ボトムアッププロテオミクス

プロテオミクスにおいてボトムアップ解析の汎用性は高く、多くのプロテオミクスワークフローにボトムアップ戦略が用いられています。このアプローチの第一ステップであるタンパク質の酵素消化処理には、通常トリプシンが使用されます。次に、生成されたペプチド混合液を、1次元または多次元LCを利用して分離します。LCから溶出したペプチドは、エレクトロスプレーイオン化法によりイオン化された後に、質量分析計内で断片化され、その情報を基に同定されます。

幅広いダイナミックレンジにわたる複雑な生体試料から高精度でペプチドを同定することは容易ではありませんが、ボトムアッププロテオミクスに求められる不可欠な要素です。高分解能精密質量（HR/MS）Orbitrap 質量分析計は、先進的な質量分解能、質量精度、フラグメンテーション、そしてスピードを実現しています。複数のフラグメンテーション技術（CID、HCD、ETD、EThcD）により、分析対象ペプチドの配列同定率を最大化できます。これらの要素が高度に統合された Orbitrap システムは、複雑なプロテオミクスサンプルに対してかつてないほど高度かつ高精細なボトムアップ型のタンパク質同定を可能にします。

得られた生データは膨大な HR/AM Orbitrap MS データを含みますが、Thermo Scientific プロテオミクスソフトウェアの適切なデータマイニングにより、意味のあるデータへと変換されます。