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BigDye® Direct Cycle Sequencing Kit
より少ないシーケンシングステップ
BigDye® Direct Cycle Sequencing Kit は、BigDye® 製品群の中で最も新しい革新的製品です。PCR 後のクリーンアップとサイクルシーケンシングを 1 つのステップに組み込むことで、スタンダード技術である Sanger シーケンシングワークフローを簡素化しました。
「 素晴らしいキットです。 ワークフローは非常にシンプルで、PCR 後の精製ステップを省略できます。 シングルストリーム方式で処理を行うため、実験環境で非常に重要とされるサンプルの完全性と同一性が保護されます。 キットの価格もお手頃です」— Asuragen 社の上級研究員 Andrew Hadd 氏
Schematic overview of the SSCP technique
利点
- データの精度： 単一チューブで PCR からキャピラリ電気泳動まですべてのステップを実行することにより、実験上でのリスクを軽減することができます。
- シーケンシングのクオリティ： POP-7™ ポリマーを使用して遺伝子特異的プライマー配列の後の1塩基近くまで読み取ります
- 簡素化されたシーケンスワークフロー： 手動操作ステップを減らし、時間を節約します。 M13 ユニバーサルシーケンシングプライマー（フォワードおよびリバース）がキットに組み入れているので、複数の試薬を調達する必要がありません。
- 時間の節約： BigDye Direct Cycle Sequencing Kit を使えば、シーケンスリードが最大 40％速くなり、手動操作時間を短縮します。
BigDye® Direct | 3500 シリーズジェネティックアナライザ |
1. BigDye® Direct Cycle Sequencing Kit に含まれる構成品と数量はどうなっていますか？ 回答
| キットの構成品と数量 | |||||
| P/N | BigDye® Direct | BigDye® Direct | BigDye Direct | BigDye® Direct | DNA Control |
| 4458689 | 24 rxn | 24 rxn | 24 rxn | 24 rxn | 200 rxn 分 |
| 4458687 | 100 rxn | 100 rxn | 100 rxn | 100 rxn | 200 rxn 分 |
| 4452688 | 100 rxn | 100 rxn | 100 rxn | 100 rxn | 200 rxn 分 |
2. BigDye®Direct Cycle Sequencing Kit はどのプラットフォームで利用できますか？ 回答
| 機器 | OS | データ収集 |
| 3130/XL | XP SP2 | 3.0 および 3.1 |
| 3500/XL（DX も同様） | Vista SP1 | 1.0 |
| 4452688 | XP SP2 | 3.0 および 3.1 |
| 二次解析ソフトウェア | バージョン |
| Seq A | 5.4、5.3.1 および 5.3 |
| SeqScape | 2.7 および 2.6 |
| Variant Reporter | 1.1 および 1.0 |
3. BigDye® Direct Cycle Sequencing Kitは どのプラットフォームに対応していますか？ 回答
96 ウェルおよびチューブ（ストリップチューブまたは単一チューブ）。
4. BigDye® Direct Cycle Sequencing Kit の保管条件はどのようなものですか？ 回答
| 製品名 | 保管 条件 | 安定性 | 凍結融解
|
| BigDye® Direct PCR Master Mix | -20 °C | 有効期限を参照 | 5 cycles |
| 4 °C | 有効期限を参照 | ||
| BigDye® Direct Sequencing Master Mix | -20 °C | 有効期限を参照 | 5 cycles |
| 4 °C | 4 週間 | ||
| BigDye® Direct Sequencing Primers (fwd/Rev) | -20 °C | 有効期限を参照 | 5 cycles |
| 4 °C | 4 週間 | ||
| Control CEPH DNA | -20 °C | 有効期限を参照 | N/A |
*BigDye Direct Cycle Sequencing Kit は、室温で 8 時間を超えて放置された場合、使用しないことをお勧めします。
5. BigDyeダイレクトサイクルシーケンシングの各ステップにおいて、DNAはどのような条件下で安定していますか？ 回答
| 詳細 | 保管条件 | 安定性 |
| 調製された PCR 反応ミックス | 室温 | 16 時間 |
| 増幅された PCR | -20 °C | 4 週間 |
| 4 °C | 16 時間 | |
| 配合シーケンシング反応ミックス | 室温 | 16 時間 |
| シーケンシング産物（クリーンアップなし） | -20 °C | 4 週間 |
| 4 °C | 16 時間 | |
| シーケンシング産物（BDx クリーンアップ後） | -20 °C | 10 日間 |
| 4 °C | 10 日間 | |
| 室温 | 16 時間 |
6. BigDye Direct Cycle Sequencing Kit は、他の PCR ミックスと組み合わせて使用できますか？ 回答
いいえ、BigDye Direct Cycle Sequencing kit の構成品は特別に調製されており、一緒に機能するように最適化されているため、他のPCR マスターミックスと組み合わせて使用することはできません。
7. スタンダード遺伝子特異的 PCR プライマーは使用できますか？ 回答
いいえ、BigDye Direct Cycle Sequencing Kit は、スタンダード遺伝子特異的 PCR プライマーと一緒に使用することはできません。 一般的なプライマー、特に M13 ユニバーサルプライマーを使用する必要があります。 配列は以下のとおりです：プライマーデザイン用の M13 ユニバーサル配列
- M13 forward primer sequence: 5’ TGTAAAACGACGGCCAGT 3’
- M13 reverse primer sequence: 5’ CAGGAAACAGCTATGACC 3'
8. スタンダード遺伝子特異的シーケンシングプライマーは使用できますか？ 回答
いいえ、BigDye Direct Cycle Sequencing Kit は、スタンダード遺伝子特異的シーケンシングプライマーと一緒に使用することはできません。 そのため、キットに含まれている M13 ユニバーサルプライマーを使用する必要があります。
9. PCR 前ではどのようなテンプレート DNA 濃度が推奨されますか？ 回答
推奨 DNA 濃度は 4 ng です。
10. BigDye XTerminator® Purification Kit を用いた場合、サンプル由来の DNA はどのような温度および時間条件下で安定していますか？ 回答
サンプルは BigDye Xterminator Purification Kit を用いて保管することができます。保管条件については質問4を参照してください。
11. BigDye Direct Cycle Sequencing Kit と一緒に使用する場合、フレッシュな PCR 産物または保管された PCR 産物のどちらを使用するのが好ましいですか？保管する場合、どのような温度条件にする必要がありますか？ 回答
フレッシュな PCR 産物を使用することを常に推奨しますが、保管する必要がある場合、保管条件については質問4を参照してください。
12. サンプルを乾燥状態で保管または Hi-Di™ ホルムアミド中で保管することは、より良い保存方法ですか？ 最適な温度はどのくらいですか? 回答
サンプルは乾燥状態で -20 °C 下に保管存することを推奨します。
13. BigDye Direct Cycle Sequencing Kit は希釈して使用できますか？ 回答
BigDye Direct Cycle Sequencing Kit の構成品はそれぞれ最適化されています。 製品を希釈すると十分な結果が得られません。
14. 最新の Data Collection ソフトウェア、二次解析ソフトウェアは更新する必要はありますか？ 回答
BigDye Direct Cycle Sequencing Kit Installer をダウンロードしてモビリティファイルを更新する必要があります。
15. スペクトルの校正にはどのような Dye セットを使用するのですか？ 回答
BigDye Terminator v3.1 Long Read Sequencing Standard を使用し、Dye セット Z に対して機器をスペクトルの校正をしてください。
16. プルアップピークが、オフスケールデータによって引き起こされた場合、何をすればよいですか？ 回答
以下のうち 1 つを試してみることを推奨します。
- PCR サイクル数を 2 ～ 3 サイクル減らします
- 問題のあったサンプルを再注入します
- 時間を短縮するか電圧を低下させて、注入パラメーターを最適化します
BigDye® Direct | 3500 シリーズジェネティックアナライザ |
1. BigDye® Direct Cycle Sequencing Kit に含まれる構成品と数量はどうなっていますか？ 回答
| キットの構成品と数量 | |||||
| P/N | BigDye® Direct | BigDye® Direct | BigDye Direct | BigDye® Direct | DNA Control |
| 4458689 | 24 rxn | 24 rxn | 24 rxn | 24 rxn | 200 rxn 分 |
| 4458687 | 100 rxn | 100 rxn | 100 rxn | 100 rxn | 200 rxn 分 |
| 4452688 | 100 rxn | 100 rxn | 100 rxn | 100 rxn | 200 rxn 分 |
2. BigDye®Direct Cycle Sequencing Kit はどのプラットフォームで利用できますか？ 回答
| 機器 | OS | データ収集 |
| 3130/XL | XP SP2 | 3.0 および 3.1 |
| 3500/XL（DX も同様） | Vista SP1 | 1.0 |
| 4452688 | XP SP2 | 3.0 および 3.1 |
| 二次解析ソフトウェア | バージョン |
| Seq A | 5.4、5.3.1 および 5.3 |
| SeqScape | 2.7 および 2.6 |
| Variant Reporter | 1.1 および 1.0 |
3. BigDye® Direct Cycle Sequencing Kitは どのプラットフォームに対応していますか？ 回答
96 ウェルおよびチューブ（ストリップチューブまたは単一チューブ）。
4. BigDye® Direct Cycle Sequencing Kit の保管条件はどのようなものですか？ 回答
| 製品名 | 保管 条件 | 安定性 | 凍結融解
|
| BigDye® Direct PCR Master Mix | -20 °C | 有効期限を参照 | 5 cycles |
| 4 °C | 有効期限を参照 | ||
| BigDye® Direct Sequencing Master Mix | -20 °C | 有効期限を参照 | 5 cycles |
| 4 °C | 4 週間 | ||
| BigDye® Direct Sequencing Primers (fwd/Rev) | -20 °C | 有効期限を参照 | 5 cycles |
| 4 °C | 4 週間 | ||
| Control CEPH DNA | -20 °C | 有効期限を参照 | N/A |
*BigDye Direct Cycle Sequencing Kit は、室温で 8 時間を超えて放置された場合、使用しないことをお勧めします。
5. BigDyeダイレクトサイクルシーケンシングの各ステップにおいて、DNAはどのような条件下で安定していますか？ 回答
| 詳細 | 保管条件 | 安定性 |
| 調製された PCR 反応ミックス | 室温 | 16 時間 |
| 増幅された PCR | -20 °C | 4 週間 |
| 4 °C | 16 時間 | |
| 配合シーケンシング反応ミックス | 室温 | 16 時間 |
| シーケンシング産物（クリーンアップなし） | -20 °C | 4 週間 |
| 4 °C | 16 時間 | |
| シーケンシング産物（BDx クリーンアップ後） | -20 °C | 10 日間 |
| 4 °C | 10 日間 | |
| 室温 | 16 時間 |
6. BigDye Direct Cycle Sequencing Kit は、他の PCR ミックスと組み合わせて使用できますか？ 回答
いいえ、BigDye Direct Cycle Sequencing kit の構成品は特別に調製されており、一緒に機能するように最適化されているため、他のPCR マスターミックスと組み合わせて使用することはできません。
7. スタンダード遺伝子特異的 PCR プライマーは使用できますか？ 回答
いいえ、BigDye Direct Cycle Sequencing Kit は、スタンダード遺伝子特異的 PCR プライマーと一緒に使用することはできません。 一般的なプライマー、特に M13 ユニバーサルプライマーを使用する必要があります。 配列は以下のとおりです：プライマーデザイン用の M13 ユニバーサル配列
- M13 forward primer sequence: 5’ TGTAAAACGACGGCCAGT 3’
- M13 reverse primer sequence: 5’ CAGGAAACAGCTATGACC 3'
8. スタンダード遺伝子特異的シーケンシングプライマーは使用できますか？ 回答
いいえ、BigDye Direct Cycle Sequencing Kit は、スタンダード遺伝子特異的シーケンシングプライマーと一緒に使用することはできません。 そのため、キットに含まれている M13 ユニバーサルプライマーを使用する必要があります。
9. PCR 前ではどのようなテンプレート DNA 濃度が推奨されますか？ 回答
推奨 DNA 濃度は 4 ng です。
10. BigDye XTerminator® Purification Kit を用いた場合、サンプル由来の DNA はどのような温度および時間条件下で安定していますか？ 回答
サンプルは BigDye Xterminator Purification Kit を用いて保管することができます。保管条件については質問4を参照してください。
11. BigDye Direct Cycle Sequencing Kit と一緒に使用する場合、フレッシュな PCR 産物または保管された PCR 産物のどちらを使用するのが好ましいですか？保管する場合、どのような温度条件にする必要がありますか？ 回答
フレッシュな PCR 産物を使用することを常に推奨しますが、保管する必要がある場合、保管条件については質問4を参照してください。
12. サンプルを乾燥状態で保管または Hi-Di™ ホルムアミド中で保管することは、より良い保存方法ですか？ 最適な温度はどのくらいですか? 回答
サンプルは乾燥状態で -20 °C 下に保管存することを推奨します。
13. BigDye Direct Cycle Sequencing Kit は希釈して使用できますか？ 回答
BigDye Direct Cycle Sequencing Kit の構成品はそれぞれ最適化されています。 製品を希釈すると十分な結果が得られません。
14. 最新の Data Collection ソフトウェア、二次解析ソフトウェアは更新する必要はありますか？ 回答
BigDye Direct Cycle Sequencing Kit Installer をダウンロードしてモビリティファイルを更新する必要があります。
15. スペクトルの校正にはどのような Dye セットを使用するのですか？ 回答
BigDye Terminator v3.1 Long Read Sequencing Standard を使用し、Dye セット Z に対して機器をスペクトルの校正をしてください。
16. プルアップピークが、オフスケールデータによって引き起こされた場合、何をすればよいですか？ 回答
以下のうち 1 つを試してみることを推奨します。
- PCR サイクル数を 2 ～ 3 サイクル減らします
- 問題のあったサンプルを再注入します
- 時間を短縮するか電圧を低下させて、注入パラメーターを最適化します
For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.