Sanger Minor Variant Finder Software

キャピラリシーケンサで、5%の体細胞変異を検出

Applied Biosystems™ Minor Variant Finder Softwareは、キャピラリシーケンサでレアな変異を検出するために開発された新しいソフトウェアです。従来、20~30%程度の変異が存在していないと、キャピラリシーケンサの波形データから変異を視覚的に検出することは困難でした。Minor Variant Finder Softwareを使えば、キャピラリシーケンサで5%程度のわずかな変異を検出することができます。

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腫瘍学や遺伝性疾患、また感染症などの研究分野において、わずかなレベルの体細胞変異を検出することは非常に重要です。Minor Variant Finder Softwareは、従来のキャピラリシーケンサの可能性を拡げるソフトウェアです。腫瘍学や病理学において、これまで検出が困難であったわずかな変異(5%程度)を、簡単に検出することができます。特別な試薬やプロトコールを用いる必要はありません。従来と同じ使い方で、KRASやNRASなどの癌遺伝子やTP53などの腫瘍抑制遺伝子の体細胞変異をキャピラリシーケンサで迅速かつコスト効率高く検出することができます。DNAシーケンスのゴールドスタンダードであるサンガーシーケンスによって、わずかな変異を検出することは、次世代シーケンシング(NGS)の結果の検証においても、有効性の高い手法となります。

5%程度のわずかな変異を検出

Minor Variant Finder Softwareは、長年に渡るシーケンシング技術の蓄積から開発した革新的なアルゴリズムを搭載しています。リファレンスサンプルとターゲットサンプルのキャピラリシーケンサのデータをソフトウェアにインポートすると、リファレンスサンプルからバックグラウンドのノイズを識別し、ターゲットサンプルのノイズを最小化するプロセスが行われます。キャピラリシーケンサの波形データからノイズピークを最小化することにより、識別が困難なわずかな変異ピークを視覚的に捉えることができるようになります。また、解析後は変異情報をわかりやすくレポートします。Minor Variant Finder Softwareは、フォワードおよびリバース配列の両方のデータから変異の検出を行うことで、わずかな変異の検出を可能にしています。

コスト効率の良いターゲットシーケンスの新しい選択肢に
プレート

ターゲット領域が決まったサンプルのシーケンスで、特にそのサンプル数が少ない場合、サンガーシーケンスはコスト効率の良い手法です。Minor Variant Finder Softwareを用いれば、従来のキャピラリ―シーケンサでは検出が困難だったわずかな変異を見つけることが可能になります。少ないサンプル数でわずかな変異を検出する必要がある腫瘍学や病理学、また遺伝子パネルから変異を検出する場合などにおいて、簡便でコスト効率の良い変異解析のツールとなります。

迅速な変異解析
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特別な試薬やプロトコールを変更することなく、従来と同じサンガーシーケンスによって、わずかな変異を検出することが可能です。キャピラリシーケンサの結果からすぐに解析ができるので、迅速に結果を確認することができます。

次世代シーケンサ(NGS) との比較やアノテーションも簡単に
NGS and Sanger variants

ハイスループットなシーケンス解析を行うNGSの結果とキャピラリシーケンサによる変異解析の結果を比較することも可能です。NGSのデータ(.vcfファイル)をソフトウェアへインポートすることができ、、キャピラリシーケンサより得られた変異にアノテーションを行うことができます。アライメントビューとベンダイアグラムで可視化されたデータは、NGSデータの迅速な検証をサポートします。

シンプルなワークフロー
3500 Sanger Sequencer

キャピラリシーケンサのワークフローを変更する必要はありません。特別な試薬やプロトコールを変更することなく、ご使用いただいているキャピラリシーケンサ*ですぐにMinor Variant Finder Softwareをご利用いただくことができます。(3500、3730、3130シリーズのSequencing Analysis Sofutware v5.3以上に対応)

Minor Variant Finder Softwareのワークフロー
3500 system

ターゲットサンプルとリファレンスサンプルをFwd、およびRev プライマーでシーケンス解析を行います。（同一条件のプロトコル、同時にランニングを行ってください。）

サンガーシーケンスのワークフロー ›

Step 1 : シーケンス解析
3500 system

ターゲットサンプルとリファレンスサンプルをFwd、およびRev プライマーでシーケンス解析を行います。（同一条件のプロトコル、同時にランニングを行ってください。）

サンガーシーケンスのワークフロー ›

Step 2 : プロジェクトの作成

Minor Variant Finder Softwareで、「New Project」を作成します。

Step 3 : サンプルファイルの指定

Minor Variant Finder ソフトウェアで、ターゲットサンプルとリファレンスサンプルのFwd とRev プライマーによるシーケンスデータ、「.ab1」ファイルを指定します。

Step 4 : 変異の検出

ベースラインのノイズを除去した解析データが表示され、変異を検出します。

Minor Variant Finder Software - First Look

Applied Biosystems™ Minor Variant Finder Softwareは、キャピラリシーケンサで、5%程度の体細胞変異の検出を行うことができます。

Computer requirements

Component

Requirements

Computer

Windows™ computer with 2 GB hard disk space and a minimum of 4 GB memory; 8 GB recommended.

Test configurations:

  • Intel™ Core i7-4790 CPU, 3.60 Hz, Windows™ 10 Pro
  • Intel™ Core2 DUO CPU E8400, 3.00 GHz, Windows™ 7 SP1 32-bit
  • Intel™ Core i3-2100 CPU, 3.10 Hz (Windows™ 7 SP1 64-bit)
  • Intel™ Core i5-3380M, 2.9 GHz (Windows™ 7 SP1 64-bit)
Operating systemWindows™ 7 SP1, 32-bit or 64-bit or Windows™ 10 Pro, 64-bit
Browser

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リソース
サポート

For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.

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