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Ion Torrent 次世代シーケンスによるトランスクリプトーム解析
トランスクリプトームシーケンスとは？
トランスクリプトームシーケンス、または RNA シーケンス（RNA-Seq）は、ゲノムがどのように組織化され調節されているかといった基礎的な情報、たとえば、細胞の内部状態や、遺伝的変異体の発現変動が複雑な疾患にどのように寄与するかという価値ある情報を提供します。トランスクリプトームシーケンスは、次世代シーケンス（NGS）を用いた方法論およびテクニックによって実施されます。
弊社は、トランスクリプトーム解析のための二つの優れたオプションを提供します：
- 探索研究および 遺伝子発現 解析のための、全トランスクリプトームシーケンス、または RNA-Seq。融合遺伝子やスプライシングバリアントを含めた、既知および新規転写物の同定と定量のために、Ion GeneStudio S5 システムと Invitrogen RNA 精製キットおよび Ion Torrent ライブラリ作成キットを組み合わせてご使用ください。
- 遺伝子レベル発現解析のための Ion AmpliSeq Transcriptome ソリューション。従来の遺伝子発現解析に理想的な、Ion AmpliSeq Transcriptome Human Gene Expression キットは、高速かつ FFPE 適合のワークフローによって、わずか 10 ng の RNA インプット量から、20,000 を超える RefSeq 転写産物をターゲットにできます。
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遺伝子発現研究のための e-learning
Ion S5 システムと Ion Total RNA-Seq キットを用いたバイオマーカープロファイリングのためのエキソソーム miRNA シーケンス
Lesley Cheng 博士、ラ・トローブ大学
マイクロアレイ技術を超える RNA-Seq 手法の利点
- 向上した特異性と感度—融合転写産物や、その関連アイソフォームを含めたより多くの RNA 種を検出します
- 幅広いダイナミックレンジ—優れた読み取り深度により、典型的なマイクロアレイプラットフォームのようにシグナルを圧縮することなく、NGS アプローチによって生物学的に信頼性のある発現変化を検出します
- デジタル出力—NGS のリードカウントは遺伝子発現の絶対量を反映し存在量の少ない転写物の同定および特性解析を可能にします
- 既知および未知の転写物とバリアントを検出—NGS シーケンスカバレッジの非バイアス性は、ゲノムに関する事前の知識を必要としない、真にトランスクリプトームワイドなバイオマーカー探索を可能にします。
全トランスクリプトームシーケンスワークフローの概要
弊社は、遺伝子発現解析のための完全な RNA シーケンスソリューションを提供します。サンプル調製から解析までをサポートし、RNA シーケンスにおいてより多くの発見を可能にします。お客様の発見に対して、弊社の qPCR システムとその関連試薬による検証もサポートします。
弊社の全トランスクリプトーム RNA シーケンスワークフローは、お客様に以下を提供します。
- 迅速な結果
- ベンチトップシーケンサーによる、もっとも低いランニングコスト
- フレキシブルなスループット
- 合理化されたデータ解析
2ライブラリの
構築
構築
Ion Total RNA-Seq キット v2 は、わずか 100 ng のトータル RNA インプット量で可能な、高速かつシンプルなワークフローを提供し、ストランドの方向性を維持すると共に、バイアスやエラーを最小限に抑えます。
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4シーケンス
ラン
ラン
Ion GeneStudio S5 システムは、トランスクリプトームのための幅広い遺伝子パネルのシーケンスに理想的です。シーケンスのラン時間は 2.5 時間で、セットアップタイムはわずか 15 分です。
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5データ解析およびバリデーション
Torrent Suite ソフトウェアは、Partek Flow ソフトウェアパッケージなどのサードパーティーソフトウェアにアップロードできる、エクスポート可能な FASTQ または BAM フォーマットでシーケンスリードを提供します。
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トランスクリプトーム解析インフォマティクスソリューション
Ion Torrent 半導体シーケンスは、シンプルで統合されたラボワークフローを、生物学的に重要な転写物の迅速な同定、特性解析、そしてレポートのための Torrent Suite ソフトウェアやサードパーティーソリューションと組み合わせも可能です。
Torrent Suite ソフトウェア は、最適化されたシグナルの処理、ベースコーリング、トランスクリプトーム解析、シーケンスアライメント、そしてバリアント解析などを含むインフォマティブな結果を、生データから生成するツールを提供します。ラン後のシーケンスデータは、シンプルな右クリックによってダウンロード可能です。シーケンスランレポートは、拡張可能な解析プロットや、重要な結果をまとめた分かりやすい表などと共に閲覧でき、シーケンスランが高品質であるかを簡単に確認できます。
Partek™ Flow™ ソフトウェアパッケージなどのサードパーティーソフトウェアに含まれるトランスクリプトーム専用ワークフローでは、リードアライメント、転写物の含量測定、そしてマルチサンプルによる遺伝子発現変動の解析などが可能です。また、品質管理メトリクスやインタラクティブなデータのビジュアル化なども提供されます。
For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.