Application note: 半導体シーケンサIon PGM™システムを用いた草本モデル植物 Brachypodium distachyon のtotalRNA 解析について

Application note vol.7

バイオマスモデル植物に関する基盤研究を総合的に推進するために、モデル草本植物Brachypodium distachyon（B. distachyon, ブラキポディウム）を扱い、完全長cDNA の網羅的解析や、トランスクリプトームやメタボローム解析、データベース基盤の整備等を進めている。これまでB. distachyon のゲノム情報の収集は、大型の次世代シーケンサを中心に進められてきたが、今後、バイオマス特性に関わる有用遺伝子の探索や、遺伝子機能の解明など、よりフォーカスした研究を加速する必要がある。そこで網羅的な遺伝子発現解析のためのシーケンシングプラットホームとして、大型次世代シーケンサとパーソナルタイプの半導体シーケンサ（IonPGM™システム）での網羅的RNA 発現解析を比較した。Read More

Date Posted: 05/24/13

Application note: 臨床腫瘍組織をレーザーマイクロダイセクションと次世代シーケンサで攻略～腫瘍のHeterogeneity 攻略に向けて～

Application note vol.6

腫瘍の発生・進展はゲノム異常の蓄積であり、ゲノム不安定性によってその集団は均一な集団からより複雑で多様な細胞集団へ変化する。つまり、腫瘍組織はHeterogeneityな状態であり、多くの異質な細胞集団から抽出されたゲノム群の「平均値」を観察しているだけでは、正確な研究は困難である。Read More

Date Posted: 03/28/13

Application note: DNA 断片化が次世代シークエンサーのデータに与える影響について

Application note vol.5

断片化の度合いが異なるDNA サンプルを用いてDNA 断片化がIon PGM™ システムのIon AmpliSeq™データ品質に与える影響を評価した。IonAmpliSeq™ Cancer Hotspot Panel v2 を用いて解析した結果、断片化が進んでいるDNA サンプルほどデータ品質が低く、ノイズ成分が多かった。断片化が進んでいるサンプルは解析ができても低頻度のvariant を検出することが難しい可能性がある。したがって、Ion AmpliSeq™解析を行う場合はサンプルDNA の断片化を事前に評価することが重要となる。Read More

Date Posted: 03/27/13

Application note: 次世代シークエンサーで測定を行うDNAの断片化を評価するTaqMan® Assay

Application note vol.4

近年、次世代シークエンサーであるIon Torrent™ PGMシステムを活用し、がん遺伝子の網羅的な変異を解析するIonAmpliSeq™ Cancer Hot Spot Panel v2が注目されている。この解析ではFormalinFixed Paraf fin Embedded (FFPE)サンプルから抽出したDNA を対象としている。しかし、ホルマリン固定によって高度に断片化されたDNA サンプルはPCR 増幅が不良となり、解析が上手くいかないケースがある。そのため断片化の評価方法が必要となるが、現行法では問題が多い。そこでリアルタイム PCRを活用した、微量DNAの断片化評価と定量実験系を構築したので報告する。Read More

Date Posted: 03/26/13

Application note: Neon™ Transfection Systemによる新しいナノバイオの展開-簡便なナノ粒子の細胞内導入方法と応用

Application note vol.3

理化学研究所・佐甲細胞情報研究室の白燦基氏は、近年著しく発展しているナノ粒子製作技術に注目し、その中でも細胞毒性の少ない蛍光シリカナノ粒子を蛍光プローブとして細胞内に導入し細胞内おけるナノ粒子の拡散動態と細胞内微環境を定量的に解析する基礎研究を行っている。Read More

Date Posted: 03/25/13

Application note: 半導体シーケンサによる分泌型miRNAの網羅的定量解析　-血清サンプルから簡便・迅速・安価な解析を実現

Application note vol.2

血中に存在する分泌型マイクロRNA（miRNA）を疾患バイオマーカーとして利用するための基礎研究として、半導体シーケンサIon PGM™ システムで成人男性の血中miRNAの定量を行った。血清2ｍｌから市販のキットでsmallRNAを抽出し、シーケンサで解析したところ、20bp付近をピークにヒトゲノムにマップされる38万タグのリードが得られた。そのうちの69%は、miRBaseに登録済みの既知のmiRNA配列であり、全部で449種類だった。シーケンスをカウントして発現定量を行ったが、ハイブリダイゼーションを基本とする従来法のマイクロアレイとは異なり、確証的な結果が得られると考えられる。今後、血中の新たなバイオマーカー検索に有望な手法になることが期待される。Read More

Date Posted: 10/05/12

Application note: Tali™ イメージベースサイトメーターを用いたウイルスベクター力価計測

Application note vol.1

岩手大学工学部応用化学・生命工学科・富田研究室の菅野 江里子氏は、ウイルスベクターを使用した遺伝子導入を行っている。菅野氏は、ウイルスの精製は煩雑であり、ウイルス力価のチェックは研究を進める上で一つのボトルネックになりうると指摘する。このアプリケーションノートでは、ウイルスの力価測定についてTali™ イメージベースサイトメーターと従来法であるELISA法とを比較検討していた。その結果、「Tali™ イメージベースサイトメーターは、非常に迅速かつ簡便にウイルス力価を測定でき、しかも、擬陽性カウントを排除したより正確な測定を行うことができた」と述べている。 Read More

Date Posted: 10/04/12