相対定量

培養細胞内のアミノ酸を使用した安定同位体標識（SILAC 法）では、13C または 15N で標識した「重い（heavy）」アミノ酸を用いてin vivoで生物サンプルを標識します。タンパク質合成の際、天然の「軽い（light）」アミノ酸が重いアミノ酸にで徐々に置換されます。異なる実験条件の細胞を、重いアミノ酸あるいは軽いアミノ酸のいずれかの培地で培養します。それぞれサンプルは標識されているので、回収した細胞は混合可能で、その後のすべての処理を混合サンプルに対して行うことができます。サンプル操作のバラつきを軽減できるため、より精確な定量が実現します。フラグメンテーションには CID、ETD、EThcD、HCD が用いられます。

SILAC や TMT に代わる費用対効果に優れた本手法では、タンパク質を同位体標識することなく、タンパク質存在量の変化を複数のサンプル間で比較します。サンプルを個別に測定し、固有のペプチドイオンに対応するシグナルを LC タイムスケール上のイオンピークとして面積算出し、その後、個々の測定を比較してイオンピークのアライメントを実施します。ラベルフリー定量の主なメリットは、比較できるサンプル数に制限がないこと、サンプルの起源を問わず分析できること、さまざまな解離法（CID、HCD、ETD、EThcD）を用いてペプチドを同定できることです。