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遺伝子発現およびトランスクリプトーム解析のためのターゲット RNA シーケンス
Ion AmpliSeq RNA パネルによる迅速で簡便な遺伝子発現解析手法
アノテーションされた 20,000 以上の RefSeq 遺伝子からターゲットを選択できる Ion AmpliSeq RNA パネルとトランスクリプトームパネルは、融合検出、感度と特異性の高いハイスループットな遺伝子発現解析を実現します。これらのパネルはIon GeneStudio S5 と Ion Chef Systems のシンプルで迅速なシーケンスワークフローの利点を生かして簡単に実施することができ、全トランスクリプトームシーケンシングシーケンスよりもシンプルでコストパフォーマンスの優れた手法です。
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ターゲット次世代シーケンス（NGS）は、従来のマイクロアレイ解析と比べて、より幅広い発現定量のダイナミックレンジと、より高感度な転写物の検出を可能にします。Ion AmpliSeq RNA パネルとトランスクリプトームパネルは、Ion AmpliSeq テクノロジーに基づいており、一本のチューブ内で同時に数千のターゲットを増幅でき、微量のインプット RNA 必要量（非固定 RNA でわずか 500 pg）で実施可能であり、FFPE サンプルにも対応（わずか 5 ng）し、卓越したデータクオリティとスループットに合わせた柔軟性を持ちあわせます。さらに、ターゲット RNA シーケンスは、腫瘍形成される初期段階で重要な染色体リアレンジメントによる融合転写物の検出にも使用できます。
Ready-to-use パネル
Ion AmpliSeq Transcriptome Human and Mouse Gene Expression Kits
Ion AmpliSeq Transcriptome Human Gene Expression Kit および Ion AmpliSeq Transcriptome Mouse Gene Expression Kit は、網羅的遺伝子発現解析のためのツールです。Ion AmpliSeq Transcriptome Kitは、1 チューブの反応で 20,000 を超えるヒトまたはマウスの RefSeq に含まれる転写産物をターゲットとしており、また、FFPE サンプルにも対応しています。既存のダウンストリーム解析であるマイクロアレイや次世代シーケンス（NGS）解析パイプラインに適合し、高速で簡単なデータ解釈が可能な優れたソリューションです。
Ion AmpliSeq RNA Fusion Lung Cancer Research Panel
OncoNetwork コンソーシアムからの提案によって開発された Ion AmpliSeq RNA Fusion Lung Cancer Research Panel は、わずか 10 ng の FFPE RNA から、融合ドライバー遺伝子における発現不均衡の検出が可能です。パネルは、 ALK、 RET、 ROS1、そして NTRK を含む融合転写産物をターゲットとしたシングルプールのプライマーセットです。
Ion AmpliSeq RNA カスタムパネルのデザイン
弊社のアッセイデザインパイプラインにダイレクトに接続された無償のオンラインアッセイデザインツールである Ion AmpliSeq Designer により、簡単にカスタムパネルを作成および注文できます。カスタム RNA パネルの作成は、目的のターゲットを簡単に選択や入力でき、網羅される Accession ID の転写産物をオンラインで確認できます。次に、弊社にてカスタム RNA パネルをデザインします。作成された後は、専用のカスタム Ion AmpliSeq パネルをオーダーするだけです。10 年以上におよぶ Applied Biosystems Custom TaqMan Assay デザインパイプラインに裏打ちされた実績により、Ion AmpliSeq Designer ツールは、最適化されたプライマー設計をわずか数分で作成できます。1 チューブの反応で、特定の疾患状態や生物学的パスウェイに関連した 12 から 1,200 までのヒト遺伝子をターゲットとしたパネルを自由にデザインでき、興味ある遺伝子の解析に対して柔軟に対応できます。各デザインは GC 含量を考慮し、繰り返し配列や SNPs をフィルタリングします。RefSeq のような標準的なデータベースに掲載されている複数の転写産物に及ぶアイソフォームを持った遺伝子においては、最も多くの転写産物数を反映するようターゲットのエクソンを選択します。
プレデザインされたカスタムパネル
プレデザインされた Ion AmpliSeq パネルは、Ion AmpliSeq Transcriptome Human Gene Expression Panel を通じて評価された実績のあるアンプリコンのデザインを採用しています。これらのコンテンツは、著名な研究者による論文やさまざまなデータベースを参照した選りすぐりの遺伝子リストを含みます。これらはカスタマイズ可能であり、遺伝子の追加や削除によってアンプリコンリストをアップデートできます。
プレデザインパネルのコンテンツは、 AmpliSeq.com で閲覧でき、カスタマイズや注文ができます。
プレデザイン Ion AmpliSeq パネル：
- Ion AmpliSeq RNA MAPK Pathway Research Panel
- Ion AmpliSeq RNA WNT Signaling Pathway Research Panel
- Ion AmpliSeq RNA Human Oncology Pathway Research Panel
- Ion AmpliSeq RNA Breast Cancer Research Panel
- Ion AmpliSeq RNA Pancreatic Adenocarcinoma Research Panel
- Ion AmpliSeq RNA Stem Cell Research Panel
- Ion AmpliSeq RNA Inflammation Response Research Panel
- Ion AmpliSeq Long Non-coding RNA Research Panel
Ion GeneStudio S5 または Ion PGM システムのためのターゲット RNA シーケンスワークフロー
ready-to-use 遺伝子パネルまたは独自にデザインしたカスタムパネルを選択します
1 本のチューブでターゲット増幅
Ion Chef システムによる等温増幅
Ion Chef システムに関する詳細はこちら ›
Ion GeneStudio S5 システム、 Ion PGM システムによるシーケンス
Ion PGM 、 Ion GeneStudio S5 システムに関する詳細はこちら ›
Torrent Suite ソフトウェアおよびサードパーティーソフトウェア（より詳細な解析用）によるデータ解析
ready-to-use 遺伝子パネルまたは独自にデザインしたカスタムパネルを選択します
1 本のチューブでターゲット増幅
Ion Chef システムによる等温増幅
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Ion GeneStudio S5 システム、 Ion PGM システムによるシーケンス
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Torrent Suite ソフトウェアおよびサードパーティーソフトウェア（より詳細な解析用）によるデータ解析
ターゲット RNA シーケンスのインフォマティクスソリューション
Torrent Suite ソフトウェアは、ターゲットシーケンスワークフローを実施するために必要なすべての実験プランとデータ処理ステップをコーディネートします。新製品のラン設定用テンプレートは、ターゲットRNAシーケンスランのシンプルで迅速な設定を可能にします。わずか数時間で、Ion PGM または Ion GeneStudio S5 シーケンサで生データが作成され、ベースコーリングのために Torrent Server に転送されます。その後、AmpliSeqRNA プラグインによってデジタルカウンティングが実施され、ノーマライズされた転写物のカウントがスプレッドシートファイルにレポートされ、ディファレンシャルな発現解析を行う他のソフトウェアパッケージへのデータインポートが可能になります。
TaqMan アッセイとの優れた相関
Universal human reference (UHR) RNA および human brain reference (HBR) RNA コントロールサンプルを、Ion AmpliSeq RNA Cancer Research Panel に含まれるそれぞれ 50 遺伝子に関する変化の比較に使用し、同じ遺伝子を TaqMan Gene Expression アッセイで解析したデータと比較しました。0.989 の相関係数が示されました。これらの結果は、Ion AmpliSeq RNA ワークフローで得られた遺伝子発現解析のデータが正確であることを示しています。
*Ion AmpliSeq™ RNA Apoptosis Panel において推奨とされる 1 枚の Ion 318™ Chip あたり、4 ～ 6 ライブラリを混合しています
**ここに示された内容は、公式にリリースされていない製品に関するものであり、予告なく変更する可能性があります。
For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.