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消化後のペプチド濃縮または分画処理は、多くの場合、少量のタンパク質からの検出ペプチドに、またはプロテオミクス解析でのサンプルの複雑さを軽減するために必要です。
活用することで標的タンパク質の同定を高めることができる次のようないくつかのストラテジーがあります。リン酸化ペプチド濃縮など、または疎水性によってペプチドを分離する高pH逆相クロマトグラフィーなどの分画処理を通じ、翻訳後修飾(PTM)に特異的な親和性結合を利用します。
新規のThermo Scientific™ ActivX™プローブおよび濃縮キットは、キナーゼ、GTPアーゼおよびセリンヒドロラーゼなど数種類の酵素の特異的なターゲッティングを可能にします。これらは、活性部位においてタンパク質レベルで共有結合的に標識され、消化後に濃縮されます。
Fe-NTA Phosphopeptide Enrichment Kit | TiO2 Phosphopetide Enrichment and Clean Up Kit | Magnetic TiO2 Phosphopetide Enrichment Kit | High pH Reversed Phase Fractionation Kit | Kinase Enrichment Kit with ATP Probe | |
Target | Bias toward multi-phosphorylated peptides | Bias toward mono-phosphorylated peptides | Bias toward mono-phosphorylated peptides | All peptides | ATP binding sites |
Binding/Labeling Mechanism | Metal chelate affinity to phosphate groups | Metal oxide affinity to phosphate groups | Metal oxide affinity to phosphate groups | Hydrophobic interaction | Biotinylated ATP analog to active site lysine |
Enrichment Strategy | IMAC-Agarose resin | Spherical porous TiO2 | TiO2 coated magnetic particles | Hydrophobic polymer based resin | Immobilized streptavidin agarose resin |
Binding Capacity/rxn | 150 µg | 100 µg | 100 µg | 10-100 µg | Lyophilized |
Format | Spin column | Tip | Magnetic bead | Spin column | Spin column |
# of Elution Fractions | 1 | 1 | 1 | 8 | 1 |
Processing Time | 1 hr | 2 hrs | 15 min | 30-60 min | 6.5 hr + digestion |
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Thermo Scientific Pierce ™ Fe-NTAリン酸化ペプチド濃縮キットは、多数のリン酸塩を有するリン酸化ペプチドを効果的に回収します。
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 計 | |
---|---|---|---|---|---|---|---|
TiO2 | 492 | 103 | 8 | 4 | 0 | 1 | 608 |
Fe-NTA IMAC | 234 | 34 | 216 | 3 | 1 | 0 | 488 |
重複 | 155 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 156 |
TiO2およびFe-NTA IMACを用いて単一および多数リン酸化されたリン酸化ペプチドの選択濃縮 リン酸化ペプチド濃縮の平均は、デュプリケートの実験から得られ、いずれかの方法を用いて濃縮したペプチドあたり1つ以上のリン酸塩を含むリン酸化ペプチドの数を示しています。ペプチドスペクトルの要約結果をProteome Software Scaffold 3.0からエクスポートし、Microsoft™ Excel™ソフトウェアで解析しました。
Thermo Scientific Pierce ™ Fe-NTAリン酸化ペプチド濃縮キットは、多数のリン酸塩を有するリン酸化ペプチドを効果的に回収します。
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 計 | |
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TiO2 | 492 | 103 | 8 | 4 | 0 | 1 | 608 |
Fe-NTA IMAC | 234 | 34 | 216 | 3 | 1 | 0 | 488 |
重複 | 155 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 156 |
TiO2およびFe-NTA IMACを用いて単一および多数リン酸化されたリン酸化ペプチドの選択濃縮 リン酸化ペプチド濃縮の平均は、デュプリケートの実験から得られ、いずれかの方法を用いて濃縮したペプチドあたり1つ以上のリン酸塩を含むリン酸化ペプチドの数を示しています。ペプチドスペクトルの要約結果をProteome Software Scaffold 3.0からエクスポートし、Microsoft™ Excel™ソフトウェアで解析しました。
For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.