Ion GeneStudioシステムのモデル | Thermo Fisher Scientific

用途に適したシステムの選択

	Ion GeneStudio S5システム	Ion GeneStudio S5 Plusシステム	Ion GeneStudio S5 Primeシステム
最大スループット／日（チップタイプ）	15 Gb （Ion 540チップ1個）	30 Gb （Ion 540チップ2個）	50 Gb （Ion 550チップ2個）
最大スループットでのシーケンスおよび解析の合計所要時間	19時間（Ion 540チップ）	10時間（Ion 540チップ） 11.5時間（Ion 550チップ）	6.5時間（Ion 540チップ） 8.5時間（Ion 550チップ）
対応チップ	Ion 510、520、530、540チップ	Ion 510、520、530、540、550チップ

詳細なシステム仕様

柔軟性に優れたスループットとワークフローにより広範なNGSアプリケーションに対応

チップタイプ	リード数	リード長（アウトプット）†	Ion GeneStudio S5システム	Ion GeneStudio S5 Plusシステム	Ion GeneStudio S5 Primeシステム
チップタイプ	リード数	リード長（アウトプット）†	*ターンアラウンドタイム（シーケンスランおよび分析時間）**
Ion 510チップ	2～3M	200 bp（0.3～0.5 Gb）	4.5時間	3時間	3時間
Ion 510チップ	2～3M	400 bp（0.6～1 Gb）	10.5時間	5時間	5時間
Ion 520チップ	4～6M	200 bp（0.6～1 Gb）	7.5時間	3.5時間	3時間
	4～6M	400 bp（1.2～2 Gb）	12時間	5.5時間	5.5時間
	3～4M	600 bp（0.5～1.5 Gb）	12時間	5.5時間	5.5時間
Ion 530チップ	15～20M	200 bp（3～4 Gb）	10.5時間	5時間	4時間
	15～20M	400 bp （6～8 Gb）	21.5時間	8時間	6.5時間
	9～12M	600 bp（1.5～4.5 Gb）	21時間	8時間	7時間
Ion 540チップ	60～80M	200 bp（10～15 Gb）	19時間	10時間	6.5時間
Ion 540チップ	60～80M	200 bp（20～30 Gb）1日2ラン	N/A	20時間	10**時間
Ion 550チップ	100～130M	200 bp（20～25 Gb）	N/A	11.5時間	8.5時間
Ion 550チップ	100～130M	200 bp（40～50 Gb）1日2ラン	N/A	N/A	12**時間

† >99%のアライメント／測定精度が期待できるアウトプット。アウトプットはリード長とアプリケーションによって異なります。
* シーケンス実行時間は2.5～4時間。
** 最初ののランの解析は、2回目のシーケンスランと同時に実行。

適切なチップを選択可能

当社の主なパネルおよびアプリケーションの例	パネル概要	1ランあたりのサンプル数*
当社の主なパネルおよびアプリケーションの例	パネル概要	Ion 510チップ 2～3Mリード	Ion 520チップ 4～6Mリード	Ion 530チップ 15～2Mリード	Ion 540チップ 60～80Mリード	Ion 550チップ 100～130Mリード
がん研究
Ion AmpliSeq Cancer Hotspot Panel v2	10 ngのFFPE由来DNAからがんのホットスポットSNVを同定	4	8	26	84	NA
Oncomine Focus Assay	52の遺伝子から固形腫瘍に関連するSNV、indel、CNV、遺伝子融合を同定	4	8	26	NA	NA
Oncomine Comprehensive Assay v3	SNVとインデルのバイオマーカー探索と161遺伝子の全遺伝子シーケンスが可能	NA	NA	NA	8	16
Oncomine Lung cfDNA Assay	非小細胞肺がんに関連する遺伝子における希少な体細胞変異の検出	NA	NA	8	32	約60～64 µL
Oncomine Pan-Cancer Cell-Free Assay	複数のがんに関連した遺伝子における希少な体細胞変異の検出	NA	NA	1	4	7～8
Oncomine Immune Response Research Assay	免疫応答経路に関連する遺伝子の解析	NA	4	8	NA	NA
遺伝子発現解析
Ion AmpliSeq Transcriptome Human Gene Expression Kit	マウス遺伝子発現の網羅的解析	NA	NA	2	8	16
Ion AmpliSeq Transcriptome Mouse Gene Expression Kit	マウス遺伝子発現の網羅的解析	NA	NA	2	8	16
遺伝性疾患研究
Ion AmpliSeqエキソームRDYパネル	エキソーム全体における希少変異の探索	NA	NA	NA	2	4
Ion AmpliSeq薬理ゲノミクス研究用パネル（40遺伝子）	薬物代謝に関連する既知バリアントの解析	48	96	384	384	NA
Ion AmpliSeqオンデマンドパネル	遺伝性疾患関連遺伝子におけるバリアントの同定	最大384（パネル内の遺伝子数により異なる）
リプロダクティブヘルス研究
Ion ReproSeq PGSキット	DNA異数性を胚サンプルから同定	16	24	96	NA	NA
感染症研究
Ion AmpliSeq TB研究用パネル	結核菌（TB）の抗生剤耐性に関連するバリアントの同定	48	84	272	384	NA
Ion AmpliSeqエボラ研究用パネル	エボラウイルスの同定	48	84	272	384	NA
Ion 16Sメタゲノミクスキット	混合サンプル中の細菌種の同定	24	48	192	NA	NA
* 1ランまたはチップあたりのサンプル数は参考値です。必要なリード数およびカバレッジの深度に応じて、実際のサンプル数をロードしてください。チップあたりのライブラリ数を増やすと、ライブラリ間でリード数のバランスを取ることが難しくなりますので注意してください。またFFPE組織由来のライブラリは、結果の変動性を高める傾向にあります。まずは少ない数のライブラリを用いて、実際の限界を経験的に確認することをお勧めします。