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エピジェネティックス研究によるがんの診断および治療法の開発 ～ChIP解析：未知領域へのアクセス～
札幌医科大学
内科学第一講座
鈴木 拓 先生
「医学研究における次世代シーケンサの有用性とはどのような点にあるでしょうか？」
私たちはこれまで、癌のDNAメチル化異常を通して多くの癌関連遺伝子を同定してきました。エピジェネティクス異常は癌治療の重要な標的でもあり、エピジェネティクス異常をゲノムワイドに解析することが今後ますます重要となります。癌エピゲノム解析のために次世代シーケンサは必須のツールであると考えました。
「次世代シーケンサによりどのような事が明らかになったのでしょうか？」
癌細胞と、DNA脱メチル化処理した癌細胞のヒストン修飾（ヒストンH3K4トリメチル化）を比較しました。このデータから、多数の遺伝子転写開始点が明らかとなり、癌においてエピジェネティックな制御を受ける新規遺伝子およびnon-coding RNAを同定する上で有用なデータが多数得られました。
「次世代シーケンサ（SOLiD™ システム）の導入にあたって苦労された点はございますか？」
実験そのものはそれほど苦労せずに成功しましたが、膨大なシークエンスデータを解析するのに苦労しました。今後、プログラミングやバイオインフォマティクスに詳しくない研究者にも使えるツールが開発されることを望みます。
「マイクロアレイを研究に利用されている方もいらっしゃいますね？」
私たちはSOLiD™ システムのデータを用いて、癌においてエピジェネティックに不活化されるmicroRNA遺伝子の同定を試みました。脱メチル化処理後のヒストンメチル化を指標にmicorRNA遺伝子の転写開始点を推測しましたが、マイクロアレイではカバーしきれない領域のデータも得られる点が次世代のシーケンサの一番の恩恵でした。
「今後次世代シーケンサの導入を検討されているお客様にアドバイスはございますか？」
次世代シーケンサを用いた研究には、実験を担当する人材とデータ解析を担当する人材の両者が必須です。解析を進める上で研究者とデータ解析担当者の意志疎通も重要で、そのためにも研究目的やデザインを当初から明確にしておかなくてはならないと思います。
先生貴重なご意見をありがとうございました。
（インタビュアー：バイオインフォマティクスサイエンティスト 戸崎 浩和）
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