Strings DNA Fragments合成サービス

*製造時間は、弊社の製造施設でGeneArt Strings DNA製品を合成するために必要な営業日数です。配送時間は生産時間に加えて、出荷先によって異なります。

コロニーPCRにより同定された正しい長さのクローンの割合（クローニング効率）、および全長クローン数に基づく正しい配列のクローン数の割合（フィデリティ）。

適切な配列末端（AarI認識配列、および6 bpスタッファーヌクレオチド）を有する2,800 bpまでの異なる長さのStrings DNA Fragments 8個を使用して、GeneArt Type IIs Assembly Kit, Aar Iにより直接構築しました。その結果、それぞれ5,056 bp、5,061 bp、5,267 bp、および5,448 bpの4遺伝子が得られました。ライゲーションおよび形質転換後に細菌をプレートに播種し、37℃で一晩インキュベートしました。16コロニーを選択し、コロニーPCRを行い、全長クローンを同定しました。得られた4つの遺伝子すべてに関して、8コロニーのシーケンシングを行い、正しい配列のクローン数を同定しました。

最長3,000 bpのStrings DNA Fragments 10個をGeneArt Seamless Cloning and Assembly Kitを使用してクローニングしました。ライゲーションおよび形質転換後に細菌をプレートに播種し、37℃で一晩インキュベートしました。8（1 kb 未満）または16（1 kb超）のコロニーを選択し、コロニーPCRを行い全長クローンを同定しました。4～8の全長クローンのシーケンシングを行い正しい配列のクローン数を同定しました。

Strings DNA Fragmentsは最長3,000 bpの長さで提供されますが、GeneArt Seamless assembly技術を使用すると、サブフラグメントの事前クローニングを行うことなく、最長1 kbのStrings DNA Fragments 2つを直接アセンブルできます。

シームレスアセンブリ技術を使用して、より多くのStrings DNA Fragmentsまたはより長いStrings DNA Fragmentsをアセンブルする場合は、サブフラグメントの予備クローニングを行い、アセンブル後に正しいクローンを見つけるために必要なスクリーニングの労力を低減させることを推奨します。あるいは、GeneArt Type IIs assembly技術を使用することも可能です。

attB部位を有する最長1,000 bpの5つのStrings DNA FragmentsをpDONR 221にクローニングしました。ライゲーションおよび形質転換後に細菌をプレートに播種し、37℃で一晩インキュベートしました。8コロニーを選択し、コロニーPCRを行い全長クローンを同定しました。4～7の全長クローンのシーケンシングを行い、正しい配列のクローン数を同定しました。

Strings DNA製品は、デザインに適切な末端が含まれていれば、利用可能なあらゆるクローニング法を使用してクローニングできます。GeneArt Servicesダッシュボードにシーケンスをアップロードする前にエンドシーケンスを追加することも、インポート後に追加することもできます。

Strings DNA FragmentsはアセンブルされたオリゴヌクレオチドのPCRアンプリコンであり、正しいクローンを同定するためのスクリーニングがすぐにできる状態になっています。お客様が希望する配列がフラグメントプールに確実に含まれるようにするために、Strings DNA Fragmentsは品質管理工程の一環としてバルク配列管理が行われています。

正しいクローンを>90%の時間で同定するには、以下のスクリーニングガイドラインを使用することをお勧めします。

GeneArt Strings DNA Fragmentsは、オーダーメードのクローニングされていない直線状二本鎖 DNA フラグメントで、200 ～ 3,000 bpの長さがあります。GeneArt高品質遺伝子合成用に開発された工程と同じ工程を用いて、合成オリゴヌクレオチドから構築されています。Strings Fragmentsは、必要な遺伝子の迅速なクローニングに使用できます。200 ng以上のStrings DNA Fragmentsを3～5営業日（1,000 bpまで）または8営業日（1,000～3,000 bp）以内に生産できます。GeneArt Strings DNA Fragmentsは、オンラインでデザイン、最適化およびご注文が可能で、発現プラスミドのクローニングよりも費用効率の高いスマートな選択肢です。

以前は100～199 bpのStrings DNA Fragmentsも提供していましたが、現在は提供しておりません。

Strings Fragmentsはオリゴヌクレオチドから構築されたアンプリコン（PCR増幅物）であり、遺伝子合成生産工程の中間製品です。この工程によりフラグメントのプールが作成され、正しいクローンを同定するためにクローニングおよびスクリーニングを行う必要があります。プール内に正しいフラグメントが含まれていることを確認するために、Strings Fragmentsは発送前にバルクシーケンス管理されています。

Strings DNA Fragmentsは乾燥品として提供され、再懸濁とスクリーニングがすぐにできます。使用前にチューブの内容物を遠沈させ、必要な濃度になるようにチューブの底部に水を添加し、室温で1時間以上（または4℃で一晩）インキュベートします。続いて、注意深く再懸濁させて直ちに使用します。長期保存する場合には、再懸濁させたStrings DNA製品を分注し –20℃で凍結させます。凍結融解のサイクルを繰り返さないでください。

いいえ。200～1,000 bpのStrings DNA Fragmentsは5営業日、1,000～3,000 bpのStrings DNA Fragmentsは8営業日でそれぞれ製造されます。配列の性質により、合成日数が異なります。

はい。最終遺伝子を入手するためにはクローニングを行う必要があるため、Strings DNA Fragmentsは常に遺伝子合成よりも安価です。

はい。ご注文には、お客様のニーズに合わせて配列を調整するための無料遺伝子編集および最適化機能を使用できるGeneArt Webオーダーポータルの使用を推奨します。編集および最適化を行った後、フラグメントの最終配列がお客様のラボにおけるその後の工程に必要な配列と完全に一致することを再度確認してください（例えば、フラグメントまたは切断部位とクローニングに必要な付加配列との相同オーバーラップの可能性）。

いいえ。Strings DNA Fragmentsは、遺伝子への最も迅速で最も低価格なアクセスを提供する目的でデザインされているため、サブクローニングおよびアセンブリーのサービスは提供していません。ご自身でクローニングを行いたくない場合には、全遺伝子合成サービスをご注文いただくことを推奨します。

はい。予備クローニングなしで、2つのStringsフラグメントを直接アセンブルすることが可能です。サーモフィッシャーサイエンティフィックでは、GeneArt Type IIs AssemblyおよびGeneArt Seamlessクローニングおよびアセンブリーを含む、シームレスアセンブリーのための技術をいくつか提供しています。詳細に関しては、本ページのアプリケーション例のセクションをご参照ください。アセンブルしたいサブフラグメントの配列長および数に応じて、正しいクローンを見つけ出すためのスクリーニングへの労力が大きくなる可能性があります。このため、弊社では一般的にサブフラグメントの予備クローニング行い、アセンブル後に正しいクローンを見つけ出すためのクローニング労力を低減させることを推奨します。

いいえ。Strings DNA Fragmentsは150～3,000 bpに限られます。配列がこれより長い場合には、遺伝子合成として注文するか、2つ以上のStrings DNA Fragmentsから遺伝子をアセンブルする必要があります。さらに、Strings DNA Fragmentsは生産工程を簡略化することで、非常に迅速かつ高い費用効率で遺伝子製品を提供することが可能となっています。配列が複雑な場合には、複雑性の高さが原因でStrings DNA Fragmentsとして生産することが不可能であることを通知するメッセージが送信されます。その場合には、生産基準（下記参照）に合うように配列を変更するか、遺伝子合成としてご注文ください。多くの場合、ポータル機能を使用して配列を最適化することで、Strings Fragments工程による生産が可能となります。それでも生産が不可能な場合には、手動で配列を編集して生産を可能にすることもできます。

重要な生産基準：

• GC含量は20%～80%（ピーク中、総量ではない）
• 長い二次構造または配列の繰り返しを含まない
• 25 bp超のA/Tストレッチおよび20 bp超のG/Cストレッチを含まない