Xcalibur/ソフトウェア全般

Thermo PDF ConverterでPDF変換できますか?

Thermo PDF Converter はTrace Finderと同時にインストールされる、Trace Finder 内でのレポート生成のための限定的なプログラムです。 印刷設定のプリンター選択欄に表示されていますが、実行してもAdobeのAcrobat のようにPDFは作成されず下記のエラーメッセージが出ます。

制御 PC には標準でAdobe Reader しかインストールされていませんので、印刷時にPDF 変換するためには別途Acrobat などをインストールする必要があります。

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測定や解析時のファイル名での禁止文字について

測定や解析がうまく走らない場合はいくつかの原因が考えられますが、まず下記のファイル名に「アルファベット」「数字」「アンダーバー( _ )」以外の文字や記号が含まれていないかをご確認ください。無用なトラブルを回避するために「ハイフン( ‐ )」や「スペース」、「括弧 (), []」などもご使用にならないことを強く推奨します。

  • Xcaliburのシークエンスファイル(*.sld)
  • プロセシングメソッド (*.pmd)
  • Quan Browser (*.xqn)
  • Instrument method (*.meth)
  • データファイル(*.raw)
  • 解析用ソフトウェアでの結果ファイルやグループ名など

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Xcaliburのバージョンはどこで確認できますか?

Xcalibur Home PageのHelp → About Home PageでInfo画面を開き、Version InfoボタンをクリックするとXcaliburおよび各装置のバージョンが確認できます。
※古いバージョンのXcaliburでは画面が一部異なります。

Xcalibur以外のソフトウェアのバージョンも確認可能です。

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日本語版OSのPCにインストールしていいですか?

ソフトウェアによっては日本語版OS上でも大差なく動作するものもありますが、動作保証やサポートは致しかねますので、あらかじめご了承ください。

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Qual Browser, FreeStyle (定性)/Library Browser

アイソトープシュミレーションで安定同位体を含む化合物の組成式を入力したい。(Qual Browser)

Qual Browserのスペクトルシュミレーションページでは任意の組成式やアミノ酸配列の同位体分布をシュミレーションすることができます。
組成式は‘Chemical formula’欄に元素とその数を入力しますが(例:C6H12N2S4)、安定同位体を含む場合は元素の前に角括弧を使って同位体の質量を入力してください(例:[13]C, [15]N など)。

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スペクトルを画像ファイルで保存するにはどうしたらよいですか。(QualBrowser)

QualBrowserで保存したいスペクトル(クロマトグラム)を表示します。EditメニューのCopy CellまたはCtrl+Cキーでコピーします。
Windows > All Programs > Accessories > Paint を起動します。PasteボタンまたはCtrl+Vキーでペーストします。Save asで各種画像ファイル[PNG/JPEG/BMP/GIF/OTHER(TIFFなど)]の形式で保存できます。

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Qual Browserが開かなくなってしまいました。

複雑なレイアウトをSave as Defaultで保存した場合に、Qual Browserが起動しなくなる場合があります。お手数ですが、下記フォルダのデフォルトレイアウトファイルを消去し、再度QualBrowserを起動して下さい。

C:\Xcalibur\methods\Default.lyt

レイアウトはFileメニュー/Layout/Save as…より名前をつけて保存していただくことをお勧めしています。また、デフォルトレイアウトファイルを消去しても起動しない場合は、弊社カスタマーサポートセンターへお問い合わせください。

 

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Xcalibur4.2以降のバージョンでQual Browserが見当たりません。

Xcalibur4.2以降のバージョンでは、デフォルトのデータ解析ソフトウェアがFreeStyle に変更されています。
Qual Browserの後継のソフトウェアであるFreeStyleの使用が推奨されています。
Qual Browser はC:\Xcalibur\system\programs\QualBrowser.exeから起動ができます。
ショートカットをデスクトップ上に作成しておくと、次回から簡単にアクセスできるようになります。

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Quan Browser(定量)

マニュアルに掲載されているレポートのテンプレートがありません。

通常 C:¥Xcalibur¥Templates¥QuanBrowser に保存されています。保存されていない場合やテンプレートがうまく動かない場合はこちらからダウンロードしてお使いください。

QuanBrowser(zip)

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以前作った定量ファイルの検量線を再利用して、新たに測定した未知試料の定量を行いたい。

検量線ファイルの作成と再利用

検量線ファイルの作成

  1. QuanBrowser 画面を表示します。
  2. 以前の定量結果のファイル(*.XQNまたは、*.SLD)を開きます。
  3. 検量線の画面の上で右ボタンを押し、Save Caliburation File を選択します。

  4. 検量線ファイルの名前を付けて保存します。(*.xcal)

シークエンスセットアップ画面の編集

  1. シークエンスセットアップ画面を表示します。

  2. 新規作成ボタンを押します。
  3. シークエンステンプレートダイアログボックスが表示されるので、Bracket をNone に設定します。この操作を行うとGeneral のCalibration File が入力可能な状態に変わりますので、Browseボタンを押してファイルを選択します。

  4. 下記のメッセージが表示されます。OKボタンを押してください。

  5. シークエンスセットアップ上で編集します。
    又はメニューバーのChenge/Column Arrangement…を開き、Cal Fileを選択し、Addボタンで追加します。

  6. Cal Fileの欄に4で選択したファイルが表示されます。
    新たに定量計算するデータファイルを呼び出します。Sample TypeはすべてUnknownに設定します。
    Proc Meth も同様に設定し、シークエンスファイルを保存します。

  7. ボタンを押してバッチ処理を行います。

Quan Browser画面で結果を確認

検量線のファイル名は、QUAN Browser 上に表示されます。

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Processing Method でずれてしまったRetention timeの更新をしたい。

パッチ処理後の結果からProcessing Methodの条件を更新することができます。

QuanBrowser の結果から Processing Method のリテンションタイムを更新する
※登録したリテンションタイム(RT)から大きくはずれていたためピーク検出されていなかった場合は①または②へ、新しい RT でピーク検出されていた場合は③へ進んでください。

  1. 登録化合物が少ない場合
    クロマト画面で右クリックして User Peak Detection Setting を開き、Expected Timeに新しい RT を入力して Apply To All をクリックします。複数の化合物でピーク不検出の場合、この操作をすべての化合物について繰り返します

  2. 多成分の場合
    一つ一つずれた時間を確認するのが大変な場合は Processing Method の条件を変更して、バッチ処理をし直します。
    ・ Identification タブの Retention time Window を通常より長い時間に設定します。300 にした場合、Expected の時間に対して前後 150 秒までずれていてもピーク検出することができます。この操作をすべての化合物について繰り返します。
    ※この Processing Method はリテンションタイムがずれてしまったときの専用メソッドとして別名で保存しましょう。

    ・上記の Processing Method でバッチ処理をして、新しい RT でピーク検出されたら、3に進みます。

  3. 新しい RT で検出されたクロマトピーク上で右クリックして Update Expected Retention Time から Update (All) Components in Current Row を選択します。

    更新された RT が転送されます。

  4. File/Export method で、更新したい Processing method を選択します。OK をクリックして、Processing method を上書きしてください。
    ※2の多成分の場合、Window を広げた Method ではなく、オリジナルの Method を上書きするようにしてください。

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バッチ処理後Quan BrowserでSldファイルを開こうとすると"Raw(Result) file xx cannot be located"のエラーメッセージが出てしまう。

シーケンスの指定されたPath(ディレクトリ)にデータ(Raw file, Result file)が存在しない場合、上記のメッセージが出ます。正しいPathを設定しバッチ処理をし直してください。

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