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片段分析工作流程
进一步推动 DNA 分析
片段分析包括一系列技术，其中 DNA 片段可进行荧光标记、通过毛细管电泳 (CE) 分离并通过与内标物比较来确定大小。通过 CE 进行的 DNA 测序可用于确定特定片段或基因片段的碱基序列，而片段分析可基于PCR 利用特定 DNA 靶标设计的引物生成荧光标记 DNA 片段并获得相对大小，相对定量和基因分型信息。
从简单的样本准备到数据分析，我们有多种不同的产品和服务帮助您来简化片段分析工作流程。
视频：片段分析的工作原理是什么？
工作流程
引物
要在 CE 系统上进行片段分析，必须设计位于感兴趣区域侧翼的引物。通常，荧光染料附着在引物上，并在电泳前通过 PCR 扩增片段。我们提供 Applied Biosystems 5´ 荧光标记引物和引物对，这些引物和引物对已被验证可用于片段分析。
主要特点：
- 定制 5´ 荧光标记引物
- 标签选择包括 6-FAM、TET、VIC、HEX、NED 或 PET 染料
- 所有寡核苷酸均脱盐；较大规模的标记引物可以选择进行 HPLC 纯化
- 可选交货规模
5’ 标记单引物
5’ 标记/未标记的引物对
| 货号 | 尺寸 | HPLC 产量 | 5’报告基团染料 | 质量 | 订购 |
|---|---|---|---|---|---|
| 450056 | 10,000 pmol | 5’标记/未标记引物对 | 6-FAM, TET, VIC, HEX, NED, PET | 2管 | 订购 |
| 450059 | 80,000 pmol | 5’标记/未标记引物对 | 6-FAM, TET, VIC, HEX, NED, PET | 2管 | 订购 |
| 450062 | 300,000 pmol | 5’标记/未标记引物对 | 6-FAM, TET, VIC, HEX, NED, PET | 2管 | 订购 |
| 4304976 | 10,000 pmol | 5’标记/未标记二核苷酸重复片段 | 6-FAM, TET, VIC, HEX, NED, PET | 2管 | 订购 |
| 4304977 | 80,000 pmol | 5’标记/未标记二核苷酸重复片段 | 6-FAM, TET, VIC, HEX, NED, PET | 2管 | 订购 |
| 4304978 | 300,000 pmol | 5’标记/未标记二核苷酸重复片段 | 6-FAM, TET, VIC, HEX, NED, PET | 2管 | 订购 |
| 4304979 | 10,000 pmol | 5’标记/未标记二核苷酸重复片段 + 尾 | 6-FAM, TET, VIC, HEX, NED, PET | 2管 | 订购 |
| 4304981 | 80,000 pmol | 5’标记/未标记二核苷酸重复片段 + 尾 | 6-FAM, TET, VIC, HEX, NED, PET | 2管 | 订购 |
| 4304982 | 300,000 pmol | 5’标记/未标记二核苷酸重复片段 + 尾 | 6-FAM, TET, VIC, HEX, NED, PET | 2管 | 订购 |
PCR 预混液
Invitrogen Platinum II 热启动 PCR 预混液可帮助您更快地进行片段分析。创新缓冲液、高性能 Taq DNA 聚合酶和 Platinum 热启动技术的独特组合即使在严苛的应用中也能获得出色的 PCR 结果。
主要特点：
- 通用引物在 60°C 退火，可实现所有检测的共循环，减少繁琐的优化步骤
- 工程化 Taq 聚合酶使 DNA 合成速度提高4倍，且具有抑制剂抗性和强大的扩增能力
- Platinum 热启动技术允许在室温下进行反应设置
- 2X 预混液有助于通过更少的移液步骤减少移液错误
Matrix 和分子量标记
为了准备毛细管电泳，必须在基因分析仪上使用相应的Matrix标准品对您选择用于标记 DNA 片段的染料组进行光谱校准，以准确检测标记引物的染料。 将每个未知样品与分子量标记和 Hi-Di 甲酰胺混合，然后进行电泳。分子量大小标准品可以分析样品峰的大小并校正进样变化。
请参阅下图，了解为您的工作流程推荐的 Applied Biosystems 基质标准品和 GeneScan 分子量大小标准品。
选择正确的基质和分子量大小标准品
| 用于标记 DNA 片段的染料组 | 对应的基质标准品 | 推荐的分子量大小标准品 | 可能的应用 |
| 染料组 E5： dR110（蓝色）、dR6G（绿色）、dTAMRA（黄色）、dROX（红色） | DS-02 | GeneScan 120 LIZ 分子量大小品 标准品（橙色） | SNaPshot 多重检测 |
| GeneScan 600 LIZ 分子量大小品 标准品 v2.0（橙色） | 微卫星、LOH、嵌合、简单序列间重复 (ISSR)、限制性片段长度多态性 (RFLP)、末端 RFLP (T-RFLP)、甲基化敏感迁移率变动分析 (MSMSA) | ||
| 染料组 D： 6-FAM（蓝色）、HEX（绿色）、NED（黄色） | DS-30 | GeneScan 500 ROX 分子量大小标准品（红色） | 自定义片段分析 |
| 染料组 D：6-FAM（蓝色）、VIC（绿色）、NED（黄色） | DS-31 | GeneScan 500 ROX 分子量大小标准品（红色） | 自定义片段分析 |
| 染料组 F： 5-FAM（蓝色）、JOE（绿色）、NED（黄色） | DS-32 | GeneScan 500 ROX 分子量大小标准品（红色） | 微卫星 |
| 扩增 片段长度多态性（AFLP） | |||
| 染料组 G5： 6-FAM（蓝色）、VIC（绿色）、 NED（黄色）、PET（红色） | DS-33 | GeneScan 600 LIZ 分子量大小品 标准品 v2.0（橙色） | 微卫星 |
| 自定义片段分析 | |||
| 染料组 J6： 6-FAM（蓝色）、VIC（绿色）、NED（黄色）、SID（紫色）、TAZ（红色） | DS-36 | GeneScan 600 LIZ 分子量大小品 标准品 v2.0（橙色） | 自定义片段分析 |
基因分析仪和机载试剂
仪器上的耗材
通用一体式卡夹
Applied Biosystems SeqStudio 试剂卡夹采用集成卡夹设计，包括毛细管阵列、POP-1 通用聚合物、缓冲液和泵。POP-1 通用聚合物可以灵活地在单次运行中使用同一个板上的一个试剂卡夹同时进行 Sanger 测序和片段分析。试剂卡夹可拆卸，可在仪器上保存长达六个月。只需加载样品，插入试剂卡夹，即可开始运行。
聚合物
使用正确的 Applied Biosystems 聚合物有助于降低重复运行率并实现高质量的可重现数据。我们提供不同的聚合物化学品以满足不同的需求：
POP-4： 人类身份识别应用、其他片段分析应用、短 DNA 片段 (<500 bp)
POP-6： 中等大小的 DNA 片段 (500-700 bp)
POP-7： 长 DNA 片段 (>700 bp)
视频：如何设置 Sanger 测序或进行片段分析
引物
要在 CE 系统上进行片段分析，必须设计位于感兴趣区域侧翼的引物。通常，荧光染料附着在引物上，并在电泳前通过 PCR 扩增片段。我们提供 Applied Biosystems 5´ 荧光标记引物和引物对，这些引物和引物对已被验证可用于片段分析。
主要特点：
- 定制 5´ 荧光标记引物
- 标签选择包括 6-FAM、TET、VIC、HEX、NED 或 PET 染料
- 所有寡核苷酸均脱盐；较大规模的标记引物可以选择进行 HPLC 纯化
- 可选交货规模
5’ 标记单引物
5’ 标记/未标记的引物对
| 货号 | 尺寸 | HPLC 产量 | 5’报告基团染料 | 质量 | 订购 |
|---|---|---|---|---|---|
| 450056 | 10,000 pmol | 5’标记/未标记引物对 | 6-FAM, TET, VIC, HEX, NED, PET | 2管 | 订购 |
| 450059 | 80,000 pmol | 5’标记/未标记引物对 | 6-FAM, TET, VIC, HEX, NED, PET | 2管 | 订购 |
| 450062 | 300,000 pmol | 5’标记/未标记引物对 | 6-FAM, TET, VIC, HEX, NED, PET | 2管 | 订购 |
| 4304976 | 10,000 pmol | 5’标记/未标记二核苷酸重复片段 | 6-FAM, TET, VIC, HEX, NED, PET | 2管 | 订购 |
| 4304977 | 80,000 pmol | 5’标记/未标记二核苷酸重复片段 | 6-FAM, TET, VIC, HEX, NED, PET | 2管 | 订购 |
| 4304978 | 300,000 pmol | 5’标记/未标记二核苷酸重复片段 | 6-FAM, TET, VIC, HEX, NED, PET | 2管 | 订购 |
| 4304979 | 10,000 pmol | 5’标记/未标记二核苷酸重复片段 + 尾 | 6-FAM, TET, VIC, HEX, NED, PET | 2管 | 订购 |
| 4304981 | 80,000 pmol | 5’标记/未标记二核苷酸重复片段 + 尾 | 6-FAM, TET, VIC, HEX, NED, PET | 2管 | 订购 |
| 4304982 | 300,000 pmol | 5’标记/未标记二核苷酸重复片段 + 尾 | 6-FAM, TET, VIC, HEX, NED, PET | 2管 | 订购 |
PCR 预混液
Invitrogen Platinum II 热启动 PCR 预混液可帮助您更快地进行片段分析。创新缓冲液、高性能 Taq DNA 聚合酶和 Platinum 热启动技术的独特组合即使在严苛的应用中也能获得出色的 PCR 结果。
主要特点：
- 通用引物在 60°C 退火，可实现所有检测的共循环，减少繁琐的优化步骤
- 工程化 Taq 聚合酶使 DNA 合成速度提高4倍，且具有抑制剂抗性和强大的扩增能力
- Platinum 热启动技术允许在室温下进行反应设置
- 2X 预混液有助于通过更少的移液步骤减少移液错误
Matrix 和分子量标记
为了准备毛细管电泳，必须在基因分析仪上使用相应的Matrix标准品对您选择用于标记 DNA 片段的染料组进行光谱校准，以准确检测标记引物的染料。 将每个未知样品与分子量标记和 Hi-Di 甲酰胺混合，然后进行电泳。分子量大小标准品可以分析样品峰的大小并校正进样变化。
请参阅下图，了解为您的工作流程推荐的 Applied Biosystems 基质标准品和 GeneScan 分子量大小标准品。
选择正确的基质和分子量大小标准品
| 用于标记 DNA 片段的染料组 | 对应的基质标准品 | 推荐的分子量大小标准品 | 可能的应用 |
| 染料组 E5： dR110（蓝色）、dR6G（绿色）、dTAMRA（黄色）、dROX（红色） | DS-02 | GeneScan 120 LIZ 分子量大小品 标准品（橙色） | SNaPshot 多重检测 |
| GeneScan 600 LIZ 分子量大小品 标准品 v2.0（橙色） | 微卫星、LOH、嵌合、简单序列间重复 (ISSR)、限制性片段长度多态性 (RFLP)、末端 RFLP (T-RFLP)、甲基化敏感迁移率变动分析 (MSMSA) | ||
| 染料组 D： 6-FAM（蓝色）、HEX（绿色）、NED（黄色） | DS-30 | GeneScan 500 ROX 分子量大小标准品（红色） | 自定义片段分析 |
| 染料组 D：6-FAM（蓝色）、VIC（绿色）、NED（黄色） | DS-31 | GeneScan 500 ROX 分子量大小标准品（红色） | 自定义片段分析 |
| 染料组 F： 5-FAM（蓝色）、JOE（绿色）、NED（黄色） | DS-32 | GeneScan 500 ROX 分子量大小标准品（红色） | 微卫星 |
| 扩增 片段长度多态性（AFLP） | |||
| 染料组 G5： 6-FAM（蓝色）、VIC（绿色）、 NED（黄色）、PET（红色） | DS-33 | GeneScan 600 LIZ 分子量大小品 标准品 v2.0（橙色） | 微卫星 |
| 自定义片段分析 | |||
| 染料组 J6： 6-FAM（蓝色）、VIC（绿色）、NED（黄色）、SID（紫色）、TAZ（红色） | DS-36 | GeneScan 600 LIZ 分子量大小品 标准品 v2.0（橙色） | 自定义片段分析 |
基因分析仪和机载试剂
仪器上的耗材
通用一体式卡夹
Applied Biosystems SeqStudio 试剂卡夹采用集成卡夹设计，包括毛细管阵列、POP-1 通用聚合物、缓冲液和泵。POP-1 通用聚合物可以灵活地在单次运行中使用同一个板上的一个试剂卡夹同时进行 Sanger 测序和片段分析。试剂卡夹可拆卸，可在仪器上保存长达六个月。只需加载样品，插入试剂卡夹，即可开始运行。
聚合物
使用正确的 Applied Biosystems 聚合物有助于降低重复运行率并实现高质量的可重现数据。我们提供不同的聚合物化学品以满足不同的需求：
POP-4： 人类身份识别应用、其他片段分析应用、短 DNA 片段 (<500 bp)
POP-6： 中等大小的 DNA 片段 (500-700 bp)
POP-7： 长 DNA 片段 (>700 bp)
视频：如何设置 Sanger 测序或进行片段分析
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