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図 1:HiCEP ワークフロー、クリックして拡大

HiCEP は、増幅フラグメント長多型(AFLP)にもとづく遺伝子発現プロファイリング法です。コーディングおよびノンコーディングの転写産物を検出することができ、配列情報をあらかじめ必要とせず、擬陽性率が低減された感度の高い手法です。

全トランスクリプトーム発現プロファイリングには、これまでハイブリダイゼーションベースのマイクロアレイが使用されていました。 しかしマイクロアレイ法は、感度や特異度、ダイナミック レンジの面で劣っている上、あらかじめ配列情報が必要といったさまざまな限界がありました。 そこで、遺伝子発現プロファイリングにおけるこれらの欠点を克服し、既知/未知の遺伝子の転写産物を擬陽性率の低い手法で幅広く高感度検出するため、HiCEP 法を開発しました。

HiCEP 法の手順

PCR キット

目的とする DNA の領域を増幅します。

推奨製品:

フラグメント解析のサイジング グラフ画像

PCR 産物のサンプルをサイズ スタンダードと Hi-Di Formamide の混合液に加え、熱変性して電気泳動します。

推奨製品: 解析サンプルの調製

サイズ情報

サイジング実験に使用する GeneScan サイズ スタンダードの詳細については、次の表をご覧ください。

DNA フラグメントの標識サイズ スタンダードを標識する蛍光色素推奨サイズ スタンダード使用可能なアプリケーションその他のキットと製品
dR110、dR6G、dTAMRA™、dROX(Dye Set DS-02 - Filter E5)LIZ®
SNaPshot®
マイクロサテライト、LOH、キメリズム、ISSR、RFLP、T-RFLP、MSMSA
5-FAM™、HEX™、NED™(Dye Set DS-30 - Filter D)ROX™GeneScan™ 500 ROX™ Size Standardカスタム フラグメント解析カスタム プライマー
6-FAM™、VIC®、NED™(Dye Set DS-31 - Filter D**)ROX™GeneScan™ 500 ROX™ Size Standard

カスタム フラグメント解析

カスタム プライマー
5-FAM™、JOE、NED™(Dye Set DS-32 - Filter F)ROX™GeneScan™ 500 ROX™ Size Standard
マイクロサテライト(法医学)
AFLP
6-FAM™、VIC®、NED™、PET®(Dye Set DS-33 - Filter G5)LIZ®GeneScan™ 600 LIZ Size Standard v2.0
マイクロサテライト(法医学)
病原菌検出
カスタム フラグメント解析

HiCEP プロファイルを解析します。

お客様に最適なデータ解析ソフトウェアとは?

フラグメント解析のサイジング グラフ画像

PCR 産物のサンプルをサイズ スタンダードと Hi-Di Formamide の混合液に加え、熱変性して電気泳動します。

推奨製品: 解析サンプルの調製

サイズ情報

サイジング実験に使用する GeneScan サイズ スタンダードの詳細については、次の表をご覧ください。

DNA フラグメントの標識サイズ スタンダードを標識する蛍光色素推奨サイズ スタンダード使用可能なアプリケーションその他のキットと製品
dR110、dR6G、dTAMRA™、dROX(Dye Set DS-02 - Filter E5)LIZ®
SNaPshot®
マイクロサテライト、LOH、キメリズム、ISSR、RFLP、T-RFLP、MSMSA
5-FAM™、HEX™、NED™(Dye Set DS-30 - Filter D)ROX™GeneScan™ 500 ROX™ Size Standardカスタム フラグメント解析カスタム プライマー
6-FAM™、VIC®、NED™(Dye Set DS-31 - Filter D**)ROX™GeneScan™ 500 ROX™ Size Standard

カスタム フラグメント解析

カスタム プライマー
5-FAM™、JOE、NED™(Dye Set DS-32 - Filter F)ROX™GeneScan™ 500 ROX™ Size Standard
マイクロサテライト(法医学)
AFLP
6-FAM™、VIC®、NED™、PET®(Dye Set DS-33 - Filter G5)LIZ®GeneScan™ 600 LIZ Size Standard v2.0
マイクロサテライト(法医学)
病原菌検出
カスタム フラグメント解析

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PCR キット

目的とする DNA の領域を増幅します。

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サイジング実験に使用する GeneScan サイズ スタンダードの詳細については、次の表をご覧ください。

DNA フラグメントの標識サイズ スタンダードを標識する蛍光色素推奨サイズ スタンダード使用可能なアプリケーションその他のキットと製品
dR110、dR6G、dTAMRA™、dROX(Dye Set DS-02 - Filter E5)LIZ®
SNaPshot®
マイクロサテライト、LOH、キメリズム、ISSR、RFLP、T-RFLP、MSMSA
5-FAM™、HEX™、NED™(Dye Set DS-30 - Filter D)ROX™GeneScan™ 500 ROX™ Size Standardカスタム フラグメント解析カスタム プライマー
6-FAM™、VIC®、NED™(Dye Set DS-31 - Filter D**)ROX™GeneScan™ 500 ROX™ Size Standard

カスタム フラグメント解析

カスタム プライマー
5-FAM™、JOE、NED™(Dye Set DS-32 - Filter F)ROX™GeneScan™ 500 ROX™ Size Standard
マイクロサテライト(法医学)
AFLP
6-FAM™、VIC®、NED™、PET®(Dye Set DS-33 - Filter G5)LIZ®GeneScan™ 600 LIZ Size Standard v2.0
マイクロサテライト(法医学)
病原菌検出
カスタム フラグメント解析

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PCR 産物のサンプルをサイズ スタンダードと Hi-Di Formamide の混合液に加え、熱変性して電気泳動します。

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サイジング実験に使用する GeneScan サイズ スタンダードの詳細については、次の表をご覧ください。

DNA フラグメントの標識サイズ スタンダードを標識する蛍光色素推奨サイズ スタンダード使用可能なアプリケーションその他のキットと製品
dR110、dR6G、dTAMRA™、dROX(Dye Set DS-02 - Filter E5)LIZ®
SNaPshot®
マイクロサテライト、LOH、キメリズム、ISSR、RFLP、T-RFLP、MSMSA
5-FAM™、HEX™、NED™(Dye Set DS-30 - Filter D)ROX™GeneScan™ 500 ROX™ Size Standardカスタム フラグメント解析カスタム プライマー
6-FAM™、VIC®、NED™(Dye Set DS-31 - Filter D**)ROX™GeneScan™ 500 ROX™ Size Standard

カスタム フラグメント解析

カスタム プライマー
5-FAM™、JOE、NED™(Dye Set DS-32 - Filter F)ROX™GeneScan™ 500 ROX™ Size Standard
マイクロサテライト(法医学)
AFLP
6-FAM™、VIC®、NED™、PET®(Dye Set DS-33 - Filter G5)LIZ®GeneScan™ 600 LIZ Size Standard v2.0
マイクロサテライト(法医学)
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HiCEP 用推奨製品

Verti サーマル サイクラ

3500 シリーズ ジェネティック アナライザ

GeneMapper® ソフトウェア

For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.