質量分析のためのタンパク質相互作用のクロスリンク

SDS-PAGE による BSA のクロスリンク効率の比較。 BSAに に対してモル過剰量（たとえば、20 倍、100 倍、500 倍）のさまざまなクロスリンカーをを加えてインキュベートしました。 クロスリンク効率は 、SDS-PAGE における移動度の低下として確認できます。クロスリンカーの種類、溶解性、濃度により、効率は異なります。

DSSO をクロスリンカーとして用い、MS2-MS3 メソッドでデータ取得後、XLinkX により同定したBSA 由来のクロスリンクペプチドのマススペクトル。 XlinkX ソフトウェアは、 MS 切断可能なクロスリンカー特有のフラグメントイオンパターン（紫色で示す）を利用して、データベース検索を行うクロスリンクペプチドを検出、選別します。

MS 非開裂性クロスリンカー（BS3、DSS）、およびMS切断可能なクロスリンカー（DSSO）を反応させたBSA 酵素消化物からさまざまな MSn メソッドを用いて同定したクロスリンクペプチド数を示すグラフ。 BS3 と DSS は、イオントラップによる衝突誘起解離（CID）およびコリジョンセルによる衝突誘起解離（HCD）メソッドにより同定されたクロスリンクペプチド数は同程度であった。一方、DSSO は、これら解離法で同定されたクロスリンクペプチド数は少なかった。 DSSO は MS 切断可能なので、MS2-MS3 メソッドを用いて、クロスリンクされているそれぞれのペプチドを MS2 スペクトルで識別し、各々のペプチドの MS3 スペクトルをデータベース検索することで、より多くのクロスリンクペプチドの同定が可能でした。 電子移動解離（ETD）と HCD を組み合わせた（EThcD）メソッドでは、すべてのクロスリンカーで同程度のクロスリンクペプチドが同定されました。