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費用対効果の高い、種レベルのマイクロバイオームプロファイリング

Ion AmpliSeq Microbiome Health Research キットは、次世代のシーケンス（NGS）アッセイです。ヒトの腸内マイクロバイオームにおいて、微生物多様性の包括的なプロファイリングを費用対効果が高く、実施することを可能にします。この新しいアッセイは、がんだけでなく、免疫学研究および消化器（GI）疾患研究も同様に関連する主要な微生物のための従来の 16S rRNA シーケンスと比較して、種レベルの検出の解析能力と特異性を向上させます。

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現在、ほとんどの 16S Sパネルは、16S rRNA 遺伝子の 2 ～ 4 つの超可変（HV）領域のみを対象としていますが、Ion AmpliSeq Microbiome Health Research キットに含まれるパネルは、非常に包括的で高感度な微生物プロファイリングのために 9 つのHV領域のうち 8 つを対象としています。

種レベルの識別を向上させるため高解像度マーカーとすべてが含まれるデータ解析ツールを組み合わせることにより、研究を進めることを容易にするための優れたエンドツーエンドのソリューションを利用できます（図 1）。

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図 1. Ion AmpliSeq Microbiome Health Research キットを使用したワークフロー
  • ターゲットシーケンス—標準的な閾値での種レベルで 100％の感度と特異性を持つ包括的なコンテンツ
  • 9 つの HV 領域のうち 8 つをターゲットとするパネル —もっとも包括的な 16S rRNA 遺伝子パネル
  • 種レベルの解析能力—免疫腫瘍学、免疫学研究および消化器疾患研究に関連する 73 の主要な細菌種の検出
ショットガンメタゲノミクスは、より高い解析能力が得られますが、コストが高く、時間がかかります。Ion AmpliSeq Microbiome Health Research パネルは、免疫腫瘍学および主要な腸関連疾患、ならびに自己免疫疾患の研究のために、種レベルの特異性を備えた費用対効果の高いソリューションを提供します（図 2）。

16S パネルと高度にキュレートされた種特異的なパネルの両方が、100％の特異性と感度を可能にします。糞便サンプルを使用して、実験ごとに高い再現性を示しています（図 3）。

Ion AmpliSeq Microbiome Health Research キットは、Torrent Suiteソフトウェア内の Ion AmpliSeq Microbiome Health Analysis プラグインを備えた優れたエンドツーエンドソリューションを提供します。さらに、Ion Reporter Software 内の解析ツールは、マイクロバイオーム研究のために最適化されており、追加で視覚化オプションを備えたマルチサンプル解析が可能です。

参照文献

1.Routy B, et al.Gut microbiome influences efficacy of PD-1-based immunotherapy against epithelial tumors.Science.2018 Jan 5;359(6371):91-97.
2.Matson V, Fessler J, Bao R, Chongsuwat T, Zha Y, Alegre ML, Luke JJ, Gajewski TF.The commensal microbiome is associated with anti-PD-1 efficacy in metastatic melanoma patients.Science.2018 Jan 5;359(6371):104-108.
3.Gopalakrishnan V, et al.Gut microbiome modulates response to anti-PD-1 immunotherapy in melanoma patients.Science.2018 Jan 5;359(6371):97-103.

For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.