small RNA および miRNA シーケンシング

Ion Torrent 半導体シーケンシングは、シンプルで統合されたウェットラボワークフローと Torrent Suite™ ソフトウェアおよびサードパーティーソリューションを組み合わせることで、small RNA 発現の迅速な同定、特性解析、そしてレポートを行います。

シーケンスランレポートは、拡張性のある解析プロットや重要な結果をまとめた分かりやすい表と共に提供されるため、高品質なシーケンスランが行われたことを、簡単に確認することができます。Torrent Suite ソフトウェアは、簡単な操作で、FASTQ および BAM ファイル形式で、シーケンスリードを提供します。これらのファイル形式は、サードパーティーの解析ソフトウェアへ直接アップロードできます。

Partek™ Flow™ Softwareパッケージなどのサードパーティーソフトウェアでは、リードアライメント、microRNA 発現量の算出、そして複数サンプルによるmicroRNA 発現の層別解析が可能です。また Partek は、品質管理メトリクスや、インタラクティブなビジュアル化されたデータも提供します。

microRNA（mRNA に結合して翻訳を阻害する 短い～ 22 mer 程度の RNA 配列）の発見により、遺伝子発現制御に関する研究は大きく広がりました。この 10 年における次世代シーケンシング（NGS）の進歩により、研究者は複数種存在し複雑な small RNA をさらに明らかにするために有効なシーケンシング技術を手に入れた。これによって、microRNA（miRNA）、short-interfering RNA（siRNA）、そして piwi-interacting RNA（piRNA）といったさまざまな small RNA の研究が展開されてきました。

Ambion RNA キットは、サンプルから高品質な small RNA を分離精製できる完全な方法を提供します。サーモフィッシャーサイエンティフィック の先導的な知識と、small RNA の分離精製用キットの相乗効果で、優れたソリューションをご提供します。このソリューションは、Ion GeneStudion S5 および Ion PGM システムでの small RNA 解析に最適化されています。Ion GeneStudion S5 や Ion PGM システムの持つ拡張性は、1 ランあたりのサンプル数に幅を持たせ、実験サイズに合ったスループットを柔軟に選択できます。他の NGS プラットフォームでも small RNA を解析できますが、それらの超ハイスループットなフォーマットは 1 ランで同時に処理する数百のサンプルを必要とするため、結果を得るまでの時間に遅れが生じる可能性があります。

small RNA およびターゲット RNA 研究において高速で正確な結果を得るためには Ion PGM システムをお選びください。一方、よりハイスループットな Ion GeneStudio S5 システムは、small RNA から全トランスクリプトーム解析まで幅広く使用できます。どちらのシステムも、以下のような利点から、発現解析ツールとしてマイクロアレイを上回ります。

• 遺伝子発現においてより多くの転写物と微細な変化を検出できる、優れた感度とダイナミックレンジ
• 密接に関連した small RNA ファミリーの配列を区別可能
• 新規の small RNA 配列を検出
• デジタル出力により、研究やラボ間、時間差のあるデータを比較可能
• TaqMan™ アッセイの結果との高い相関