次世代シークエンサーで測定を行うDNAの断片化を評価するTaqMan® Assay

【Vol.4】 次世代シークエンサーで測定を行うDNAの断片化を評価するTaqMan® Assay

大滝真作*1、草野順子*2、渡邊学*2、林義治*2、白神博*）

（*1 ライフテクノロジーズジャパン株式会社フィールドアプリケーションサイエンティスト、*2 ライフテクノロジーズジャパン株式会社サイエンティフィックアフェアーズ）

近年、次世代シークエンサーであるIon Torrent™ PGMシステムを活用し、がん遺伝子の網羅的な変異を解析するIonAmpliSeq™ Cancer Hot Spot Panel v2が注目されている。この解析ではFormalinFixed Paraf fin Embedded (FFPE)サンプルから抽出したDNA を対象としている。しかし、ホルマリン固定によって高度に断片化されたDNA サンプルはPCR 増幅が不良となり、解析が上手くいかないケースがある。そのため断片化の評価方法が必要となるが、現行法では問題が多い。そこでリアルタイム PCRを活用した、微量DNAの断片化評価と定量実験系を構築したので報告する。