ウイルスのタイピング研究

Ion AmpliSeq™ 技術 は、培養されていない保存生物サンプルのターゲットシーケンシングのための、使いやすい濃縮メソッドです。Ion AmpliSeq 技術は、超高マルチプレックス PCR に基づき、わずか 1 ng の核酸インプットから遺伝子のターゲットセットを得ることができるため、量の限られた、あるいは分解したサンプルの Ion Torrent™ システムによるシーケンシングを可能にします。24 時間未満で、貴重なサンプルからデータを得ることができます。

弊社のアッセイデザインパイプラインに直接接続可能な、フリーオンラインアッセイデザインツールである Ion AmpliSeq Designerにより、シンプルなカスタムパネルの作成が可能です。お客様の FASTA ファイルリファレンス配列をアップロードすることで、ウイルスゲノム用パネルを作成できます。または、エボラウイルス用パネルを含めた、弊社の感染症研究用 Community Panels をご覧ください (表 1)。

図 1.Ion AmpliSeq ワークフロー。Ion AmpliSeq ライブラリは、マニュアルで、または Ion Chef システムによって作成されます。ライブラリはその後、エマルジョン PCR および 濃縮のために Ion Chef システムに供され、Ion S5™ チップ上にロードされます。

表 1.145 のアンプリコンでエボラウイルス（EBOV）ゲノムの 99.49％ をターゲットとした Ion AmpliSeq Ebola Research パネル。

Boots on the ground（地上のブーツ）—シエラレオネにおけるエボラのシーケンシング

「 私たちは堅牢で簡便なワークフローを必要としていますが、Ion AmpliSeq Ebola Research パネルは私たちの望むものに完全にマッチしています。」
—Ian Goodfellow 教授 ケンブリッジ大学

Ion Torrent シーケンシングシステムによるインフルエンザ A のタイピング

微生物学者やウイルス学者にとっての大きな課題は、進化のパターンや病原体の出現を予測することです。インフルエンザ A のような RNA ウイルスは、高度な遺伝的多様性といった生物学的特徴を共有しており、捉えにくいミュータントとして現れます。インフルエンザ A のバリアントもまた、ブタやトリなどの動物内において抗原シフトを通じて現れます。世界保健機関は、流行期のインフルエンザ A が、年間およそ 3 ～ 5 百万の重篤症状と、25 万～ 30 万の死者をもたらしていると推定しています。

Ion Torrent シーケンシングは、インフルエンザ A の完全なゲノムシーケンシングのための合理的な研究ワークフローを可能にします。特異性の高い、ユニバーサルなインフルエンザプライマーのセットを、フィデリティの高いマスターミックスと組み合わせて使用することで、八つすべてのインフルエンザ A ゲノム分節を一つのチューブ内で増幅できます。反応は、どの Ion Torrent™ システムでもシーケンス可能な DNA アンプリコンを生成し、極めて正確なインフルエンザ A のタイピングを 1 日以内で提供します。

製品の閲覧とご注文

 Briese T, et al.2014Middle East respiratory syndrome coronavirus quasispecies that include homologues of human isolates revealed through whole-genome analysis and virus cultured from dromedary camels in Saudi Arabia. mBio 5(3):e01146-14.

 Zhang Y, et al.Isolation and characterization of H7N9 avian influenza A virus from humans with respiratory diseases in Zhejiang, China.Virus Res.2014 Aug 30;189:158-64.

 アプリケーションガイド：全ゲノムシーケンシングのためのインフルエンザ A ゲノム分節 PCR 増幅

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