Platinum Genotype Tsp DNA Polymerase

Invitrogen Platinum GenoType Tsp DNA ポリメラーゼは、好熱性細菌由来の組み換え DNA ポリメラーゼです。ジヌクレオチド反復遺伝子座のジェノタイピング用の遺伝子組み換え耐熱性ポリメラーゼ（Tsp）です。酵素は、独自の抗体と結合し、室温でのポリメラーゼ活性を抑制します。

特長

  • 対立遺伝子のサイズ決定の正確性の向上—テンプレート非依存のヌクレチオドの付加（エクステンダーゼ活性としても知られています）を最小限に抑えることが確認されています。5′ および 3′ エキソヌクレアーゼ活性のどちらも欠失しています。
  • 便利なワークフロー—PCR において Taq DNA ポリメラーゼを代替でき、室温でのセットアップも可能です。
  • 特異性の向上—ホットスタート PCR での使用のために抗 Tsp 抗体があらかじめ結合されています。

このページの内容

ジヌクレオチド反復による遺伝子座ジェノタイピングのための Tsp DNA ポリメラーゼ

増幅したジヌクレオチド反復領域のサイズ決定に困難が生じることがあります。これは、Taq DNA ポリメラーゼが、しばしばテンプレート非依存のヌクレチオドを PCR 生成物（一つまたは複数のアデノシンなど）に付加するためです。余分なヌクレチオドを含む PCR アンプリコンの断片は異種であり、使用する逆方向プライマーの配列に依存します。

Platinum Genotype Tsp DNA ポリメラーゼは、余分なテンプレート非依存ヌクレチオドの PCR 生成物への付加において活性の低下を示します。この酵素の特性により、PCR でジヌクレオチド反復による遺伝子座ジェノタイピングを行う際に、研究者は正しい対立遺伝子のサイズを決定できます。

ジヌクレオチド反復マーカーのジェノタイピングにおける DNA ポリメラーゼの比較
図 1.ジヌクレオチド反復マーカーのジェノタイピングにおける DNA ポリメラーゼの比較。Taq DNA ポリメラーゼ（66％ n + 1）または Platinum GenoType Tsp DNA ポリメラーゼ（0％ n + 1）により生成された Arabidopsis thaliana（シロイヌナズナ）の nga106 遺伝子座の増幅。

5′-GTGTCTT tail（さらに PIG-tail プライマー）によって修飾された逆方向プライマーには、しばしば Taq DNA ポリメラーゼを使用して、余剰ヌクレチオドの付加を促進し、対立遺伝子同定を容易にします [1]。これらの修飾された逆方向プライマーによって、余剰ヌクレオチドの付加が増加しますが、Platinum GenoType Tsp DNA ポリメラーゼでは試験した遺伝子座の対立遺伝子同定は影響を受けません。そのため、Platinum GenoType Tsp DNA ポリメラーゼは、ジヌクレオチド反復マイクロサテライトの PCR ジェノタイピングに対する、標準的または修飾された逆方向プライマーのどちらにも有効です。

 標準プライマーセット修飾プライマーセット
Tsp DNA ポリメラーゼTaq DNA ポリメラーゼTsp DNA ポリメラーゼTaq DNA ポリメラーゼ
試験したプライマーセット81621919
n パターンのアンプリコン
（余剰ヌクレオチドなし）		97％2％58％0％
n および n+1 パターンのアンプリコン（混合）3％50％42％16％
n+1 パターンのアンプリコン
（余剰ヌクレオチドあり）		0％48％0％79％

Tsp DNA ポリメラーゼと Taq DNA ポリメラーゼの特性の比較

以下の表に、Tsp DNA ポリメラーゼと Taq DNA ポリメラーゼの特性の比較を記載します。

特長Tsp DNA ポリメラーゼTaq DNA ポリメラーゼ
3’ エキソヌクレアーゼいいえいいえ
5’ エキソヌクレアーゼいいえはい
エクステンダーゼ活性低減はい
増幅範囲0.5 kb5 kb
分子量70 kDa94 kDa
ジェノタイピング用の 5′-GTGTCTTtail を含む逆方向プライマー必要なし推奨

Tsp DNA ポリメラーゼの増幅範囲

Tsp DNA ポリメラーゼは、500 bp より大きい DNA 断片の増幅には適していません。5’ エキソヌクレアーゼを除去し、エクステンダーゼ活性を低減させる変異体は、長いフラグメントを増幅する酵素の能力も低下させます。

Tsp 抗体の特性

Platinum Tsp DNA ポリメラーゼは、抗体があらかじめ結合されており、約 72 °C で変性します。PCR の最初の段階で変性すると、酵素が活性化し、自動ホットスタート PCR が必要となります。Tsp 抗体は、Platinum Taq DNA ポリメラーゼに使用されているものとは異なることに注意してください。

ご注文情報

参考文献

  1. Brownstein MJ, Carpten JD, Smith JR (1996) Modulation of non-templated nucleotide addition by Taq DNA polymerase: primer modifications that facilitate genotyping.Biotechniques 20(6):1004-1006, 1008-1000.

リソース

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