RNA シーケンシング

遺伝子の損傷、外的刺激、環境変化に対する細胞応答を理解するには、遺伝子発現の変化を解析することが基本となります。ですから RNA 発現パターンは、ヒトの疾患を予測・分類するための特別なバイオマーカーのソースとなり得ます。これまではタンパク質をコードする RNA（いわゆる poli- A+ RNA）に注目が集まっていましたが、ノンコーディング RNA 配列の重要性も十分に立証されてきました。次世代 RNA シーケンシングは RNA 研究用の強力なプラットフォームであり、以下のような利点があります。

  • RNA 分子の「デジタル計数」により、高度に定量的で正確な測定が可能
  • 関連ある生物学的変化を十分に捉える幅広いダイナミックレンジ
  • 未知の RNA の発見（新規転写物、スプライス変異、融合遺伝子）
  • 単一のアッセイですべての種類の RNA（poli- A+、長鎖ノンコーディング RNA、smallRNA、融合遺伝子）を解析
  • 全トランスクリプトーム解析から、事前に選択した少数の RNA 配列まで、ターゲットスケールを自由に変更でき、実験コストや解析のしやすさと発見への可能性のバランスを取ることができます。
関連製品

Ion Torrent NGS テクノロジーを使用する RNA シーケンシング

ターゲット遺伝子の発現解析から全トランスクリプトームシーケンシングにいたるまで、Ion Torrent™ システムは、シンプルなサンプル調製と直感的なデータ解析を組み合わせて包括的な RNA シーケンシングソリューションを提供します。

RNA シーケンシングの対極

ターゲット RNA シーケンシング

デザイン済みの遺伝子パネルから選択するだけでなく、独自パネルもデザインできるので、トランスクリプトーム解析のフォローアップだけでなく、特有のパスウェイや疾患に関する遺伝子発現に焦点を合わせることもできる完璧なソリューションとなります。

ターゲットトランスクリプトームシーケンシング
20,000 種以上の既知遺伝子をターゲットにするシーケンシングアプローチであり、これにより大幅に解析を簡素化できれば、全トランスクリプトームシーケンシングの優れた代替え法となります。

  small RNA シーケンシング
最新の Invitrogen™ RNA 技術と全トランスクリプトームシーケンシングアプローチを組み合わせることで、細胞内の smallRNA 発現量を解析できます。

全トランスクリプトームシーケンシング
RNAseq とも呼ばれるこのアプローチは、発見への大きな可能性を有すると同時に、バイオインフォマティクスへの課題があります。

ストランド特異的なホールトランスクリプトーム解析により、既知および新規の転写物の識別と定量化が可能です。Ion S5™ システムと共にInvitrogen RNA 精製キットおよび Ion Torrent ライブラリ作製キットを使うことで、全トランスクリプトームシーケンシングに適した、シンプルなサンプル調製と直感的なデータ解析を組み合わせた信頼性の高いシーケンシングワークフローが可能になります。

全トランスクリプトームシーケンシングは発見には適していますが、従来の遺伝子発現アッセイよりも非常に複雑です。Ion AmpliSeq™ Transcriptome ソリューションは、マイクロアレイ法よりも線形的定量のダイナミックレンジが広く、しかもサンプル調製とデータ解析をシンプルに保ちながら、次世代シーケンシング（NGS）のスピードと感度の向上が可能です。ホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）サンプルでも、わずか 10 ng 程度の RNA サンプルから 20,000 種以上の RefSeq 転写物に対するシーケンシングと簡便なデータ解析ワークフローにより、遺伝子レベルの発現をシンプルに解析できます。

Ion PGM および Ion S5 システムは、既知および新規の small RNA 転写物（microRNA（miRNA）、short interfering RNA（siRNA）、piwi-interacting RNA（piRNA）など）を、ストランド特異的にシーケンシング解析します。

ターゲット RNA シーケンシングは、トランスクリプトーム研究の推進に手頃なソリューションであり、パスウェイや疾患関連の遺伝子発現に絞った解析にも迅速に対応します。ごく少量のトータル RNA から（わずか 500 pg の非固定 RNA、または FFPE サンプルから単離された 5 ng の RNA でも可）、少数、数百、あるいは数千の RNA ターゲットをシンプルな NGS ベースのワークフローで解析でき、メッセンジャー RNA（mRNA）、ノンコーディング RNA（ncRNA）、small RNA、融合遺伝子をモニタリングできます。

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For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.