Chromatin Immunoprecipitation Sequencing by Ion Torrent Next-Generation Sequencing

クロマチン免疫沈降シーケンシング（ChIP-Seq）

正常な発達段階と疾患状態におけるさまざまな生物学的プロセスを理解するには、タンパク質と DNA の相互作用をゲノム規模で評価する必要があります。 タンパク質と DNA が相互作用している部位をクロマチン免疫沈降（ChIP）で分離した後、大規模並列 DNA シーケンシングを実施すると、目的のタンパク質に結合する DNA 部位を偏りなく同定および定量できます。 特に標的となるのは、遺伝子の制御に関わる DNA 領域やヌクレオソームの位置、エピジェネティックなメカニズム（ヒストン修飾に関与するクロマチン形成など）です。 また、細胞の分化や環境および薬物への反応、疾患状態でのこれらの反応の変化を解明するには、転写因子結合部位の特定が重要です。 さらに、転写におけるクロマチン状態の影響やエピゲノムと遺伝子制御ネットワークの動的相互作用を明らかにするには、クロマチンのエピジェネティック修飾への理解が必要不可欠です。

実証済みの技術を使用した ChIP-Seq

ChIP-Seq は、抗体を利用して DNA に直接結合するタンパク質や DNA 結合タンパク質複合体と相互作用するタンパク質を捕捉する in vivo アッセイです。 ChIP-Seq のワークフローは、生細胞をホルムアルデヒドで処理し、タンパク質を DNA にクロスリンクすることから始まります。続いて細胞を溶解し、クロマチンを断片化します。 目的のタンパク質に特異的な抗体を使用し、クロスリンクしたタンパク質と DNA の複合体を免疫沈降します。 その後、クロスリンクしたタンパク質-DNA 複合体を分離して DNA だけを精製し、フラグメント ライブラリを作成して大規模並列 DNA シーケンシングを実施します。 シーケンシング後は、読み取った配列をリファレンス配列にマッピングしてカウントし、タンパク質に結合した個々の DNA 領域を同定します。

ChIP-Seq 解析用ソリューション

ChIP-Seq は、クロマチンがどのように組織および制御されているか、またさまざまな生物学的プロセスや疾患により遺伝子の転写がどのように変化するかをゲノム規模で根本的に解明します。 お客様の研究現場で ChIP-Seq 解析を実現するため、次のソリューションをご検討ください。

• Ion Proton™ システムは、Ion PI™ チップを使用すると 1 回のランで 2 ～ 4 回の反応が可能です。また、Ion PII™ チップ*と組み合わせるとさらにマルチプレックス性能が向上します。
• MAGnify™ Chromatin Immunoprecipitation システムは、ChIP-Seq ライブラリの作成を約 5 時間に短縮します。
• Dynabeads® は、非特異的結合とバックグラウンド ノイズを低減するようデザインされ、最適化された磁気ビーズで DNA を精製し、再現性を高めます。
• ChIP-Seq の結果の信頼性を高めるには、高品質の特異的抗体を使用する必要があります。ライフテクノロジーズは、ChIP 用の幅広い抗体を提供します。

Ion Proton™ システムを MAGnify™ Chromatin Immunoprecipitation システムと組み合わせることで、迅速で信頼性の高い高品質 ChIP シーケンシングが低価格で実現します。

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本製品は研究用にのみ使用できます。 診断にはご使用になれません。