DNA 断片化が次世代シークエンサーのデータに与える影響について

【Vol.5】 DNA 断片化が次世代シークエンサーのデータに与える影響について

大滝真作*1、草野順子*2、渡邊学*2、林義治*2、白神博*1

（*1 ライフテクノロジーズジャパン株式会社フィールドアプリケーションサイエンティスト、*2 ライフテクノロジーズジャパン株式会社サイエンティフィックアフェアーズ）

断片化の度合いが異なるDNA サンプルを用いてDNA 断片化がIon PGM™ システムのIon AmpliSeq™データ品質に与える影響を評価した。IonAmpliSeq™ Cancer Hotspot Panel v2 を用いて解析した結果、断片化が進んでいるDNA サンプルほどデータ品質が低く、ノイズ成分が多かった。断片化が進んでいるサンプルは解析ができても低頻度のvariant を検出することが難しい可能性がある。したがって、Ion AmpliSeq™解析を行う場合はサンプルDNA の断片化を事前に評価することが重要となる。