Platinum SuperFi II DNA 중합효소

Invitrogen Platinum SuperFi DNA Polymerase

Invitrogen Platinum SuperFi II DNA 중합효소는 hot-start, 엔지니어링된 교정(proofreading) DNA 중합효소로서 탁월한 PCR 정확도(fidelity)와 특이도를 제공합니다. Taq 정확도(fidelity)의 300x를 초과하는 정확도를 가지며 60°C에서의 프라이머 어닐링(primer annealing)을 위해 특별히 제조된 완충액이 포함된 Platinum SuperFi II DNA 중합효소는 클로닝(cloning), 염기서열분석(sequencing), 돌연변이 유발(mutagenesis)과 같이 최고의 PCR 정확도가 요구되는 PCR 애플리케이션에서 효율성과 간단성을 제공합니다.

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특징

탁월한 정확도—차세대 염기서열분석(next-generation sequencing)에 의해 측정된 것으로 Taq 정확도(fidelity)의 300x 초과
간단한 워크플로우(workflow)—60°C에서의 프라이머 어닐링을 위해 제조된 완충액 (T_m 계산기 필요없음)
PCR 성공율 향상—GC-rich 타겟, 기준 이하의 순도를 가진 DNA, 긴 염기서열에 대한 강력한 증폭
향상된 자동화—Invitrogen Platinum hot-start 기술을 통해, 반응 셋업후 24시간 동안 높은 특이도와 벤치탑 안정성을 나타냄
피펫팅 작업 감소—마스터 믹스 옵션 이용 가능(직접 gel-loading 염료 사용 또는 미사용)

Platinum SuperFi II DNA 중합효소 장점

Taq 정확도(fidelity)의 300x 초과

Platinum SuperFi II DNA 중합효소는 오류율을 매우 낮게 유지하고 DNA 염기서열 정확도를 보존하기 위해 최고 수준의 신뢰도를 제공합니다. Platinum SuperFi II DNA 중합효소의 상대 정확도(fidelity)는 Taq DNA 중합효소 정확도(fidelity)의 300배를 초과하는 것으로 계산되었습니다.

상업적으로 이용가능한 효소들의 막대 그래프는 Platinum SuperFi II 효소가 Taq 효소에 비해 350X 초과의 정확도(fidelity)를 가지는 것을 보여줍니다.

그림 1. Taq 효소와 상업적으로 이용가능한 효소들의 정확도(fidelity) 상대 비교. 3.9 kb 염기서열을 다른 DNA 중합효소를 사용하여 PCR 증폭하였으며, 그다음 결과물인 PCR 앰플리콘을 MuA transposase를 사용하여 단편화하였습니다. 무작위 12개의 뉴클레오티드로 이루어진 Unique molecular identifiers (UMI)가 단편화 중에 도입되어 각각의 산물이 개별적으로 태그(tag) 되었습니다. 차세대 염기서열분석(next-generation sequencing) 후, 리드(read)는 올바른 서열에 따라 정렬되었고, UMI 패밀리에 의해 그룹화되었으며, 오류는 콜(call) 되었습니다. 오류는 UMI 패밀리에 있는 모든 리드(read)에서 나타나는 경우에만 규명하였고, 그외에는 염기서열분석 오류로서 폐기하였습니다. 중합효소 정확도(fidelity)는 Taq DNA 중합효소에 대해 정규화되었습니다.

동영상: high-fidelity PCR이란?

PCR 애플리케이션을 위해 high-fidelity PCR과 이의 장점에 대해 자세히 알아보십시오. high-fidelity PCR 효소를 사용하여 어떻게 증폭 오류를 감소시킬 수 있는지 알아보십시오.

60°C 프라이머 어닐링(primer annealing)

특별한 조성의 Platinum SuperFi II 완충액은 PCR 중의 힘들고 지루한 최적화 단계를 감소시키는데 도움을 줍니다. Platinum SuperFi II DNA 중합효소의 경우, 어닐링(annealing) 단계를 위한 프라이머 용융(melting) 온도 계산이 필요없습니다. 혁신적인 완충액 조성으로 일반적인 프라이머 설계 규칙을 따르는 염기서열에 상관없이 60°C에서 프라이머의 어닐링이 가능합니다 (그림 2). 또한 계산된 T_m을 어닐링 단계에서 사용하는 경우, 완충액은 성공적인 증폭을 가능하게 합니다 (데이터 표시되지 않음).

그림 2.Platinum SuperFi II DNA 중합효소는 60°C에서 일반적인 어닐링 온도를 사용하여 DNA 템플릿을 증폭하는 경우 높은 특이도와 수율을 가진 PCR 산물을 생산합니다. 다양한 어닐링 온도의 프라이머 세트가 60°C 어닐링 온도에서 50 ng의 인간 유전체 DNA로부터 12개 타겟을 증폭하는데 사용되었습니다. 분자량 마커는 Invitrogen TrackIt 1 Kb Plus DNA Ladder입니다. 명시된 어닐링 온도는 Platinum SuperFi DNA 중합효소를 위해 T_m 계산기를 사용하여 계산되었습니다.

PCR에서 어닐링 단계의 중요성, 특별히 제조된 PCR 완충액을 사용하여 최적화 단계를 피하는 방법, 완충액에 의해 가능해진 범용 프라이머 어닐링의 장점에 대해 알아보십시오.

범용(universal) 프로토콜

혁신적인 반응 완충액으로 인해 Platinum SuperFi II DNA 중합효소는 범용 어닐링 온도 및 모든 어세이의 co-cycling을 위한 유연한 확장 시간을 제공합니다.

그림은 1-2시간 내에 하나의 범용 프로토콜을 사용하여 3개의 다른 PCR 타겟을 위한 동시 증폭을 보여줍니다.

그림 3. 범용 PCR 프로토콜로 인해 시간 절약 및 어세이 co-cycling 가능. 종래의 PCR 시약을 사용하는 PCR 어세이는 각각의 DNA 단편의 증폭을 위해 특이적인 프로토콜이 요구되는데 이는 프라이머 어닐링 온도와 확장 단계가 다르기 때문입니다. 그러므로 복수의 타겟은 종종 같은 PCR 실행에서 증폭될 수 없습니다. Platinum SuperFi II DNA 중합효소를 사용하면 범용 어닐링 온도와 가장 긴 증폭 대상 단편을 위해 선택된 확장 시간을 가진 하나의 프로토콜을 사용하여 다른 PCR 어세이들을 함께 사이클링할 수 있습니다 (그림 4).

같은 프로토콜을 사용하여 Platinum SuperFi II DNA 중합효소로 증폭한 크기가 다른 5개 PCR 단편의 Gel 분석

그림 4. Platinum SuperFi II DNA 중합효소는 짧거나 긴 앰플리콘을 함께 사이클링할 수 있습니다. 4개 타겟 모두 같은 프로토콜을 사용하여, 0.7 kb, 2.0 kb, 4.8 kb, 14 kb 단편들이 100 ng의 인간 유전체 DNA로부터 증폭되었습니다. 98°C 변성(denaturation) 10초, 60°C 어닐링(annealing) 10초, 72°C 확장(extension) 7분. 확장 시간은 가장 긴 길이의 타겟에 근거하였습니다.

직접 gel 로딩

Platinum SuperFi II Green PCR Master Mix는 PCR 산물의 직접 gel 로딩을 가능하게 하여 편리하며, PCR 샘플에 염료를 첨가하는 힘들고 지루한 단계가 필요 없으며, 피펫팅 오류를 감소시키는데 도움을 줍니다. 녹색 완충액은 DNA 염기서열분석(sequencing), ligation 및 restriction 분해 등 다운스트림 애플리케이션과 호환가능합니다.

Platinum SuperFi II 마스터 믹스를 사용한 PCR 산물 증폭과 청색 및 황색 마커로 그린 반응 믹스의 분해를 보여주는 다이아그램

그림 5. 분석용 gel에 PCR 산물을 직접 gel에 로딩하기 위한 그린 마스터 믹스(green master mix). Platinum SuperFi II DNA 중합효소 마스터 믹스는 녹색 완충액 형태로 제공되며, 이는 1개의 밀도(density) 시약과 2개의 트래킹(tracking) 염료를 포함합니다. DNA 이동은 두 개의 염료(청색 및 황색)를 사용하여 쉽게 추적이 되며 전기영동 중에 잘 보입니다(그림 오른쪽에 5분과 15분 줄).

Taq 정확도(fidelity)의 300x 초과