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Orbitrap Tribrid 구조를 기반으로 개발된 Orbitrap Eclipse Tribrid 질량분석기는 강력한 성능의 다목적 질량분석법 솔루션으로 미세한 차이도 정확하게 분석하며 무수한 오류 속에서도 올바른 방향으로 분석할 수 있도록 해주며, 실패로 인한 비용 낭비를 줄일 수 있도록 해 줍니다.
High-Capacity Transfer Tube (HCTT)질량분석기로 유입되는 이온 유량이 증가합니다. | Electrodynamic Ion FunnelHCTT 뒤에서 이온을 모읍니다. | Easy-IC/ETD/PTCR 이온 소스타운센드 방전에 기반하며 신뢰할 수 있고 사용하기 쉽습니다. | 향상된 Active Ion Beam Guide오염물질이 사중극자로 유입되는 것을 방지합니다. | 쌍곡선면을 가진 QR5 세그먼트형 사중극자 질량 필터0.4 m/z 전구체 분리 폭으로 감도가 개선됩니다. |
Ultra-High-Field Orbitrap 질량분석기분해능 > 500,000 FWHM(선택사양 > 1,000, 000 FWHM) 및 최대 40 Hz의 MSn 수집 속도를 제공하여 TurboTMT 및 HMRn을 지원합니다. | UHV(Ultra-High Vacuum) ManifoldUHV 영역의 압력을 줄이고 Orbitrap 질량분석기의 이온 검출을 개선합니다. | 이온 라우팅 다중극자(Ion-Routing Multipole)높은 수집 속도를 보장하고, 모든 MSn 단계에서 HCD를 수행하며, 가변 압력(0.5–20 mTorr)을 통해 탁월한 탑다운 성능을 나타냅니다. | Real-Time Search분석 진행 중에 펩타이드를 식별함으로써 TMT 정량 분석의 깊이와 정확도가 향상됩니다. | 변형된 이중 압력 선형 이온 트랩이온 트랩 및 Orbitrap 질량분석기 모두에서 이온 검출을 위한 MSn를 지원합니다. 다양한 fragmentation 방식 즉, CID, HCD, ETD/EThcD/ETciD 및 UVPD를 위한 고감도 질량 분석이 가능합니다. 또한 HMRn을 위한 전구체 이온 분리도 지원합니다. 고압 셀의 전면 확장 구간은 ETD 및 PTCR 반응에 대한 컨트롤을 개선합니다. |
단일 세포 단백질체의 종합적인 특성 분석은 질병의 진행에 따라 그리고 세포 유형의 기능으로서 치료에 대한 반응으로 세포 발달에 대한 풍부한 새로운 정보를 제공할 수 있습니다. 그러나 단일 세포 분해능을 이용한 단백질체 분석은 실험에서 요구되는 분석 감도로 인해 수행하기가 매우 어렵습니다. Orbitrap Eclipse Tribrid 질량분석기는 개별 세포를 포함하여 매우 낮은 수준의 샘플에서 최고의 정량 분석 데이터를 추출하는 기능을 갖추도록 개발되었습니다.
Real-Time Search를 통해 향샹된 MS3 기반의 탠덤 질량 태그(TMT) 분석법에서 세포 유형을 구별하고 다른 점을 찾아내는 데 필요한 단백질체 커버리지와 정량 분석 정확도를 달성하는 데 필요한 처리량과 감도를 제공합니다. 또한 새로운 Thermo Scientific TMTpro 16plex Label Reagent Set를 사용하면 한 번의 LC-MS 실행으로 최대 16개의 단일 세포를 분석할 수 있으며 개별 세포 내에서 수천 개의 단백질을 정량적으로 비교할 수 있습니다.
두 세포 유형에 대한 TMT 분석은 MS2 기반 실험과 비교하여 Real-Time Search 기능을 갖춘 SPS MS3를 사용했을 때 더 많은 서로 다르게 발현된 단백질이 검출되었습니다. MS3 실험을 통해 보다 정확한 정량화가 가능하며, 따라서 각 세포에서 단백질의 미묘한 변화를 더 많이 검출할 수 있습니다.
TMT 데이터를 사용하여 세 가지 세포 유형을 분류한 결과를 보여주는 PCA 플롯입니다. 각 점은 단일 세포의 단백질 발현을 의미합니다. 이 플롯은 각 유형 내에서 세포 유형과 분석된 차이점이 명확하게 분류됨을 보여줍니다. 이와 같은 수준의 분해능은 실시간 검색 데이터 수집 기술과 SPS MS3 및 TMT-boost**의 조합으로 고유하게 달성할 수 있습니다.
* TMT 및 실시간 검색에 대한 아래의 자세한 내용을 참조하십시오.
** Budnik et al., Genome Biol. 2018,19(1); Zhu et al., 2018, Nature Comm., 2018, 9(882).
*** 이 연구에서는 총 40개의 개별 세포에 대한 분석을 실시했습니다.
"단일 세포 단백질체학의 혁명은 이제부터 시작입니다. nanoPOTS와 Orbitrap Eclipse Tribrid 질량분석기, TMT 시약 및 SPS MS 3의 Real-Time Search 기능을 결합하여 초기 개발 단계에 필요한 심도 있고, 정량적 정확도 및 처리량을 제공합니다.”
Ryan Kelly, 교수, Brigham Young University, UT
Thermo Fisher Scientific은 과학 커뮤니티와 협력하여 단일 세포 단백질체학 분석을 수행할 수 있는 혁신적인 제품을 개발했습니다. 백서, 웨비나, 포스터 노트 등 단일 세포 단백질체학에 관한 다양한 자료 모음에 액세스하십시오.
단백질 존재량에 대한 고처리량 정량 비교를 위한 표준은 Orbitrap Tribrid 질량분석기의 고유한 워크플로우인 TMT SPS MS3 워크플로우입니다. Orbitrap Eclipse Tribrid 질량분석기의 중요한 혁신 기술은 펩타이드 스펙트럼을 즉석에서 식별하여 MS3 데이터를 지능적으로 수집하는 데 사용할 수 있는 Real-Time Search1 기능으로, 그 결과 LC/MS 분석당 최대 16개 샘플에서 8,000개 이상에 이르는 정확한 정량 분석이 가능합니다.
이 새로운 고처리량 워크플로우는 향상된 정확도와 정밀도로 단백체 커버리지를 확장하며 정량 가능한 낮은 수준의 펩타이드 수를 증가시킵니다.
1. Erickson et al. J Proteome Res. 2019, 18(3).
멀티플렉싱된 TMT 샘플의 피크를 추출한 이온 크로마토그램 아래 LC-MS 분석 이미지의 음영 부분은 선택한 MS 스펙트럼을 강조하여 표시한 것입니다.
Real-Time Search 데이터 수집을 사용하면 MS3 스캔은 이전 단계의 MS2에서 펩타이드-스펙트럼 매칭(PSM)이 식별되는 경우에만 분석하게 됩니다. 이를 통해 MS3 이벤트의 횟수는 감소하고 더 많은 수의 정량 분석된 펩타이드에서 전구체 샘플링 속도와 결과가 증가하므로 실험 속도가 향상됩니다.
실시간 검색을 통해 기존 SPS MS3 실험 대비 38% 증가한 펩타이드와 53% 증가한 단백질을 정량화할 수 있으며, 기존 MS2 실험에 근접한 결과를 얻으면서 훨씬 높은 정밀도와 정확도를 달성할 수 있습니다. 여기에 표시된 것은 TKO 효모 표준물질에 대한 데이터입니다(Thermo Fisher Scientific).
Real-Time Search 기능을 통해 질량분석기는 식별된 전구체에서만 MS3를 수행할 수 있습니다. 결과적으로 SPS MS3 실험의 처리량이 두 배로 증가합니다. HHM 샘플 관련 데이터, 즉 10plex(3-3-4)에서 생물학적 복제로 라벨링된 3개의 인간 세포주에 대한 데이터가 제공됩니다. (데이터 제공: Devin Schweppe 및 Qing Yu, Harvard Medical School)
각 TMT 채널에 대해 6-단백질 분해 4-100 pmol을 HeLa 펩타이드 40 µg에 첨가한 다음 라벨링하면 2-24(2, 4, 8, 12, 16 및 24)의 비율로 혼합된 상승 표준을 얻을 수 있습니다. 예상 비율 2와 24에 대한 결합 평균만 표시되어 있습니다. 개별 세포를 하위 분류하는 경우를 포함하여 단백질 존재량의 미묘한 차이를 구분하기 위해서는 Real-Time Search 기능을 사용하여 더 높은 정확도를 달성하는 것이 필수적입니다.
"Orbitrap Eclipse Tribrid 질량분석기는 몇 가지 혁신적인 기능을 통해 정량 정확도를 크게 향상시켜 분석을 100% 더 빠르게 수행할 수 있도록 해 줍니다. 단백질체 전체 분석에는 일반적으로 36시간이 소요되지만 이제 단 18시간 내에 16개의 샘플에서 8,000 ~ 10,000개의 단백질을 정량할 수 있습니다. 이 새로운 질량분석기를 사용하면 마치 두 개의 장비를 동시에 가동하는 것처럼 시간은 절반으로 줄이면서 같은 수준으로 또는 오히려 뛰어난 보다 정확한 데이터를 수집할 수 있습니다.”
Steven P. Gygi, Professor, Harvard University, MA
치료용 단백질은 다양한 암과 광범위한 자가면역질환을 치료하는 데 활발하게 사용되고 있습니다. 그러나 단백질의 이러한 구조적 특성 분석은 저분자 기반의 약물과는 달리 수많은 변형 단백체를 함유한 다양한 혼합물로 존재하기 때문에 상당한 문제점을 안고 있습니다. 분석물질 m/z를 증가시키면 고도로 복잡한 ESI 스펙트럼을 간소화하고 해석 가능한 방식으로 만들 수 있습니다. 이는 구조가 풀어진 단백질(unfolded protein)이 더 적은 양의 전하를 수용하는 조건에서 ESI LC-MS 실험을 수행하거나 또는 질량분석기에서 전구체 이온 전하 감소를 수행하거나, 아니면 이 두 가지를 모두 수행하여 달성할 수 있습니다. 완전한 구조적 특성 분석을 위해 질량분석기는 더 높은 m/z 범위 내에서 이온을 검출하는 동시에 선택한 전구체를 효율적으로 fragmentation 해야 합니다. Orbitrap Eclipse Tribrid 질량분석기는 High Mass Range MSn (HMRn), Proton Transfer Charge Reduction(PTCR) 및 CID, HCD, ETD, EThcD 및 UVPD를 포함한 다수의 분해 기법을 제공하므로 치료용 단백질의 종합적인 특성 분석을 위한 가장 강력한 시스템으로 활용할 수 있습니다.
Orbitrap Eclipse MS에서 이용할 수 있는 다수의 분해 기법은 1차 염기서열분석에 대한 보완 정보를 제공합니다. 이를 통해 CDR3 모티프에 대해 100% 커버리지를 달성하여 항체 특성 분석에 대한 신뢰도를 높이고 단백질 수준에서 서로 다른 항원의 반응성 정보를 제공합니다.
리간드는 결합된 단백질의 조절 및 기능과 불가분의 관계가 있습니다. 그러나 막단백질과 관련된 저분자 리간드의 식별을 판단하기란 상당히 어려운 작업입니다. 확인되지 않거나 제대로 분해되지 않는 리간드 밀도를 보유한 전자 현미경 데이터가 매우 많기 때문입니다. 리간드-단백질 복합체의 손실 없이 리간드를 직접 MS 식별하는 것 또한 매우 어렵습니다. 이 작업에는 매우 광범위한 질량 범위가 요구되는 동시에 원형(intact) 단백질 결합체(수십만 달톤)의 최적화된 이온 전달을 유지하고 저분자 리간드 및 그 단편(종종 100 달톤 미만)을 정확하게 검출해야 하기 때문입니다.
Orbitrap Eclipse Tribrid 질량분석기는 높은 질량 범위 MSn 기능을 제공하므로 막단백질에 결합된 리간드를 쉽게 식별하여 특정 단백질과 상호작용하는 특정 리간드를 원활하게 규명할 수 있습니다. 이 접근법은 암, 당뇨병, 알츠하이머병 등의 세포 기전에 기초가 되는 단백질 상호작용의 연쇄작용에 대한 리간드의 영향을 규명하는 데 도움이 됩니다.
"Orbitrap Eclipse Tribrid 질량분석기는 MS를 새로운 차원으로 끌어올려줍니다. 한 번의 실험으로 막단백질 결합체들의 기능을 조절하는 리간드, 지질 및 약물을 발견하고 화학적으로 규명할 수 있기 때문입니다."
Dr. Joseph Gault, University of Oxford, the UK
PTCR은 덜 중첩되고 해석이 쉬운 모이온의 낮은 전하 상태 분포를 형성합니다. 이를 통해 식별 가능한 전구체 이온의 수가 원래 전체 MS 스펙트럼의 2개 종에서 3 m/z 범위의 PTCR 후 무려 32개 종으로 증가했습니다. 새로 식별된 질량은 10–70 kDa 범위에 걸쳐 분포되었습니다(아래의 왼쪽 히스토그램 참조).
Top-down 질량분석법을 사용하여 원형(intact) 단백질 형태를 직접 특성 분석할 수 있습니다. LC 분리 후에도 단백질형 혼합물의 ESI 스펙트럼 복잡성은 m/z 도메인에서 중첩되는 여러 가지 변형 형태로 인해 종종 높게 나타납니다. Orbitrap Eclipse Tribrid 질량분석기에 고유한 Proton Transfer Charge Reduction(PTCR) 기술을 사용하면 모 이온 분포의 평균 전하를 줄여 더 높은 m/z로 전환할 수 있습니다. 구분이 어려운 단백질형이 중첩되면 신호 중첩이 감소하여 결과적으로 스펙트럼 해석이 쉬워지므로 단백질 질량 계산이 가능해집니다. 자동화된 top-down 실험에서 이 접근법을 사용하면 데이터 기반한 MSn에 사용할 수 있는 구별 가능한 전구체 수가 증가하여 궁극적으로 특성화된 단백질 형태의 수가 증가합니다.
여러 단백질형을 함께 용리하면 특히 단백질 >25 kDa 분석 시 스펙트럼 복잡성이 증가합니다. Deconvolution 소프트웨어를 통해서 구분할 수 있는 전하 상태 분포가 적기 때문에 이러한 스펙트럼을 완전히 해석할 수 없는 경우가 많습니다(예: 이 MS 스펙트럼에서는 25분에서 16 kDa와 25 kDa의 두 가지 뚜렷한 질량만이 식별됨). 800–900 m/z 영역은 기저 스펙트럼 복잡성을 나타냅니다. 두 개의 1.5 m/z 창에서 전구체에 대해 PTCR이 수행되었으며 회색 및 청록색으로 강조 표시되었습니다.
Huguet, R. et al. Anal. Chem.2019, 91(24).
“PTCR은 예전에는 별다른 특성을 찾지 못했던 LC-MS 실험에서 큰 단백질체를 연구할 때 꼭 필요합니다. 30 kDa 장벽을 넘어 원형(intact) 단백질체의 진정한 복잡성을 밝히는 것은 곧 단백질체학 연구 분야의 비약적인 발전을 의미합니다.”
Luca Fornelli, Professor, University of Oklahoma, OK
직관적인 분석조건 편집 기능은 끌어서 놓기 방식의 사용자 친화적인 인터페이스와 함께 광범위한 애플리케이션별로 사전 정의되고 최적화된 분석법 템플릿을 제공합니다. 이를 통해 과학자는 글라이코실화, 대사체, 펩타이드 ID, 펩타이드 정량화, PTM, 고급 TMT, SureQuant와 같은 대표적인 실험에서의 고품질 데이터를 쉽게 생성할 수 있습니다.
공통적인 분석조건 편집 기능은 기기 컨트롤과 데이터 수집 파라미터를 결합하며 가장 대중적인 실험을 위한 광범위한 템플릿을 사용하여 시작부터 고품질 데이터를 수집할 수 있도록 지원하며 끌어서 놓기 방식으로 원하는 실험을 빠르게 생성하고 시각화할 수 있도록 해줍니다.
Thermo Scientific FAIMS Pro Duo 인터페이스는 이온의 선택성을 광범위한 애플리케이션으로 확대하여 실험실의 신호 대 잡음비를 개선하고 샘플 커버리지를 확장하며 처리량을 최대화하는 동시에 시간이 많이 소요되는 샘플 전처리 단계를 줄여줍니다.
질량분석법을 통한 관심있는 화합물의 식별, 특성화 및 정량화는 갈수록 복잡해지는 샘플에서 수집되는 고품질 MS 및 MSn 데이터에 의존합니다. FAIMS Pro Duo 인터페이스는 기체상 분획을 통해 차세대 질량분석기의 분석 성능을 향상시켜 표적 화합물 분류의 선택성을 개선합니다. 스펙트럼 복잡성이 감소하고 표적 분석물에 대한 신호 대 잡음비가 증가하므로 크로마토그래피 유량 또는 주입량에 관계없이 샘플 커버리지가 확장되고 데이터 신뢰도가 증가합니다.
일정한 수준의 보정 이온(calibrant ions)을 분석물 이온으로 전달하여 2차 이온 소스와 같은 Thermo Scientific Easy-IC 이온 소스를 사용하면 질량 대 전하비(m/z) 지정 정확도를 1 ppm 미만으로 개선할 수 있습니다. 이 기능은 기기의 m/z 보정에 대한 실시간 미세 조정을 가능하게 하여 다른 방식으로는 보상되지 않는 온도 변화 및 스캔 간 변동으로 인해 발생하는 오류를 교정합니다.
Orbitrap Eclipse Tribrid 질량분석기에서 1M(1,000,000)의 초고분해능을 설정하면 동중원소 성분을 구별하고 미세한 동위원소 정보를 확보하며 저분자 분석물의 원소 성분을 높은 신뢰성으로 지정할 수 있습니다. 1M 분해능 옵션은 초고해상도(m/z 200에서 1,000,000 FWHM)에서 질량을 측정함으로써 구조적 다양성을 가진 분석 성분의 특성 분석과 정량 분석을 지원합니다.
2 s 과도 시간을 포함하는 1,000,000(1M) 분해능 설정(m/z 200)에서 수집된 Irganox 1035의 질량 스펙트럼. 오른쪽 패널은 500,000 대비 1,000,000 분해능 설정에서 수집한 A+2 동위원소의 미세 구조를 보여줍니다. 18O 및 2 13C 동위원소는 1M 분해능의 Orbitrap Fusion Lumos 및/또는 Orbitrap Eclipse 질량분석기를 사용하여 분해될 수 있습니다.
복잡한 혼합물에서도 지질, 변형 펩타이드 및 원형(intact) 단백질에 대한 명확한 특성 분석 결과와 CID, HCD, ETD 또는 EThcD로는 얻을 수 없는 구조적으로 고유한 진단 정보(예: 이중 결합)를 제공합니다. UVPD는 선형 이온 트랩에서 MSn 조각 이온을 생성하면서 고유한 염기서열 커버리지를 20% 넘게 확장하며 이 조각 이온은 이온 트랩 또는 Orbitrap 질량분석기를 사용하여 검출할 수 있습니다.
Thermo Scientific Almanac 웹 기반 및 스마트폰 기반 애플리케이션은 LC-MS 시스템에 원격으로 액세스하고 관리할 수 있는 기능을 제공하여 하루 업무 중 다른 중요한 작업에도 집중할 수 있는 여유를 선사합니다.
이를 통해 실시간으로 시스템 상태 및 분석 확인, 분석 완료 또는 오류 발생을 알려주는 자동 이메일 설정, 기기 액세스 예약, 활용도 모니터링, 시스템 진단 지원 및 가동 시간 최대화를 위한 서비스 파일 전송 등이 가능합니다.
실험실 연결: 클라우드에 연결된 장치를 통해 실험실 내 진행 상태를 항시 확인할 수 있습니다. 시스템 사용 및 샘플 처리량의 장기간 추세와 함께 데이터 수집 확인 및 기타 여러 생산성 도구를 통해 시스템 활용도를 최대한으로 높여줍니다.
단백질체학 연구에는 단순한 식별 이상의 기능이 요구됩니다. Thermo Scientific Proteome Discoverer 소프트웨어는 복잡한 연구 워크플로우에 대처하기 위한 유연성, 간편한 사용성, 마법사 기반 인터페이스 등의 특징을 가진 일체의 분석 도구를 제공합니다. Proteome Discoverer 소프트웨어는 독자적이고 정교한 통계 및 시각화 도구를 사용하여 데이터 판독의 신뢰성을 높여주며 타사 알고리즘을 활용하여 분석의 수준을 한 차원 더 높일 수도 있습니다.
권장되는 대상 워크플로우:
Thermo Scientific ProSightPD 소프트웨어는 middle-down 및 bottom-up 실험에 대한 지원을 추가하여 원형(intact) 단백질과 펩티드 모두를 식별하고 특성 분석하기 위한 만능 도구로 사용할 수 있도록 개선되었습니다.
원형(intact) 단백질 질량분석, top-down 및 middle-down 분석, 펩타이드 맵핑 또는 다중 속성 메서드(MAM) 워크플로우 중 어떤 작업을 수행하던지 완전한 단백질 특성 분석은 매우 어려울 수 있습니다. 종합적인 판독과 데이터 시각화를 용이하게 하는 워크플로우를 사용하여 높은 신뢰성으로 빠르고 간편하게 생물학적 특성 분석을 수행해 보십시오. Thermo Scientific BioPharma Finder 소프트웨어는 신뢰할 수 있는 단백질 특성 분석을 위한 올바른 경로를 선택할 수 있도록 도와줍니다.
권장되는 대상 워크플로우:
Thermo Scientific Compound Discoverer 소프트웨어는 미지 물질 식별, 샘플간 실제 차이 측정, 생물학적 경로의 규명을 간소화합니다.
Thermo Scientific Mass Frontier 스펙트럼 해석 소프트웨어는 질량 스펙트럼 데이터의 관리, 평가 및 해석을 간소화하여 더욱 광범위한 통찰력을 제공합니다.
당사의 LC-MS 주문형 웨비나 시리즈는 제약, 바이오 제약, 환경, 오믹스(omics), 식품, 법의학 및 임상 연구 등에 대한 애플리케이션 정보를 제공합니다. 최신 고성능 질량분석법 솔루션으로 시료 유형에 관계없이 가장 까다로운 분석 문제를 실험실에서 해결하는 방법에 대해 알아보십시오.