されました

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図1トランスクリプトームレベルのアッセイで同定された調節不全が起きている13個の候補lncRNAをqRT-PCRで確認しました。これらのうち8個については、感染細胞（T）とコントロール細胞（C）で統計的に有意な発現差が認められました。同じ8個のqRT-PCRによる確認試験で、4個のlncRNAについては、H. Pylori陽性細胞（P）とH. Pylori陰性細胞（N）で統計的に有意な発現差が認められました。
Zhu, H., et al.Microarray analysis of long non-coding RNA expression profiles in human gastric cells and tissues with Helicobacter pylori infection.BMC Medical Genomics 8:84 (2015).*

内分泌抵抗性乳がんモデル細胞系のマイクロアレイ解析により、重要な潜在的スプライスバリアントが明らかになります

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図2HTA & Clariom Dヒトアレイは、他社Aシステムで2つのフルレーンでサンプルをシーケンスするのと同等の精度でのトランスクリプトーム全体の遺伝子発現測定を提供します。 2つのサンプルからのRNAを既知の割合で混合する線形組織混合モデルを評価することにより、測定されたすべてのエクソンにわたり発現の精度を評価しました。y軸は、計算された誤差、すなわち平均絶対偏差（MAD）、（中央値（|x - 中央値（x）|）of（D-C）／（B-A））です（A = Universal Human Reference RNA (UHRR), Agilent Technologies, Inc.; B = Human Brain Reference RNA (HBRR), Life Technologies, Inc.; C = 75%A/25%B; and D = 25%A/75%B）。アレイMADは、サンプルあたりn＝3アレイのすべての組み合わせから算出され、サンプルあたりn＝4アレイを利用可能でした。ボックスプロットはサンプルごとにn =3アレイの256通りの可能なすべての組み合わせを表示し、ボックスプロットのウィスカはMAD値の最小値と最大値を表しています。アレイターゲットは、100 ngのトータルRNAからGeneChip WT PLUS試薬キットを用いて調製しました。

すべてのニーズに適したアッセイ

高分解能なトランスクリプトームプロファイルを深く広範にわたって必要とする場合も、トランスクリプトームを遺伝子レベルでの変化に注目する場合も、Clariomアッセイは再現性の高いデータと、バイオマーカー探索に必要なレベルのカバレッジを提供します。迅速な解析で結果が得られます。

	Clariom Dアッセイ	Clariom Sアッセイ	Clariom GO Screen
FFPE組織に対応	可	可	不可
細胞の直接溶解からのサンプルインプット	不可	不可	可
標準的な研究規模（サンプル数）	12～1000	12～1000	1,000～500,000
RNAインプット最小量	Picoアッセイで50 ng；0.01 ng（FFPEの場合は0.5 ng）	Picoアッセイで50 ng；0.01 ng（FFPEの場合は0.5 ng）	0.1 ngのターゲット（100 cells/μL濃度のライセート5 μL）
用途	深く広範にわたるトランスクリプトーム解析およびバイオマーカー発見	信頼性の高いアノテーション済み遺伝子の遺伝子レベルの発現プロファイリング	薬剤化合物の二次スクリーニングおよびヒットプロファイリング
解析レベル	コーディング遺伝子、ノンコーディング遺伝子、エクソン、選択的スプライシング（信頼性の高いアノテーション済み転写産物および推定転写産物を含む）	信頼性の高いアノテーション済み遺伝子	Gene Ontology Consortiumで設計されたプローブを用いて十分にアノテーションされた遺伝子
対応フォーマット	カートリッジ（単一サンプル）	カートリッジ（単一サンプル）；アレイプレート（24または96サンプル）	アレイプレート（384サンプル）
対応生物種	ヒト、マウス、ラット	ヒト、マウス、ラット	ヒト*
装置（アレイフォーマット）	GeneChip Scanner 3000 7G System（カートリッジ）	GeneChip Scanner 3000 7G System（カートリッジ） GeneTitan Multi-channel	GeneTitan Multi-channel