Platinum Direct PCR Universal Master Mix

Invitrogen Platinum Direct PCR Universal Master Mix は、さまざまな種類のサンプルから DNA 配列を直接増幅できるようデザインされており、DNA 精製を必要としません。このため、マウスのジェノタイピング、CRISPR 編集した細胞の解析および限られた材料からの標的 DNA 検出などのアプリケーションにおいて、未精製サンプルからのターゲット DNA の増幅に理想的です。

特長

  • ユニバーサル—一つのマスターミックスを異なるサンプル種に使用でき、単一のアニーリング温度を異なるプライマーセットに使用できます
  • 簡便性—プライマーを 60°C でアニーリングできるように調製されたバッファを使用するため PCR 最適化を低減できます
  • 迅速—DNA 精製の必要はありません。DNA を 20 秒/kb で合成できます
  • 効率的—高い阻害物質耐性。GC 含量の高い配列の増幅のための GC エンハンサーが含まれます
  • フレキシビリティ—長期保存してさらに試験を行うために、溶解して保存するプロトコルのオプションも選択できます
  • ピペット操作の低減—直接ゲルへ充填可能な色素を含むマスターミックス

マスターミックスには、高い阻害物質耐性、迅速な DNA 合成および高い感度を達成するために開発された Invitrogen Platinum II Taq Hot-Start DNA ポリメラーゼが含まれます。酵素に加えて、マスターミックスには dNTP、他の反応成分および直接ゲル添加のための緑色色素が含まれます。キットには、Lysis Buffer、Proteinase K および Invitrogen Platinum GC Enhancer の各バイアルも含まれます。

サンプルを直接 PCR に使用できるダイレクト PCR

ダイレクト PCR の原理およびダイレクト PCR キットの有効な活用法をご覧ください。

Platinum Direct PCR Universal Master Mixを使用した生体サンプルの試験

ヒト研究用組織

Platinum Direct PCR UniversalMaster Mix 、唾液、口腔スワブ、血液(クエン酸、ヘパリンまたは EDTA 中に保存)、爪、毛および HeLa S3 細胞などさまざまなヒト組織に由来するターゲット DNA の増幅に成功しています。

さまざまなヒト組織から増幅した 0.35 kb および 7.5 kb のフラグメントの PCR 産物のゲル画像

図 2さまざまなヒト研究用組織からの直接 DNA 増幅。さまざまな種類のヒト組織由来の 0.35 kb および 7.5 kb のフラグメントを、Platinum Direct PCR Universal Master Mix を使用して増幅しました。溶解プロトコルを使用した結果を示しました。分子量マーカー(M)には Invitrogen TrackIt 1 Kb Plus DNA Ladder を使用しました。

マウスサンプル

Platinum Direct PCR UniversalMaster Mix は、耳、尾、腎臓、心臓、すい臓、肝臓、脾臓、脳、毛、骨髄、骨および歯などさまざまなマウス組織に由来するターゲット DNA の増幅に成功しています。

さまざまなマウス組織から増幅した 0.3 kb および 3.6 kb のフラグメントの PCR 産物のゲル画像

図 3.さまざまなマウス組織からの直接 DNA 増幅さまざまな種類のマウス組織由来の 0.3 kb および 3.6 kb のフラグメントを、Platinum Direct PCR Universal Master Mix を使用して増幅しました。溶解プロトコルを使用した結果を示しました。軟組織は 1 mm 片に切断し、骨のような硬組織はセラミック粉砕機中で 1 mm ~ 2 mm に粉砕しました。分子量マーカー(M)には TrackIt 1 Kb Plus DNA Ladder を使用しました。

植物サンプル

Platinum Direct PCR Universal Master Mix は、コムギ葉、タバコ葉、カバ葉、カエデ葉、モクレン葉、ラン葉、シロイヌナズナ葉、バラ葉、セイヨウシナノキ葉、ライラック葉、イチゴ葉、野生イチゴ葉、 Thuja 葉、マツ花序、トウヒ花序、ローズヒップ花弁、イチゴ、トウモロコシ種子、落花生、コムギ種子、タバコ種子、ヒマワリ種子およびコムギ根などさまざまな種の植物組織に由来するターゲット DNA 配列の増幅に成功しています。

さまざまな植物組織から増幅した 0.3 kb のフラグメントの PCR 産物のゲル画像

図 4異なる植物種および異なる組織からの直接 DNA 増幅。Platinum Direct PCR Universal Master Mix を使用して、ここに示した植物種の葉、種子、根および果実から 0.3 kb のフラグメントを直接増幅しました。1 mm のリーフパンチまたは粉砕種子を使用する直接プロトコルにより得られた結果が示してあります。分子量マーカー(M)には TrackIt 1 Kb Plus DNA Ladder を使用しました。

藻類

Platinum Direct PCR Universal Master Mix は、細胞壁を有するまたは有しない藻類に由来する標的 DNA 配列の増幅に成功しています。

細胞壁を含むまたは含まない藻類からの 0.11 kb のフラグメントの PCR 産物のゲル画像

図 5藻類からの直接 DNA 増幅。0.11 kb のフラグメントを、細胞壁を有するまたは有しない単一細胞緑藻類 Chlamydomonas reinhardtii から、Platinum Direct PCR Universa lMaster Mix を使用して直接増幅しました。溶解プロトコルを使用した結果を示しました。分子量マーカー(M)には TrackIt 1 Kb Plus DNA Ladder を使用しました。

トリ組織

Platinum Direct PCR Universal Master Mix は、ニワトリ軟骨、ニワトリ肉およびウズラ羽毛などトリ組織に由来するさまざまなターゲット DNA 配列の増幅に成功しています。

トリのさまざまな組織から増幅した 0.24 kb のフラグメントの PCR 産物のゲル画像

図 6トリ組織からの直接 DNA 増幅。Platinum Direct PCR Universal Master Mix を使用して、ニワトリ(軟骨、肉)およびウズラ(羽毛)から 0.24 kb のフラグメントを直接増幅しました。溶解プロトコルを使用した結果を示しました。分子量マーカー(M)には TrackIt 1 Kb Plus DNA Ladder を使用しました。

細菌種

Platinum Direct PCR Universal Master Mix は、グラム陽性細菌種およびグラム陰性細菌種からの標的 DNA 配列の増幅に成功しています。

Escherichia coli および Bacillus subtilis からそれぞれ増幅した 0.62 kb および 0.59 kb のフラグメントの PCR 産物のゲル画像

図 7細菌からの直接 DNA 増幅。Platinum Direct PCR Universal Master Mixを使用して、グラム陰性細菌(Escherichia coli)から 0.62 kb のフラグメントを、グラム陽性細菌(Bacillus subtilis)から 0.59 kb のフラグメントをそれぞれ直接増幅しました。溶解プロトコルを使用した結果を示しました。分子量マーカー(M)には TrackIt 1 Kb Plus DNA Ladder を使用しました。

ゼブラフィッシュ組織

Platinum Direct PCR Universal Master Mix は、ヒレ、うろこ、筋肉および脳などゼブラフィッシュのさまざまな組織からターゲット DNA 配列の増幅に成功しています。

ゼブラフィッシュのヒレから増幅した PCR 産物のゲル画像
図 8ゼブラフィッシュからの直接 DNA 増幅。0.35 kb および 1 kb のフラグメントを、Platinum Direct PCR Universal Master Mix を使用してゼブラフィッシュ組織から直接増幅しました。溶解プロトコルを使用した結果が示してあります。ゼブラフィッシュのヒレ、うろこ、筋肉および脳からの増幅に成功しています。分子量マーカー(M)には TrackIt 1 Kb Plus DNA Ladder を使用しました。

ショウジョウバエ組織

Platinum Direct PCR Universal Master Mix は、全身、半身、頭部および幼虫半身など ショウジョウバエのさまざまな組織に由来する標的 DNA 配列の増幅に成功しています。

ショウジョウバエ組織から増幅した PCR 産物のゲル画像

図 9ショウジョウバエからの直接 DNA 増幅。0.66 kb のフラグメントを、Platinum Direct PCR Universal Master Mix を使用してショウジョウバエのさまざまな組織から直接増幅しました。溶解プロトコルを使用した結果が示してあります。ショウジョウバエの体部、頭部および幼虫からの増幅に成功しています。分子量マーカー(M)には TrackIt 1 Kb Plus DNA Ladder を使用しました。

血液

Platinum Direct PCR Universal Master Mixは、クエン酸、ヘパリンまたは EDTA 中に保存したヒト血液からのターゲット DNA 配列の増幅に成功しています。

クエン酸、ヘパリンまたは EDTA 中に保存したヒト血液から増幅した 0.35 kb および 7.5 kb のフラグメントの PCR 産物のゲル画像

図 10ヒト血液研究用サンプルからの直接 DNA 増幅。0.35 kb および 7.5 kb のフラグメントを、クエン酸、ヘパリンまたは EDTA 中に保存したヒト血液から、Platinum Direct PCR Universal Master Mix を使用して増幅しました。溶解プロトコルを使用した結果が示してあります。分子量マーカー(M)には TrackIt 1 Kb Plus DNA Ladder を使用しました。

ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)組織

Platinum Direct PCR Universal Master Mix は、マウス腎臓 FFPE サンプルに由来する標的 DNA 配列の増幅に成功しています。

マウス腎臓 FFPE ブロックから増幅した 0.1 kb、0.2 kb、0.3 kb、0.5 kb および 1 kb のフラグメントの PCR 産物のゲル画像
図 11FFPE サンプルからの直接 DNA 増幅。Platinum Direct PCR Universal Master Mix を使用して、マウス腎臓 FFPE ブロックに由来するさまざまな長さのフラグメント(0.1 kb、0.2 kb、0.3 kb、0.5 kb および 1 kb)を、マニュアルで推奨されている方法に従って増幅しました。分子量マーカー(M)には TrackIt 1 Kb Plus DNA Ladder を使用しました。FFPE DNA は切断されている場合が多く、サンプルの品質が低いため 0.3 kb より長いフラグメントの増幅が不可能な場合があることに留意する必要があります。

ヒト研究用組織

Platinum Direct PCR UniversalMaster Mix 、唾液、口腔スワブ、血液(クエン酸、ヘパリンまたは EDTA 中に保存)、爪、毛および HeLa S3 細胞などさまざまなヒト組織に由来するターゲット DNA の増幅に成功しています。

さまざまなヒト組織から増幅した 0.35 kb および 7.5 kb のフラグメントの PCR 産物のゲル画像

図 2さまざまなヒト研究用組織からの直接 DNA 増幅。さまざまな種類のヒト組織由来の 0.35 kb および 7.5 kb のフラグメントを、Platinum Direct PCR Universal Master Mix を使用して増幅しました。溶解プロトコルを使用した結果を示しました。分子量マーカー(M)には Invitrogen TrackIt 1 Kb Plus DNA Ladder を使用しました。

マウスサンプル

Platinum Direct PCR UniversalMaster Mix は、耳、尾、腎臓、心臓、すい臓、肝臓、脾臓、脳、毛、骨髄、骨および歯などさまざまなマウス組織に由来するターゲット DNA の増幅に成功しています。

さまざまなマウス組織から増幅した 0.3 kb および 3.6 kb のフラグメントの PCR 産物のゲル画像

図 3.さまざまなマウス組織からの直接 DNA 増幅さまざまな種類のマウス組織由来の 0.3 kb および 3.6 kb のフラグメントを、Platinum Direct PCR Universal Master Mix を使用して増幅しました。溶解プロトコルを使用した結果を示しました。軟組織は 1 mm 片に切断し、骨のような硬組織はセラミック粉砕機中で 1 mm ~ 2 mm に粉砕しました。分子量マーカー(M)には TrackIt 1 Kb Plus DNA Ladder を使用しました。

植物サンプル

Platinum Direct PCR Universal Master Mix は、コムギ葉、タバコ葉、カバ葉、カエデ葉、モクレン葉、ラン葉、シロイヌナズナ葉、バラ葉、セイヨウシナノキ葉、ライラック葉、イチゴ葉、野生イチゴ葉、 Thuja 葉、マツ花序、トウヒ花序、ローズヒップ花弁、イチゴ、トウモロコシ種子、落花生、コムギ種子、タバコ種子、ヒマワリ種子およびコムギ根などさまざまな種の植物組織に由来するターゲット DNA 配列の増幅に成功しています。

さまざまな植物組織から増幅した 0.3 kb のフラグメントの PCR 産物のゲル画像

図 4異なる植物種および異なる組織からの直接 DNA 増幅。Platinum Direct PCR Universal Master Mix を使用して、ここに示した植物種の葉、種子、根および果実から 0.3 kb のフラグメントを直接増幅しました。1 mm のリーフパンチまたは粉砕種子を使用する直接プロトコルにより得られた結果が示してあります。分子量マーカー(M)には TrackIt 1 Kb Plus DNA Ladder を使用しました。

藻類

Platinum Direct PCR Universal Master Mix は、細胞壁を有するまたは有しない藻類に由来する標的 DNA 配列の増幅に成功しています。

細胞壁を含むまたは含まない藻類からの 0.11 kb のフラグメントの PCR 産物のゲル画像

図 5藻類からの直接 DNA 増幅。0.11 kb のフラグメントを、細胞壁を有するまたは有しない単一細胞緑藻類 Chlamydomonas reinhardtii から、Platinum Direct PCR Universa lMaster Mix を使用して直接増幅しました。溶解プロトコルを使用した結果を示しました。分子量マーカー(M)には TrackIt 1 Kb Plus DNA Ladder を使用しました。

トリ組織

Platinum Direct PCR Universal Master Mix は、ニワトリ軟骨、ニワトリ肉およびウズラ羽毛などトリ組織に由来するさまざまなターゲット DNA 配列の増幅に成功しています。

トリのさまざまな組織から増幅した 0.24 kb のフラグメントの PCR 産物のゲル画像

図 6トリ組織からの直接 DNA 増幅。Platinum Direct PCR Universal Master Mix を使用して、ニワトリ(軟骨、肉)およびウズラ(羽毛)から 0.24 kb のフラグメントを直接増幅しました。溶解プロトコルを使用した結果を示しました。分子量マーカー(M)には TrackIt 1 Kb Plus DNA Ladder を使用しました。

細菌種

Platinum Direct PCR Universal Master Mix は、グラム陽性細菌種およびグラム陰性細菌種からの標的 DNA 配列の増幅に成功しています。

Escherichia coli および Bacillus subtilis からそれぞれ増幅した 0.62 kb および 0.59 kb のフラグメントの PCR 産物のゲル画像

図 7細菌からの直接 DNA 増幅。Platinum Direct PCR Universal Master Mixを使用して、グラム陰性細菌(Escherichia coli)から 0.62 kb のフラグメントを、グラム陽性細菌(Bacillus subtilis)から 0.59 kb のフラグメントをそれぞれ直接増幅しました。溶解プロトコルを使用した結果を示しました。分子量マーカー(M)には TrackIt 1 Kb Plus DNA Ladder を使用しました。

ゼブラフィッシュ組織

Platinum Direct PCR Universal Master Mix は、ヒレ、うろこ、筋肉および脳などゼブラフィッシュのさまざまな組織からターゲット DNA 配列の増幅に成功しています。

ゼブラフィッシュのヒレから増幅した PCR 産物のゲル画像
図 8ゼブラフィッシュからの直接 DNA 増幅。0.35 kb および 1 kb のフラグメントを、Platinum Direct PCR Universal Master Mix を使用してゼブラフィッシュ組織から直接増幅しました。溶解プロトコルを使用した結果が示してあります。ゼブラフィッシュのヒレ、うろこ、筋肉および脳からの増幅に成功しています。分子量マーカー(M)には TrackIt 1 Kb Plus DNA Ladder を使用しました。

ショウジョウバエ組織

Platinum Direct PCR Universal Master Mix は、全身、半身、頭部および幼虫半身など ショウジョウバエのさまざまな組織に由来する標的 DNA 配列の増幅に成功しています。

ショウジョウバエ組織から増幅した PCR 産物のゲル画像

図 9ショウジョウバエからの直接 DNA 増幅。0.66 kb のフラグメントを、Platinum Direct PCR Universal Master Mix を使用してショウジョウバエのさまざまな組織から直接増幅しました。溶解プロトコルを使用した結果が示してあります。ショウジョウバエの体部、頭部および幼虫からの増幅に成功しています。分子量マーカー(M)には TrackIt 1 Kb Plus DNA Ladder を使用しました。

血液

Platinum Direct PCR Universal Master Mixは、クエン酸、ヘパリンまたは EDTA 中に保存したヒト血液からのターゲット DNA 配列の増幅に成功しています。

クエン酸、ヘパリンまたは EDTA 中に保存したヒト血液から増幅した 0.35 kb および 7.5 kb のフラグメントの PCR 産物のゲル画像

図 10ヒト血液研究用サンプルからの直接 DNA 増幅。0.35 kb および 7.5 kb のフラグメントを、クエン酸、ヘパリンまたは EDTA 中に保存したヒト血液から、Platinum Direct PCR Universal Master Mix を使用して増幅しました。溶解プロトコルを使用した結果が示してあります。分子量マーカー(M)には TrackIt 1 Kb Plus DNA Ladder を使用しました。

ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)組織

Platinum Direct PCR Universal Master Mix は、マウス腎臓 FFPE サンプルに由来する標的 DNA 配列の増幅に成功しています。

マウス腎臓 FFPE ブロックから増幅した 0.1 kb、0.2 kb、0.3 kb、0.5 kb および 1 kb のフラグメントの PCR 産物のゲル画像
図 11FFPE サンプルからの直接 DNA 増幅。Platinum Direct PCR Universal Master Mix を使用して、マウス腎臓 FFPE ブロックに由来するさまざまな長さのフラグメント(0.1 kb、0.2 kb、0.3 kb、0.5 kb および 1 kb)を、マニュアルで推奨されている方法に従って増幅しました。分子量マーカー(M)には TrackIt 1 Kb Plus DNA Ladder を使用しました。FFPE DNA は切断されている場合が多く、サンプルの品質が低いため 0.3 kb より長いフラグメントの増幅が不可能な場合があることに留意する必要があります。

Platinum Direct PCR Universal Master Mixのその他の主要な利点

特別に調製された Platinum Direct PCR Master Mix のバッファは、PCR における面倒な最適化ステップの低減に役立ちます。革新的な処方のバッファは、一般的なプライマー設計のルールに従うプライマーであればその配列に関わらず 60°C(ユニバーサルなアニーリング温度)におけるアニーリングを可能にします(図 12)。さらにバッファは、算出した Tm をアニーリングステップに使用した場合にも増幅を成功させます(データは示していません)。

ユニバーサルなアニーリング温度である 60°C を使用して植物、マウスおよびヒトの組織から増幅した PCR 産物のゲル画像

図 12Platinum Direct PCR Universal Master Mix は、ユニバーサルなアニーリング温度(60°C)を使用した、さまざまなサンプルの DNA テンプレートの増幅において、高い特異性および収量で PCR 産物を生成します。 アニーリング温度(画像上部に記載)の異なるプライマーセットを使用して、植物、マウスおよびヒトの異なる組織に由来する標的を増幅しました。直接プロトコルおよび溶解プロトコルの両方の結果が示してあります。分子量マーカー(M)には TrackIt 1 Kb Plus DNA Ladder を使用しました。

PCR におけるユニバーサルなアニーリング温度の利点をご覧ください

PCR におけるアニーリングステップの重要性、特別に調製された PCR バッファの使用により最適化ステップを回避できること、さらにバッファが可能にするユニバーサルなアニーリング温度の使用の利点をご覧ください。

革新的なバッファのおかげで、Platinum Direct PCR Universal Master Mix では、ユニバーサルなアニーリング温度およびすべてのアッセイの同時サイクリングのためのフレキシブルな伸長時間の使用が可能です。

3 種類の PCR 標的の同時サイクリングによる増幅を示す、異なる 3 色のウェル群から成る 96 ウェルプレート
図 13ユニバーサルな PCR プロトコルにより実現する時間短縮および複数アッセイの同時サイクリングPlatinum Direct PCR Universal Master Mix を使用すれば、ユニバーサルなプライマーアニーリング温度と増幅する最も長い断片に合わせた伸長ステップにより、異なる PCR アッセイのサイクリングを一つのプロトコルで同時に実施(同時サイクリング)することができます(図 14)。
マウス、植物およびヒトの組織から、ユニバーサルなプロトコルと同一の伸長時間を使用して増幅させた 0.2 kb、0.6 kb、1 kb、1.5 kb および 2 kb のフラグメントの PCR 産物のゲル画像

図 14Platinum Direct PCR Universal Master Mix は、短いアンプリコンと長いアンプリコンを同時に増幅できます。さまざまな種および組織に由来するサンプルから、0.2 kb、0.6 kb、1 kb、1.5 kb および 2 kb のフラグメントを、五つのすべての標的に関して同一のプロトコルを使用して増幅させました。94 °C での 15 秒間の変性、60°C での 15 秒間のアニーリング、68°C での 40 秒間の伸長を行いました。伸長時間は、最長の標的の長さに基づいた時間を使用しました。

Platinum Direct PCR Master Mix では、未精製サンプルからの標的 DNA 増幅のために 2 種類のプロトコルを使用できます。直接プロトコルでは、推奨されるサイズのサンプルを直接マスターミックスに添加します。溶解プロトコルでは、推奨されるサイズのサンプルを溶解し、その上清の一部をマスターミックスに添加します。直接プロトコルは、より短いワークフローを可能とし、溶解プロトコルはサンプル保存のオプションを利用できるフレキシブルなワークフローを可能とします(図 15)。直接 PCR プロトコルでは 2 kb までのフラグメントを増幅でき、溶解プロトコルでは 8 kb までのフラグメントを増幅できます(図 19)。

直接プロトコルと溶解プロトコルのステップの比較模式図(チューブ、アイコンおよびサーマルサイクラー)
図 15直接プロトコルと溶解プロトコルの比較

サンプルのサイズおよび量はダイレクト PCR を成功させるために極めて重要です。サンプルが少量すぎるとインプット量が不十分なために PCR が成功しない可能性があります。一方で、サンプルサイズが大きいと PCR を阻害する可能性のある細胞の成分および破片が混入する可能性があります。推奨されるサンプルサイズは Platinum Direct PCR Universal Master Mix マニュアルに記載されています。

ダイレクト PCR の直接プロトコルおよび溶解プロトコルに推奨されるサンプルサイズを円の大きさで示した図

図 16直接プロトコルおよび溶解プロトコルに推奨されるサンプルサイズ(実際のサイズではありません)。一般的に、0.5 mm ~ 1.0 mm の固体サンプルは直接プロトコルに適しています。溶解プロトコルには 0.5 mm ~ 2.0 mm が推奨されますが、10 mm までのサンプルも使用できます。異なる種類のサンプルに関する推奨の詳細は、製品マニュアルをご参照ください。

Platinum Direct PCR Universal Master Mix を使用する場合には、固体サンプル用にサンプルサイズガイドを レターサイズ(8.5” x 11”)または A4 サイズ(210 mm x 297 mm)で印刷しておくと便利です。

Platinum Direct PCR Universal Master Mix は PCR 産物の直接ゲル充填のためのグリーンマスターミックスとして提供され、面倒な PCR 産物への色素添加ステップを排除でき、ピペット操作によるエラーの低減に役立ちます。

PCR マスターミックス中の緑色の色素が電気泳動で黄色および青色の色素に分離しており、直接ゲル充填できるマスターミックスの利点が示されています

図 17PCR 産物を直接ゲルに充填して解析できるグリーンマスターミックスPlatinum Direct PCR Universal Master Mix には、濃度試薬および 2 種類のトラッキング色素が含まれます。DNA の移動は、電気泳動中に容易に目視確認できる 2 種類の色素(青色および黄色)により容易にトラッキングできます(右端の図に 5 分および 15 分のレーンが示されています)。

Platinum Direct PCR Universal Master Mix を使用した効率的な PCR

PCR ランタイム

Platinum Direct PCR Universal Master Mix には、迅速な DNA 合成のための合成酵素である Platinum II Taq Hot-Start DNA ポリメラーゼが使用されています。このため、他のダイレクト PCR キットと比較して、Platinum Direct PCR Master Mixではより迅速に PCR 結果が得られます(図 17)。

異なるダイレクト PCR キット間の PCR ランタイムを比較するためのサイクル時間およびランプ時間を示す棒グラフ

図 18迅速なサイクリングによる PCR ランタイムの短縮Platinum Direct PCR Universal Master Mixおよび他社のダイレクト PCR キットを使用して、1 kb のフラグメントの 35 サイクルの増幅を行いました。各ポリメラーゼのサイクル時間を紫色で、 Applied Biosystems ProFlex PCR System (6°C/秒 ピークブロックランプ速度)上でのランプ時間を赤色でそれぞれ示しています。

増幅長

Platinum Direct PCR Universal Master Mix は、長い配列をサンプルから直接増幅できます。

直接プロトコルおよび溶解プロトコルを使用した 0.2 kb、0.35 kb、0.8 kb、2 kb、3.3 kb、4.5 kb および 7.5 kb の PCR 産物のゲル画像からは、これら 2 種類のプロトコルの異なる増幅範囲が示されています
図 19Platinum Direct PCR Universal Master Mix を使用した、直接プロトコルおよび溶解プロトコルの増幅範囲。直接プロトコルでは 2 kb までのフラグメントを増幅でき、溶解プロトコルでは 8 kb までのフラグメントを増幅できます。ヘパリン中で保存したヒト血液の PCR 結果が示してあります。分子量マーカー(M)には TrackIt 1 Kb Plus DNA Ladder を使用しました。

高い特異性

Platinum Direct PCR Universal Master Mix には、Invitrogen Platinum ホットスタート技術を使用する Platinum II Taq Hot-Start DNA ポリメラーゼが含まれます。この抗体ベースのホットスタート技術は、未精製サンプルを使用した直接 DNA 増幅において優れた特異性を提供します。

0.3 kb、0.5 kb、1.1 kb、2.2 kb、2.9 kb、3.6 kb および 5.5 kb の PCR 産物のゲル画像からは PCR の特異性が示されています
図 20ダイレクト PCR の高い特異性。Platinum Direct PCR Universal Master Mix の溶解プロトコルを使用して、マウス耳から 0.3 kb、0.5 kb、1.1 kb、2.2 kb、2.9 kb、3.6 kb および 5.5 kb の標的を増幅しました。分子量マーカー(M)には TrackIt 1 Kb Plus DNA Ladder を使用しました。

高感度

Platinum Direct PCR Universal Master Mix には、感度が改善された合成酵素である Platinum II Taq Hot-Start DNA ポリメラーゼが使用されています。このため、Platinum Direct PCR Master Mix では少ないサンプルインプット量からでも標的配列を検出できます。

PCR 感度を示す、異なる細胞数(10,000 細胞~ 1 細胞)のゲル画像

図 21少ないサンプルインプット量からの高感度な PCR。Platinum Direct PCR Universal Master Mixの溶解プロトコルを使用して、5 個 ~ 500 個の HeLa S3 細胞から 0.4 kb および 2.2 kb の標的を増幅しました。分子量マーカー(M)には TrackIt 1 Kb Plus DNA Ladder を使用しました。

AT リッチ標的および GC リッチ標的の PCR

Platinum Direct PCR Universal Master Mix は、AT リッチ標的から GC リッチ標的まで幅広い範囲の標的の増幅を可能にします。GC リッチ標的の特異的で強化された増幅のための、Platinum GC Enhancer のバイアルが含まれます。

AT リッチ標的および GC リッチ標的の増幅を示す、GC 含量の異なる(29% ~ 77%)標的の PCR 産物のゲル画像

図 22AT リッチ標的および GC リッチ標的の頑健なダイレクト増幅。GC 含量の異なる 14 種類の標的を、Platinum Direct PCR Universal Master Mix の溶解プロトコルに従って、ヒト口腔スワブから増幅しました。GC 含量が 65% を超える標的には、Platinum GC Enhancer(キットに含まれます)を使用しました。分子量マーカーには TrackIt 1 Kb Plus DNA Ladder を使用しました。

マルチプレックス PCR

Platinum Direct PCR Universal Master Mix は、複数の標的の単一反応での増幅を可能にします。

マウスの耳、尾および毛に由来するサンプルを使用して、単一チューブ内で増幅させた五つの PCR 産物のゲル画像
図 23ダイレクト PCR における最高五つの標的の効率的なマルチプレックス化。マウスの耳、尾および毛に由来する異なる長さの(0.1 kb ~ 1.1 kb)フラグメントを、シングルプレックスから 5-プレックスまでの異なるマルチプレックス度の反応で増幅しました。Platinum Direct PCR Universal Master Mix の溶解プロトコルからの結果が示してあります。分子量マーカーには Invitrogen TrackIt 100 bp DNA Ladder を使用しました。

ベンチトップ安定性

Platinum Direct PCR Universal Master Mix は室温における安定性が向上しているため、ハイスループットのアプリケーションを可能にします。酵素の Platinum ホットスタート技術がキットのベンチトップ安定性および高い特異性を可能にします。

室温で調製したサンプル、氷上で調製したサンプルおよび PCR 前に室温で 8 時間放置したサンプルの PCR 産物のゲル画像から示される、ベンチトップ安定性

図 24Platinum Direct PCR Universal Master Mix を使用して調製した反応混合物は室温で安定です。マウス尾由来の 2.2 kb のフラグメントを、Platinum Direct PCR マスターミックスの溶解プロトコルにより増幅しました。反応混合物を室温(25 °C)または氷上(4°C)で調製し、直ちに、または室温(25°C)で 8 時間放置した後に PCR のランを行いました。室温で 8 時間放置した後でも、Platinum Direct PCR Master Mix は特異性および収量の高い結果を与えました。分子量マーカー(M)には TrackIt 1 Kb Plus DNA Ladder を使用しました。

さまざまな種類のサンプルを使用した、他社の市販キットとのデータ比較

タバコ葉を使用して、市販のダイレクト PCR キットの標的増幅の収量および特異性を比較しました。

Platinum Direct PCR Universal Master Mix および他社のキットを使用した、タバコ葉からの 0.15 kb、0.6 kb、0.75 kb、1.6 kb および 2.2 kb のフラグメントの PCR 産物のゲル画像

図 25タバコ葉からの頑健な直接 DNA 増幅。直接プロトコルにおいて、Platinum Direct PCR Universal Master Mix(左端パネル)は、タバコ葉由来の幅広いサイズ範囲の DNA フラグメント(0.15 kb、0.6 kb、0.75 kb、1.6 kb および 2.2 kb)に関して高い特異性および収量を提供します。同一の標的を他社のダイレクト PCR キットを使用して増幅しました。(A) Bioline MyTaq Plant PCR Kit、 (B) TaKaRa Terra PCR Direct Polymerase Mix および (C) Sigma-Aldrich REDExtract-N-Amp Plant PCR Kit(溶解プロトコル)。分子量マーカー(M)には TrackIt 1 Kb Plus DNA Ladder を使用しました。

タバコ種子を使用して、市販のダイレクト PCR キットの標的増幅の収量および特異性を比較しました。

Platinum Direct PCR Universal Master Mix および他社のキットを使用した、タバコ種子からの 0.15 kb、0.6 kb、1.6 kb および 2.2 kb のフラグメントの PCR 産物のゲル画像

図 26タバコ種子からの頑健な直接 DNA 増幅。溶解プロトコルにおいて、Platinum Direct PCR Universal Master Mix(左端パネル)は、タバコ種子由来の幅広いサイズ範囲の DNA フラグメント(0.15 kb、0.6 kb、1.6 kb および 2.2 kb)に関して高い特異性および収量を提供します。同一の標的を他社のダイレクト PCR キットを使用して増幅しました。(A) Sigma-Aldrich REDExtract-N-Amp Plant PCR Kit、 (B) Bioline MyTaq Plant PCR Kit および (C) Roche KAPA3G Plant PCR Kit。分子量マーカー(M)には TrackIt 1 Kb Plus DNA Ladderを使用しました。

マウス耳由来サンプルを使用して、市販のダイレクト PCR キットの標的増幅の収量および特異性を比較しました。

図 27マウス耳からの頑健な直接 DNA 増幅。溶解プロトコルにおいて、Platinum Direct PCR Universal Master Mix(左端パネル)は、マウス耳パンチ由来の幅広いサイズ範囲の DNA フラグメント(0.3 kb、0.5 kb、1.1 kb、2.2 kb、2.9 kb、3.6 kb および 5.5 kb)に関して高い特異性および収量を提供します。同一の標的を他社のダイレクト PCR キットを使用して増幅しました。(A) Sigma REDExtract-N-Amp Tissue PCR Kit、 (B) Bioline MyTaq Extract PCR Kit、 (C) TaKaRa Terra PCR Direct Polymerase Mix および (D) Roche KAPA Mouse Genotyping Kit。分子量マーカー(M)には TrackIt 1 Kb Plus DNA Ladder を使用しました。

ヒト唾液サンプルを使用して、市販のダイレクト PCR キットの標的増幅の収量および特異性を比較しました。

Platinum Direct PCR Universal Master Mix および他社のキットを使用した、ヒト唾液サンプルからの 0.2 kb、0.8 kb、2 kb、4.5 kb および 7.5 kb のフラグメントの PCR 産物のゲル画像

図 28ヒト唾液からの頑健な直接 DNA 増幅。溶解プロトコルにおいて、Platinum Direct PCR Universal Master Mix(左端パネル)は、ヒト唾液サンプル由来の幅広いサイズ範囲の DNA フラグメント(0.2 kb、0.8 kb、2 kb、4.5 kb および 7.5 kb)に関して高い特異性および収量を提供します。同一の標的を他社のダイレクト PCR キットを使用して増幅しました。(A) Sigma-Aldrich REDExtract-N-Amp Tissue PCR Kit、 (B) Bioline MyTaq Extract PCR Kit および (C) TaKaRa Terra PCR Direct Polymerase Mix。分子量マーカー(M)には TrackIt 1 Kb Plus DNA Ladder を使用しました。

ヒト血液研究用サンプルを使用して、市販のダイレクト PCR キットの標的増幅の収量および特異性を比較しました。

Platinum Direct PCR Universal Master Mix および他社のキットを使用した、ヒト血液サンプルからの 0.2 kb、0.35 kb、0.8 kb、2 kb、3.3 kb、4.5 kb および 7.5 kb のフラグメントの PCR 産物のゲル画像

図 29ヒト血液からの頑健な直接 DNA 増幅。直接プロトコルまたは溶解プロトコルにおいて、Platinum Direct PCR Universal Master Mix(左側パネル)は、ヒト血液研究用サンプル由来の幅広いサイズ範囲の DNA フラグメント(0.2 kb、0.35 kb、0.8 kb、2 kb、3.3 kb、4.5 kb および 7.5 kb)に関して高い特異性および収量を提供します。同一の標的を他社のダイレクト PCR キットを使用して増幅しました。(A) Bioline MyTaq Blood PCR kit (直接プロトコル)および (B) TaKaRa Terra PCR Direct Polymerase Mix(溶解プロトコル)。分子量マーカー(M)には TrackIt 1 Kb Plus DNA Ladder を使用しました。

ヒト細胞株サンプルを使用して、市販のダイレクト PCR キットの標的増幅の収量および特異性を比較しました。

Platinum Direct PCR Universal Master Mix および他社のキットを使用した、ヒト培養細胞からの 0.2 kb、0.8 kb、2 kb、4.5 kb および 7.5 kb のフラグメントの PCR 産物のゲル画像

図 30ヒト細胞からの頑健な直接 DNA 増幅。直接プロトコルまたは溶解プロトコルにおいて、Platinum Direct PCR Universal Master Mix(左端パネル)は、HeLa S3 細胞由来の幅広いサイズ範囲の DNA フラグメント(0.2 kb、0.8 kb、2 kb、4.5 kb および 7.5 kb)に関して高い特異性および収量を提供します。同一の標的を他社のダイレクト PCR キットを使用して増幅しました。(A) TaKaRa Terra PCR Direct Polymerase Mix、 (B) Sigma-Aldrich REDExtract-N-Amp Tissue PCR Kit および (C) Bioline MyTaq Extract PCR Kit。分子量マーカー(M)には TrackIt 1 Kb Plus DNA Ladder を使用しました。

マウス腎臓 FFPE サンプルを使用して、市販のダイレクト PCR キットの標的増幅の収量および特異性を比較しました。

Platinum Direct PCR Universal Master Mix および他社のキットを使用した、FFPE サンプルからの 0.1 kb、0.2 kb、0.3 kb、0.5 kb および 1 kb のフラグメントの PCR 産物のゲル画像

図 31FFPE ブロックからの頑健な直接 DNA 増幅。溶解プロトコルにおいて、Platinum Direct PCR Universal Master Mix(左側パネル)は、マウス腎臓 FFPE スライド由来の幅広いサイズ範囲の DNA フラグメント(0.1 kb、0.2 kb、0.3 kb、0.5 kb および 1 kb)に関して高い特異性および収量を提供します。同一の標的の増幅を TaKaRa Terra PCR Direct FFPE Kit (A) を使用して繰り返しました。NTC はテンプレート不含コントロールを示し、分子量マーカー(M)には TrackIt 1 Kb Plus DNA Ladder を使用しました。FFPE DNA は切断されている場合が多く、サンプルの品質が低いため 0.3 kb より長いフラグメントの増幅が不可能な場合があることに留意する必要があります。

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